生化培菌的週期取決於廢水的水溫和水質。水溫高於15℃以上時，培菌的過程較快，水溫低於15℃以下時則汙泥馴化時間較長，因此汙泥的培養馴化應儘量選擇在5-11月期間（長江流域）進行。就廢水的水質而言，無毒無害、易生物降解的廢水，其生化培菌的時間一般在10-20天，而有毒有害、難生物降解的廢水，則需要一個較長的過程，約需30-60天，甚至更長。
在清水調試完成後，對於可生化性能較好的廢水，可以直接用廢水馴化微生物；對於化工廢水或可生化性能比較差的廢水則應採取分步培菌法，具體步驟如下：
（1）快速增殖。快速增殖的目的是使汙泥迅速生長到填料上去。一般來說，採購來的汙泥在脫水或運輸過程中，微生物都會有不同程度的受損，它們在新的環境中有一個恢復和生長的過程，需要有一個好的生存環境。如果這時直接用化工廢水馴化，其結果必然會導致微生物大量死亡。因此第一階段可用生活汙水或葡萄糖或乾麵粉燒製的熟漿糊（初始3-5天內，每100m3生化池容積可按投加5-10公斤乾麵粉的比例投放）來培菌，每天曝氣兩次，好氧池每次曝氣8小時，使微生物快速恢復和生長繁殖，這種方法稱為快速增殖法。快速增殖期間生化池內的廢水可以通過汙泥馴化管排放，放水前先停止曝氣，待汙泥沉降4-8小時後再放水。快速增殖期一般為7-10天。
生化池在運行過程中，當微生物一旦受到負荷衝擊，COD去除率或SV突然下降時，也可以採用快速增殖法來幫助微生物恢復和生長。
（1） 廢水馴化。汙泥生長到填料上去以後，每天在100m
3生化池內加入的乾麵粉可增加至20-30kg公斤，同時在生化池內泵入生化進水或廢水。初始廢水的進水量可按每100m3生化池容積的1-2%的比例泵入，以後每二天按2%的比例逐步增中廢水的泵入量，直至達到設計的廢水進水量。隨著廢水泵入量的逐漸增加，葡萄糖或乾麵粉的投加量或生活汙水的泵入量應相應減少直到停止投加，或者可按比例投加廢酒精（1公斤廢酒精按1.5公斤COD計）。培菌馴化期間，必須每天測定COD，如發現COD去除率或SV突然下降，則應立即停止廢水的遞增進水量，直至COD去除率回升至50%以上和SV不再下降。
好氧池正常進廢水時，COD去除率能保持在80%以上，處理出水COD濃度在200mg/L以下，則可以認為生化池已開始工作正常。
在汙泥馴化期間切忌負荷（如大水量、高濃度）衝擊，培菌完成以後，即可進行正常的運作。
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