在有機肥的生產過程中，有機肥原料發酵的質量直接關係著有機肥的質量。所以有機肥的發酵過程中要時刻關注，以免出現問題，影響有機肥生產的質量和穩定性。那麼在有機肥的發酵過程中一般都會出現哪些問題，應該如何解決呢。
升溫慢或者不升溫：
1. 原料含水量太高：在物料中添加含水量較少的秸稈、餅肥、菌渣等物料後攪拌發酵。
2. 原料含水量太低：由於發酵的微生物都是腐生生物，需要水分在45%-60%之間為宜，水分太低，微生物的活動和繁殖都會減緩，發酵分解自然就會較慢。
3. 氮元素不足：有機肥原料的但元素含量都差不多，但氮元素含量的差別就比較大，添加含氮量比較高的禽畜糞便、河道淤泥、無機氮肥等，是碳氮比調整到25:1。
4. 堆體太小或者天氣太冷：堆體的寬度和高度都增大，加入易降解的物質；室內發酵、並使用取暖設備。
5. PH值太低：PH值小魚5.5時可以加入生石灰或者草木灰等鹼性物質攪拌均勻，調節物料的酸鹼度。
堆體的溫度過高：
1. 透氣性差：定期翻堆，增加堆體的透氣性。
2. 堆體太大：減小堆體的體積。
有臭氣產生：
1. 氮的含量太高：使用益生菌除臭劑進行消毒除臭，並加入碳氮比較高的秸稈、乾草等物質。
2. PH值過高：加入酸性物質(磷酸鈣)降低pH值。
3. 通氣不均勻：重新混合物料，改變配方。
4. 堆體過密：，主要是堆體中心缺氧，物料產生厭氧式發酵反應，重新混合堆體，根據物料密度酌情添加大粒物質。
發酵堆內有蚊蠅：
1. 發酵前堆放時間過長：快速處理原材料表層，噴施微生物菌劑，抑制並殺死蚊蟲，發酵時儘量使用新鮮的物料。
2. 堆體表面覆蓋新鮮糞便：勤翻堆，在發酵後期表面覆蓋遮蓋物。
堆體中有大塊：
1. 物料混合均勻或者翻堆太少：嚴格按照發酵過程中的操作對物料進行翻拋。
2. 原料中含有大塊、不易降解的物料：在發酵前對物料進行無處理，粉碎到發酵要求的粒度和篩分出不需要的物質。
3. 還沒完全腐熟：延長髮酵時間或者改進發酵條件。
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