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明朝是中國歷史上最後一個由漢人建立的朝代，被譽為得國最正的朝代，因為明朝開國皇帝朱元璋不同於其他貴族武將出身的開國皇帝，朱元璋是貧農出身，出過家要過飯，靠自己一步步努力才打下了江山。朱元璋稱帝后大封藩王去戍邊，並規定皇室子孫十歲以後不用勞作也可領俸祿。後來朱棣奪位後為了防止藩王聯合起來威脅皇權，禁止二王相見，藩王基本上只能在自己的封地無所事事，於是只能生孩子了，反正子孫後代都由國家供養。所以到了明末朱元璋的後代就有上百萬人了，成為了國家巨大的負擔，如果李自成沒有滅亡明朝，那明朝也會被皇室成員吃垮的。清朝入關後，大殺朱氏子孫，見一個殺一個，這是為什麼呢？
其實清朝只是殺了一部分的朱氏子孫，明朝皇室成員被李自成和張獻忠等起義軍殺了不少，但他們沒有做絕，還是留有一定的朱氏血脈的。後來逃到南明的皇室成員又各自為政，互相兼併殺戮，又導致一部分朱氏子孫滅絕。等到清朝在全國範圍內搜捕朱氏子孫並殺死後，百萬的朱氏子孫已經近乎消亡了，少數人改名換姓隱居起來，還有部分逃亡海外了。其實不論是李自成張獻忠還是是清朝，他們屠殺朱氏子孫都是為了自己的地位穩定。
滿清入關時軍隊只有十萬人，雖然戰鬥力強，但是以全國之力抵抗不是沒有勝算。而古代都講究師出有名，在王朝更替之際要想起義的話那麼以前朝的名號最能服眾了。所以如果讓有心之人找到朱明的皇室後裔，一呼百應反清的話就麻煩了。其實不止明朝滅亡后皇室成員被殺，秦朝、唐朝、後梁、後唐和宋朝滅亡后皇室成員也都被不同程度的殺戮。古代朝代更替之際一定是充滿腥風血雨的，和平過渡政權的太少了。
清朝剛入關時明朝並沒有完全滅亡，而是在南方還佔據著半壁江山，史稱南明。如果南明不內鬥可能還能跟清朝劃江而治，可惜明朝氣數已盡，南明撐不了多久。當時南明的皇帝都被清朝下令處死了，比如隆武帝被俘後死亡，不過死因不詳，有說被斬首的，有說在獄中絕食死的，史書對此沒有過多記載。永曆帝也是被緬甸國王獻出後被吳三桂在昆明絞死，下場悽慘。還有康熙年間的朱三太子被康熙帝凌遲處死，乾隆年間乾隆帝發現了一個九十多歲的明朝皇室後裔，依舊把他凌遲處死了。可見在清朝皇帝的眼中，朱家人一個都不能留，否則自己的皇位坐不穩當。
對於已經去世的明朝皇帝，清朝的皇帝還是很尊重的，康熙帝為朱元璋掃墓時還行了三跪九叩的大禮。但是對於尚在人世的明朝皇室後裔，清帝是零容忍。好在清朝滅亡時中國已經步入共和制度，政權可以平穩過渡，清朝皇室成員也得到了優待，否則明朝皇室所遭遇的殺戮清朝皇室也得遭遇一遍。
風塵講歷史
糾正幾個錯誤。
1.人數嚴重誇張。
明末朱元璋後裔沒有100多萬，晚明萬曆年間，明朝宗室人口也才8萬多人。
明末崇禎朝禮部尚書兼文淵閣大學士、內閣次輔徐光啟曾推算過，明朝宗室人數三十年左右即增加一倍。
朱元璋建國之初，分封子孫及他哥哥等子孫於各地，“初封親郡王、將軍才四十九位”。宗室人數總共五十八人，永樂年間增至一百二十七人，嘉靖三十二年(1553)增至一萬九千六百一十一人，萬曆三十二年(1604)又增至八萬多人。 所以到明亡時候，考慮到明末李自成等農民起義戰亂殺戮，明朝宗室人口最多時候也就十萬人左右，根本沒有誇張的說百萬人。
2.明朝宗室沒有殺絕。
不少明朝宗室子弟改名換姓，活了下來。有的後來恢復了朱姓，但也有不少還是習慣性的改姓了其他姓氏。 清朝： 清朝初年，明朝宗室存在的名人就有朱元璋第十七子朱權九世孫朱耷（八大山人）、明靖江王南明元宗皇帝朱亨嘉之子朱若極（筆名石濤），兩人都是清朝初年有名的大畫家。 當代： 比較著名的有來自湖南的總裡，中科大校長朱清時等人。
3.明朝宗室的確被殺戮嚴重。
明朝末年，明朝宗室大部分被農民軍、清軍殘害。
1）抗爭被俘殺害。著名一點的有明襄王朱翊銘被張獻忠活捉並殺掉，福王朱常洵被李自成梟首（但沒被燉湯，那是野史記錄），楚王朱華奎被沉江而死。
2）投降也被殺的。明朝宗室就算投降，下場也是一個模樣。比如崇王朱由樻及弟弟河陽王朱由材等投降李自成，不久依然被李自成處死。投降李自成的秦王朱存極，倒是沒被李自成殺，但遇到清軍就沒那麼幸運了，他在1649年被清軍剿殺於階州。
3）清朝殺戮最多，手段也最卑鄙。 1644年，為安撫明宗室，順治曾經假惺惺地祭拜明朝末代皇帝崇禎，喊崇禎為哥，並出臺了《登極詔》：前朝宗室首倡投誠、先來投順、赴京朝見者，仍給祿養，以昭朝廷興繼之意。
於是，明朝宗室感激涕零，紛紛出來拜見“叔叔”，可“叔叔”卻露出了猙獰的獠牙。 崇禎太子朱慈烺就輕信了順治的許諾，他偷偷跑回外祖父周奎家要吃的，被清廷發現後，清廷捕殺了他，雖然當時清朝找了很多明朝遺老遺少，想他們指認這是假太子，大家都說真的，順治還是將崇禎太子殺了，並對外說這是假太子，冒充的，該殺！
明朝其他藩王世子也難逃厄運，比如潞王、荊王、衡王世子等，順治都以“私匿印信”為藉口，全部處死。 早已投降的周王、晉王、德王也一起被清廷殺戮。當時存活的明朝宗室就是砧板上的肉，清廷想殺就殺！
康熙也曾學起他老子的模樣，聲稱：如朱明宗族改易姓名隱藏逃避者，俱令回籍，各安生理，勿仍前疑懼。同樣的坎兒，明宗室子弟被絆倒兩次，也是傻。崇禎第四子朱慈煥在山東汶上縣被捕，時年已75歲。他和自己的兒子、孫子一同被處斬立絕。 其他例子太多，就不一一說了。
可汗說事
題主所說的一個不留就有點絕對了，要知道人是殺不盡的，朱元璋的百萬子孫是從何而來的呢？當初朱元璋建立明朝之後對於皇室子孫，他曾特意下詔只要是皇室子孫一出生國家就會撫養照料，這樣經過200多年的累計到了明朝末期，他的子孫竟達百萬之眾（誇張之說，其實並沒有那麼多），這對晚期千瘡百孔的明朝來說光是皇室子孫的開支就是一大筆負擔。
後來隨著天災人禍的不斷惡化，明朝被推翻，這些皇孫貴胄一下從天上跌落人間，並且成為了起義軍、清軍圍剿的對象，比如李自成攻破北京城後就把皇室屠殺了一遍，張獻忠攻破四川后也大肆屠殺皇室子孫，後來起義軍攻破朱家大本營鳳陽後，除了屠殺之外也把皇室子孫俘虜了一批，這批在李自成兵敗之後，有部分人倖免於難，之後逃到荒山，或者隱姓埋名生活。
苦難並未就此過去，後來清兵入關後對於明朝的皇室子孫又來了一次大屠殺，這次更徹底，不過就算如此朱家皇室子孫也沒有被屠殺殆盡，到了雍正、乾隆帝時期，清朝皇帝覺得明朝子孫後裔再也翻不出什麼浪花，就假仁假義的追封朱元璋的後代為侯，至此朱元璋僅剩的後代才得以安生的生活下去。
歷史這點兒小細節
明末亂世裡朱明皇族並非被清軍一家屠殺，還被李自成張獻忠等農民起義軍屠殺，雖然被大肆屠殺了不少，但並非一個不留，還是有血脈延續下來的。
明朝的藩王是中國歷史上的一大特色，可以說是明之毒瘤。因為它不僅吃窮了國家，加大了百姓負擔。還通過手中經濟特權壓榨了百姓。
眾所周知封建社會有一個繞不開的死結，那就是土地兼併。明成祖朱棣起靖難逆襲成功後，以小宗代大宗，成功的使自己一脈成為帝系以後。對於藩王兄弟可是戒心甚重，深怕有一天自己一脈又被其他藩王取而代之，所以通過柔和手段削藩，用經濟特權換取藩王的政治、軍事特權。使藩王再沒有威脅。
明成祖朱棣削藩後，藩王再無實權。也就是擁有經濟特權，和名義上的高地位，有如圈養動物一般，成天沒事幹，就自己找事幹，首先是藩王的子嗣繁衍過多，同時利用經濟特權撈取了不少財富，還通過奏請、乞討等方式兼併了大量土地加速了土地兼併的過程，壓榨了百姓，使大部分藩王被百姓恨之入骨。
李自成張獻忠等農民起義軍崛起時，每到一地都是大肆屠殺明庭藩王。在這個過程中明庭藩王損失了不少。到了崇禎十六年李自成有望取明庭而代之時才收斂了一些，如秦王晉王投降後都是優待之，打算為新朝點綴，大同代藩誓死抵抗城破不降，結果本支四千餘人被屠殺殆盡。
可以說在農民起義軍崛起的過程中，明朝藩王就被大肆屠殺了不少，尤其以北方為嚴重。
滿清入關後，為了鞏固統治也大肆屠殺了很多朱明皇族。而且手段有些卑鄙是誘殺，還有就是鎮壓南明過程中擒殺了很多朱明皇族。
滿清入關當年的“登極詔”中用以下內容來哄騙朱明皇族： 前朝宗室首倡投誠、先來投順、赴京朝見者，仍給祿養，以昭朝廷興繼之意。
根據白新良和趙秉忠的《清兵入關與明朝宗室》一文中統計記載，順治三年到順治八年，先後擒殺的朱明皇族僅郡王以上就有五十多人，對於家屬也是趕盡殺絕，總人數最起碼在萬人以上。
在征戰南明的過程中，也殺死了不少朱明皇族。如順治五年，被俘的弘光帝朱由崧（明朝第二代福王，北京淪陷後在南京被擁立為帝，為南明第一位皇帝）和早已投降的周王、晉王、德王一起被殺。
曾經與福王爭奪帝位的萬曆帝侄子潞王有著賢王之稱，在清軍南下之時投降，後在順治三年，以“私匿印信”為藉口，與荊王和衡王世子等十一人被處死。
雖然經過農民起義軍的大肆屠殺，清軍的系統性擒殺，朱明皇族也沒有被滅絕，還有相當一部分人在亂世中隱姓埋名的一直延續到現在。
再說個現實例子，雍正帝時期，找到朱明皇族代簡王后裔朱之璉封其一等延恩侯，抬入上三旗中的正白旗。專門負責祭祀明陵。其後代世襲延恩侯，至清亡末代延恩侯朱煜勳還曾前往天津探望末代皇帝溥儀。
宋安之
《道德經》有語：金玉滿堂，莫之能守；富貴而驕，自遺其咎。老朱分封兒子們為藩王，各領一方，擁兵數萬成為一方諸侯；老朱屍骨未寒，四兒子朱棣起兵發動靖難之役篡奪了皇位，成為了明成祖。明成祖採用推恩令的方式逐步削弱了各地藩王，藩王們雖沒有兵權，但是在地方上享有經濟特權，代代分封繁衍下來，明末朱元璋後裔有百萬之眾！
百萬朱明皇族成為社會的巨大負擔，他們為富不仁，巧取豪奪，魚肉百姓，成為社會的寄生蟲兼蛀蟲！皇族們只負責壯大家業，繁衍後代，對國防一點不支持，民怨極大。朱明皇族滅絕主要有三方面：其一、各地農民起義軍殺了當地朱明皇族，瓜分了他們的財產；其二、南明皇室內部相互兼併，彼此殺戮；其三、清朝系統性的誅殺朱明皇族後裔。經過三方面的層層屠殺，百萬朱明皇族百分之九十九死亡了，其餘改姓埋名或者逃亡海外！
起義軍著名的屠殺事件是李自成將福王做成福祿壽宴。崇禎十四年(1641年)正月二十日，河南洛陽，在福王府邸，福王朱常洵被煮得爛熟，以及數只鍋中的梅花鹿被幾千兵士吃入腹內，成為大家的美味晚餐。據說福王魚肉百姓，富可敵國，自己吃得重達三百斤，但是他一分錢也不給崇禎皇帝平遼，也不施捨救濟百姓。最終他被李自成做成了福祿壽宴，全家老小皆被起義軍斬殺！ 
清朝屠殺朱明皇族的原因很簡單，就是怕有人打著朱明皇族後裔的旗號反叛，朱明皇族的死人對滿清有用，活人則是大麻煩。南明政權剩餘的皇帝都被清朝下旨處死，永曆帝、隆武帝都死了。康熙朝時朱三太子密謀反叛，被康熙皇帝凌遲處死，梟首示眾；乾隆皇帝時期，有一明朝皇族老叟，九十有餘了，被乾隆發現後依然凌遲處死。清朝絕不允許明朝皇族後裔存在，明朝皇帝可以祭拜，皇陵可以被保護，但他們的後人必須得死！
大秦鐵鷹劍士
出來混，總是要還的，被殺得精光蛋，那是老祖宗造下的孽。
咱們來看看這個因果報應。
明太祖朱元璋對一起捨身忘死的戰友夠不夠冷酷？他對手下的大臣官員們夠不夠冷酷？對宮裡妃子們夠不夠冷酷？對老百姓夠不夠冷酷？
前天發文，我稱朱元璋為“那廝”，還被罵，咱們看看“那廝”辦出來的事。
那廝對自己的子孫溫柔體貼得很！
為了子孫們幸福永久，他可真夠動腦筋的。
一、看看朱家子孫的待遇
明朝初建，功臣還沒來得及封，所有的兒子就都被封王了，包括他剛滿一歲的幼崽。
他所有的子孫都不受普通法律約束，也不受官府的管制。公侯大臣和百姓們見了他的子孫都必須下跪行禮。
有史以來，大明王朝的官員工資是最低的，但明朝皇室的待遇是最高的。
親王年俸萬石，還有土地，金銀各種賞賜。皇室子弟不需要工作，所有的支出都是國家負擔，從10歲開始就領工資，享受各種待遇，結婚時國家還負責置辦房產和一切婚禮費用，死了還有鉅額喪葬費。
“我朝親親之恩，可謂無所不用，其厚遠過前代矣”。
二、看看朱家子孫的繁殖狀況
這麼牛掰的待遇，誰還發愁生養孩子？多一個孩子就多一份收入。朱家子孫唯一的特長就是生育。
生殖競賽就開始了。
“宗室年生十歲，即受封支祿。如生一鎮國將軍，即得祿千石。生十將軍，即得祿萬石矣……利祿之厚如此，於是莫不廣收妾媵，以圖則百斯男。”
“利之所在，人爭趨之，如水之就下，不可止也”。
弘治五年，山西的慶成王有子女94名。 他的長子的兒女也達到了70人。慶成王的孫子是163人，曾孫是510人。再加上妻妾女眷，整個慶成王府中，“正牌主子”就1000多人。
他的一位後代，另一位慶成王生了一百多個兒子，家庭聚餐，兄弟見面彼此都不認識。
“每會，紫玉盈坐，至不能相識”。
正德初年，慶成王府的子孫數量就龐大到自己都搞不清了。
“本府宗支數多，各將軍 所生子女或冒報歲數，無憑查考，乞令各將軍府查報。”
明初，朱元璋初封親郡王、將軍四十九位。二百多年後，數字就太嚇人了：
洪武年間，山西只有一位晉王。嘉靖年間，子孫封爵1851人。
洪武年間，河南只有一位周王。萬曆年間，封爵5000多人。
明代皇族人口增長率是全國平均人口增長率的10倍。
皇室玉牒上正式收錄的人數，洪武年間是58人，永樂年間127人，嘉靖年間19611人，萬曆年間8萬多人。
三、再看看這些蛀蟲們佔有的土地：
朱家每增加一批崽崽，就意味著老百姓多增加一層負擔。 王爺增加，王府就增加，圈地就擴大，明朝最好的土地就越來越集中到皇族手中。
明代中期，全國人均土地迅速下降，皇田迅速擴大。
景王、潞王的莊田4萬頃，福王莊田2萬頃，桂王、惠王、瑞王的莊田各3萬頃。長沙吉王有地七八十萬畝。河南全省土地，有一半都是王府的。
山西晉王府，明初年俸1萬石。嘉靖年間，為87萬石。
河南周王府，69萬石。
湖廣楚王府，25萬石
……
四、看看大明王朝當時的局面：
明代中期，各地的財政收入，已經供養不起本地區的皇族了。
山西地方財政收入為152萬石，而王爺們每年俸祿為312萬石。
河南年財政收入為84萬石，而王爺們俸祿是192萬石。
“王府將軍、中尉動以萬計，假令複數十年，雖損內府之積貯，竭天下之全稅，而奚足以贍乎？”
“將來聖子神孫相傳萬世，以有限之土地，增無算之祿糧，作何處以善其後？”
五、再看看王爺們的所作所為：
待遇如此優厚，仍然貪心不足。
①勾結鉅商，行業壟斷。
這些王族利用他們的關係，向朝廷和地方索要特殊政策，轉給商人，分得巨利。地方上所有能賺錢的行業，都被壟斷。
還利用特權，控制食鹽，抬高鹽價，貧苦老百姓連鹽都買不起。
②霸佔自然資源，土地、山林、礦山。各地王府所圈之地，“皆取之州縣中極膏腴田地”。
皇帝賜給福王兩萬頃河南的土地，圈盡了都不夠，又到湖廣、山東去佔。
“佔奪民業而為民厲者，莫如皇莊及諸王、勳戚、中官莊田為甚”。
③索取收稅權。
周王擁有開封的稅課權。
潞王佔有河泊所26處。
清源王佔有潞城縣的商稅。
遼山王佔有屯留縣的商稅。
平遙王佔有黎城縣的商稅
河南福王，“珠玉貨賂山積”，金錢百萬。
陝西秦王，富甲天下，“擁貲數百萬”。
大同代王，擁有房屋1060所
……
六、看看王爺們如何為非做歹：
縣官處罰代王府的僕人，代王府的輔國將軍當眾毆打知縣。
晉王府的河東王當眾辱罵和毆打地方官，“挾奏有司，擅入府縣，凌辱毆置，習以為常”。
寧化王府的管家，動手毆打布政使（朝廷大員）“求索祿糧不遂，圍布政司門，毆傷左布政使劉望之。”
慶成府的輔國將軍藏匿大盜被告發。
方山王府鎮國中尉朱新垣“與群盜通，劫掠商貨”；
襄垣王府的輔國中尉、昌化王府的輔國中尉都“私出禁城為盜”，當強盜殺人越貨……
河南禹州徽王朱載倫，“有美女子過府，掠入與淫，女幼不敢接，即大怒，投以與虎”。
山民王朱企禮“前後奪民妻女無算”。
武邑王在父喪期間“居喪無禮，置酒作樂，召妓者歌舞，極諸淫縱，內使諫者，輒非法拷掠，或觸其怒，以石鼓壓胸，囊沙覆口，死者數人”
……
這樣的大明王朝，居然還有人懷念，還跪地歌頌。
七、重點的來了，下面咱們來看看他們的報應。
農民起義軍來到嘍。
“凡所攻陷，劫掠焚燬，備極慘毒，而宗藩罹禍尤甚”。
崇禎十六年，李自成率兵入山西，每到一處，必先捕殺皇族。
攻陷山西平陽後，“西河王等三百餘人遇害”；
攻佔汾陽後，搜殺“宗紳”，以致“彼汾一方，幾成羅剎鬼國”。
攻克太原後，“捕晉宗室四百餘人，送西安，悉殺之”。“恐（中低層）宗人為變，閉門搜捕，得千餘人，殺之海子堰，若殲羊豕”。
晉王宗室中的主要的宗室成員就差不多殺絕了。
李自成攻取大同，代王朱傳齊以下的4000多名宗室全部被殺。
“雲之宗姓，約計肆千餘，闖賊盤踞六日，屠戮將盡……”
綜計以上數次，李自成軍僅在山西一地，就殺掉朱姓子孫10000多人。
李自成兵鋒過處，那幫朱姓王爺都是死路一條。
張獻忠所到之處。
攻取襄陽，朱翊銘跪地乞生，張獻忠說：“吾欲借王頭，使楊嗣昌以陷藩伏法。”
“殺之城上，焚城樓，投屍於火”。
攻克武昌，俘獲楚王朱華奎，活沉西湖，所有宮殿燒燬。
只要是朱元璋的後代，不論投降還是俘獲，不管是否求饒，也不管是否獻出財寶，全部殺掉。
攻佔常德，“榮王宗室殆盡”。
攻克重慶，蜀王朱常浩及其家人“盡殺之”。
蜀王朱至澎“合宗被害”……
“凡王府宗支，不分順逆，不分軍民，是朱姓者，盡皆誅殺。”
…………
農民沒有殺絕的部分，清軍來補刀。
清軍打敗李自成，與南明作戰。入關五年內，清軍和明朝的降軍擒殺朱明的親王、郡王50多人，家眷和奴僕也全部殺掉。
即使是已經投降的皇族，也沒有放過，荊王、衡王、周王、晉王、德王、潞王等已經投降的諸王先後被殺。
吳三桂殺了永曆帝朱由榔。
康熙年間，還殺了個“朱三太子”。
朱元璋也是農民出身，也受過餓，要過飯，元朝怎麼完蛋的，他心裡不清楚？老百姓讓他朱家折騰得民不聊生，家破人亡，流離失所，怨人家李自成和張獻忠手狠？
有人還罵農民軍是“流賊”，明朝老百姓可憐啊，辛辛苦苦種田，居然要被餓死，被罵成“賊”。那些朱明子孫什麼活都不幹，吃香喝辣，還禍害國家，是不是“賊”呢？
南明那些王子王孫們，居然還想讓老百姓繼續賣命保護他們的一脈江山，失心瘋了。
現在還有人僅僅因為明朝當皇帝的血統而大加懷念，至今還想著反清復明，還想朱家王朝萬年一系，真是不知道腦瓜裡轉的是什麼筋？
明朝是被李自成滅掉的嗎？是被清朝佔了便宜，撿了漏？是自己把自己推上了絕路啊！
饞嘴肥貓鏟史官
這個說法本身有問題，朱元璋的後代是在明末造到血腥屠殺，但這和清軍入關和不入關關係不大，而且朱元璋後代也沒有被殺的一個都不留。
首先，明朝雖然有分封藩王，但除了前期的幾個北邊的藩王，手裡都沒有兵權。明成祖朱棣靖難之役之後，也意識到藩王尾大不掉，進行了一系列的削藩。之後這些王室子孫就被放到地方，由地方官員監視，好吃好喝的伺候著。這些王室子孫閒著沒事，就在家生孩子，據說到明末的時候朱元璋後人已經有100多萬了。
之後，明末出現了農民大起義。這些起義軍對明朝王室可是恨之入骨，恰巧明朝法律又規定這些王室子弟不能離城40裡以外，那麼起義軍每佔領一座城，就能抓到一窩朱元璋後代。起義軍對他們可是毫不客氣，著名的福王因為長的肥被起義軍和一隻鹿放在一起燉了湯，還起名“福祿湯”。所以，朱元璋後人被殺的這麼慘，清軍表示這個鍋我們不背。
最後，朱元璋後人也沒有被殺光。有兩段歷史記載明確表明朱元璋還有後人存在，一次是康熙執政時期，為了表示對前明的尊重，準備重新安排人祭掃、管理明朝皇陵，於是就尋找朱元璋後人。最終還真的就找到一個叫朱之蓮的朱元璋後人人，被康熙封為一等候主管明朝皇陵。第二次是清朝滅亡後十幾年，溥儀突然提出要見見朱元璋後人，想看看亡國之君後人下場如何，這一次也真的找到了朱之蓮的後人。看到朱元璋後人處境悽慘，不知道剛剛更事的溥儀作何感想。
經武歷史講堂
和清朝滅亡後的優待比起來，明朝滅亡後的皇室們，那是相當悲慘的，估計還會有人生出，為什麼自己會姓朱的這個念頭吧，那也沒辦法，養尊處優的背後不就是這些麼！
李自成起義，殺了多個明朝的親王，幹掉了無數的皇族成員，算是對這場劫難開了個頭，隨後的一部分皇室在保家衛國的戰爭中殉國了，剩下的就開始了極為悲催的生活。
據史載，在變亂之際，還有一部分皇室成員，如秦王朱存樞、晉王朱求桂、代王朱傳(火+齊)，先被李自成農民軍俘虜至北京。後來滿兵入北京，這部分被俘皇族在兵荒馬亂中失蹤，生死不知，下落不明，算是失蹤了。
崇禎死後，三個皇子相機落入敵手，李自成並沒有立即殺死他們，而是帶著他們去征討打著“克復神京、奠安宗社、乾坤再整、日月重光”旗號來和他作對的吳三桂，為的是以皇子來要挾吳三桂：李自成自然不會知道吳三桂後來對南明永曆帝的所作所為，否則的話絕不會想出這個主意。在山海關，李自成被吳、滿聯軍擊敗，接著一敗再敗，三位皇子奇蹟般的活了下來並擺脫了大順軍，走上了各自不同但最後殊途同歸的路。
說“殊途同歸”，是因為三位皇子命運雖然相差了幾十年，但最後都死在滿清朝廷手中。清朝政權是不會讓前朝的皇子留下當做漢人反抗的標杆的比如：“朱三供系崇禎第四子。查崇禎第四子已於崇禎14年身故。又遵旨傳喚明代年老太監，俱不認識。朱三名系假冒，朱三父子應以凌遲處死。”反正真的也是假的，假的也是假的，都搞死算了。
一、清世祖實錄，順治三年六月丁亥頒“上諭”
“諭兵部;聞青州大同，尚有故明親王郡王在彼居住，恐被流言誣害，致取罪戾，爾部可令各該督撫即為查明，並其眷屬撥官兵護送來京，勿致途次疏虞，違者重治。他省地方如有廢藩居住者，俱令查明奏聞。”
二、東華錄載，順治叄年五月壬戌條：魯王等十一人私匿印信，圖植....”
三、順治三年八月，山西巡撫申朝紀揭帖：“為順治三年六月十日接兵部諮。轉奉六月十一日上傳，查報境內明季親郡王。查有六合王朱效鑾，山陰王朱廷理二人，見(現)在潞安府及蒲州居住，先行奏聞”。(六月十一日頒旨，六月十九便送抵山西太原)“此即莽書中與明史不同處，六合王名字與明史不同”
四、佚名(內閣大庫檔案殘本缺前頁)山西巡撫殘本：“查解山西境內明季各郡王，計送六合王朱效鑾妻母二人，保定王朱效鑾妻子三人，沁源王朱效*(金和否加在一起的字)妻子及子媳五人……”(立即開始逮捕)
五、刑部等衙門會題殘本：“……及查兵部擋案，順治三年八月三十日，宣大總督馬國柱先解明季王子共九名，啟奉墨勒根王俱正法訖。其九人妻孥，據解到樂昌王子孫朱一王並劉氏，第二子朱國璋妻郭氏，朱君璋之妻王氏……(一連串男女王妃子女……)又一小孩子。該部裡議得，王等婦人交與戶部，小孩子應斬……”(全部處死)
六、順治六年十二月十五日刑部題本，查拏逃走明宗室朱淇江等案內稱：“該滿洲理事官老卻，同本司郎中王以約查審得，大同朔州宗室的兒子和媳婦們，兵部拏來給了廂黃旗馬拉希牛彔下該都裡為奴……”(婦孺淪為奴)
從此官方書不再稱“明室”稱“偽”或稱“逆”。
至康熙三十八年，下旨清查，明朝的皇室都殺光斬絕了。(仍有一些人漏網，但屈指可數)
為了躲避滿清的迫害，一部分皇族成員，在國破家亡之後，紛紛隱姓埋名，或竄伏山林，或輾轉流徙，開始了艱難的逃亡生活。如出自大明皇室寧藩的宗室八大山人，在明亡後，便自動放棄了朱姓，自號雪個，後來乾脆出家當了和尚，只是把明朝滅亡的日期，偷偷地組成押印簽在他的畫裡，以志不忘自己是大明皇室子孫。
大明皇室周藩分支安昌郡王朱肅渣，在安昌淪陷後，逃往浙東，投奔監國魯王朱以海。舟山失敗，他戰死，其子安昌長子朱某年幼，被母妃攜帶逃出，後為躲避清廷迫害，來到杭州淨慈寺，出家拜豁堂和尚為師，做了和尚，後來到松江一個荒野破庵中偷生。母妃臨死時將王印交給兒子，庵中僧人走漏了消息，結果安昌王長子仍被官府抓捕處死，同庵僧人受牽連而死者數百人。
《清稗類鈔·姓名類》記載，明亡後，“天潢貴胄，轉徙流亡，無不改姓自晦”。
這和後來的八旗改姓如出一轍，不一樣的是漢人們往往以德報怨，朱姓皇室命就沒那麼好了。
每當朝代鼎革時，新建的王朝總要剷除前朝皇族。但沒有哪一個政權像滿清王朝一樣，因為自己是異族入侵，做賊心虛，對明朝宗室怕得要命，所以清初對明朝皇室實行血腥的屠殺政策。這給明朝皇室帶來了比明末農民起義更殘酷、更可怕的災難，這是不可否認的事實。
關河南望
我知道題主要表達一種怎樣的情緒，無非想說清朝統治的殘酷吧，比如康熙絞殺朱三太子時，寧錯殺一萬，不放過一個。其實這是在清朝初年，為了防止朱家後代死灰復燃，畢竟他們是舊皇室子孫，有一定的號召力，改朝換代哪有不流血的好事！殺朱家子孫是必須的。
當國家形式穩定後，尤其南明政權被消滅後，清政府看到老朱家子孫再也折騰不起浪花時，此時大清出於政治考慮，做出了優待朱家子孫的事來，反而指責和汙衊李自成太殘忍對待朱家子孫。
清政府不惜篡改歷史，顛倒黑白說：崇禎十四年(1641年)正月二十日，闖王的義軍闖進河南洛陽福王府邸。福王朱常洵被李自成的起義軍所烹殺，連及數只鍋中的梅花鹿被幾千兵士吃入腹內，成為晚餐。 這就是歷史有名的福祿宴。
這就是典型的清政府篡改歷史，福王朱常洵是否被李自成活煮這事存疑，沒有定論。清政府為了政治需要汙衊李自成，無非進一步表示清朝建立是奪得李自成的江山，逼死崇禎的是李自成，換言之，想表達明朝的滅亡是李自成一手造成的。
這是大清走的一步好棋，轉移矛盾，轉移視線。比如到後來為了加強這個理由的說服力，遷葬崇禎墓，修善明陵等事情。由此可見，清朝後期是善待朱家後代的。我這裡有史料證明我的觀點。
比如康熙時，朱元璋的第十七子寧王朱權的十世孫朱議翁降清，被清政府委任都騎尉。過了些時候，這些降清的朱家子孫反悔了，朱議翁聯繫了三四個朱家子孫，帶著兩千號人馬要叛亂。還沒造反就被人告密了，朱議翁是明白人，乾脆再次投降。
拜託，在國家安定的時候，朱議翁帶著幾千號人馬造反，這不是螞蟻撼大樹？但康熙並未殺他，只是把他發配到了寧古塔勞動改造去了。康熙料到這些皇家子孫掀不起浪花了，何必粘上濫殺無辜的惡名麼？
直到現在還有朱元璋這一脈生活在寧古塔一代。我所言這一切，其實就是要反駁題主所說的，清政府為何把百萬朱家子孫殺的一個不留這個觀點。
想想就會明白，就連朱元璋的子孫朱議翁都認為大勢已去，朱家子孫不會傻到以卵擊石的地步，清朝也不會傻到不講政治原則的地步，，總之，殺不殺朱家子孫是政治需要，當後期沒必要殺時，留下朱家子孫又何妨？事實也確實如此。
秉燭讀春秋
這個問題問得還是有些誤導的，缺陷主要在兩個地方：
第一、明朝的王爺雖然都是些生殖機器，但在不到三百年的時間裡，也沒本事繁殖到一百多萬，充其量也就十來萬；
第二、明朝的這些王爺子孫們，也不全是清軍消滅的，更多的應該歸功於李自成、張獻忠這些流軍，他們對老朱家的子孫可從沒客氣的。
作為歷史的事實，明朝的王爺子孫實在是多，多到國家都不堪重負。
如明人王世貞在《皇明盛事述》中的記載，當時明朝親王24人、郡王251人，鎮、輔、奉國將軍7100人，鎮、輔、奉國中尉8951人，郡主、縣主、郡君、縣君共7073位。
這還是在明朝中期，而且是有封號、正式冊封的一批，如果加上其他因為各種原因沒有冊封的，還有其親屬等等，明朝朱家王爺子孫家庭恐怕是不止十萬人的。
試想，這些王爺除了使勁造人，無所事事，幾乎要吃掉明朝大半的稅賦，巨量的民脂民膏，就養了這幫東西，老百姓如何能吃得消，這分明就是招人恨啊。
因此，張獻忠、李自成等流軍但凡攻破王爺府，一般都要大殺特殺，殺光為止的。
如張獻忠攻破襄陽後，明襄王朱翊銘等悉數被殺；李自成攻破洛陽後，明福王朱常洵等被屠盡，朱常洵甚至被肢解後與鹿肉同煮吃掉。
之後，張獻忠攻入四川，蜀王朱常浩全族被殺，李自成攻入山西后，代王、平陽、汾陽、慶成王等均殺得沒剩下幾個。
當然，清廷對那些朱家子孫也不客氣。據統計，從順治三年到八年，先後擒斬的明朝宗室，僅郡王以上就有五十多人，其家屬也盡誅之，以此計算，總人數當在萬人以上。
如此一來，這十幾萬的朱元璋的子孫也大多灰飛煙滅，成為歷史的塵埃。當然，朱家王爺子孫畢竟基數大，要想全部殺光也是不可能的（也無必要）。
大動亂、大殺戮之後，還是有一些偶有殘餘，但這些人大多隱名埋姓，最終“飛入尋常百姓家”，泯然眾人矣。
而客觀的說，在這樣一個年代，又何止是朱家子孫才遭遇如此的慘禍呢？
