假期裡哈利要忍受姨母一家的冷嘲熱諷，更糟糕的是他的好朋友羅恩跟赫敏竟沒有給他寫一封信，這讓哈里非常難受。一天哈利在外面遇到達力表哥，達力跟朋友一起嘲笑著哈利，哈利怒火沖天跟達力廝打起來，這時候天空颳起大風，哈利跟達力遭到攝魂怪的襲擊，哈利使用魔法擊退攝魂怪，魔法部寄來了一封開除信，原因是哈利在麻瓜面前使用了魔法。在哈利正在鬱悶的時候，一群魔法師找到哈利，並帶他來到一個神秘的地方—鳳凰社。鳳凰社裡的成員是以鄧布利多為首的一眾魔法師，他們是反對伏地魔的一個神秘組織。
鄧布利多帶哈利來到魔法部，哈利希望得到魔法部長康奈利福吉的辯護，可康奈利卻想讓哈利離開魔法界。在鄧布利多的辯護下，哈利被無罪釋放。而哈利卻遭到眾多魔法師的質疑，大家都覺得伏地魔再現只是哈里編出的謊言。哈里受到了眾人的排擠，他感到非常困惑。他想得到的鄧布利多的幫助，但是鄧布利多並沒有給哈利建議。魔法部為了監視鄧布利多和霍格沃茨的學生，派來了一位新的黑魔法防禦術授課老師多洛雷斯烏姆裡奇。可是烏姆裡奇並不傳授他們黑魔法的使用，只是教他們理論知識，這讓眾人覺得不滿。大家秘密的組織了一個學習的隊伍，一起切磋學習黑魔法防禦術。可好景不長，烏姆裡奇帶人找到哈利，福吉帶頭欲懲罰哈利，鄧布利多出現承擔了全部責任，希望福吉能看在自己的面子上放過哈利，卻不想福吉早就想扳倒鄧布利多，無奈之下鄧布利多逃出躲避。
在鄧布利多走後，哈里和他組織裡的人受到烏姆裡奇的打壓，大家無力反抗，只能把氣撒到張秋的身上，哈利因此也與張秋斷絕了男女關係，可眾人不知的是，張秋是因為喝了吐真劑才會暴露了眾人的行蹤。斯內普怕哈利受到伏地魔的偷窺，給哈利進行了精神魔法的訓練，哈利窺見了斯內普的部分記憶，知道了斯內普為何處處針對自己。波特又做噩夢了，夢到伏地魔帶著他的麾下正在逼問布萊克記憶球的所在，哈利波特決定去一趟神秘事務司，找到記憶球，可是卻被烏姆裡奇抓住，烏姆裡奇懷疑波特計劃著什麼陰謀，赫敏急中生智把烏姆裡奇騙到森林，利用馬人脫身。一行人來到神秘事務司，就在哈利找到記憶球后，伏地魔帶著他的部下出現，原來這只是伏地魔的陰謀，只是為了借有緣人之手找到記憶球。
一行人被食死徒抓住，就在盧修斯馬爾福拿到記憶球后，布萊克及時出現救走波特，並打碎記憶球。混戰中布萊克被貝拉特克里斯擊中，逝去。哈利痛失親人，恨意油生，想殺掉貝拉特克里斯，這時候伏地魔出現，緊接著鄧布利多也來到神秘事務司，鄧布利多與伏地魔展開大戰，魔法部司長福吉一行人也匆匆趕來，親眼見到了一直避而不提的伏地魔。
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