一、消除安全庫存可能造成缺貨成本
精益生產的存貨制是一種“零庫存”模式，是在通過降低原材料和產成品的庫存量，儘可能消除供應鏈和生產上不必要的浪費。可根據顧客的需求來生產、供貨，以減少與之相關的供應鏈成本及管理費用，通過該管理模式能減少一大筆應用於存貨的資金。
此種模式的優越性在於：
-減少存貨資金的佔用量，減少機會成本和材料貶值損失
-降低存貨方面的儲存費用和管理費用；有助於增強對質量的控制
二、預算實施過程中與目標出現偏差
精益生產方式所採用的目標成本管理作為一種預算管理，是在企業預算的基礎上，根據企業的經營目標，在成本預測、成本決策、測定目標成本的基礎上，進行目標成本的分解、控制分析、考核、評價的一系列成本管理工作。
因此，實施精益生產方式的企業往往通過預算來監控戰略目標的實施進度，有助於控制開支以及預測企業的現金流量和利潤，因此由市場環境變化所帶來的不確定風險以及資源的稀缺在一定程度上給企業增加了難度。
三、忽視質量問題導致增加質量成本
任何一家生產企業都必須重視質量成本。應當將企業中質量預防和鑑定成本費用與產品質量不符合企業自身和顧客要求所造成的損失一併考慮。而實施“零庫存”模式的企業大多都與供應商有著長期的生意往來，供應商對企業的生產零部件的屬性和數量了如指掌，像日本豐田對產品追求舒適、美觀，往往對零部件是量身訂造的，在豐田迅速擴展的同時，對零部件的需求大幅增加，原有的供應商無法提供足夠數量的零部件，使得豐田必須與之前所不熟悉的供應商合作，此時又沒有對產品質量進行嚴格把關，才會導致豐田召回事件的發生，造成一大筆在質量方面的成本。質量成本是實施精益生產的企業所必須注意的問題，無論是在平緩發展階段，還是在快速擴展階段，都必須對產品質量進行把關。
引起質量事件發生的原因主要有以下兩點：
第一，質量管理並不是獨立存在的，必須貫穿於企業採購、生產、出庫的全過程，在實行質量管理的過程中，必須重視質量成本的核算與考核。這種管理涉及到質量成本數據的收集和統計分析、預防性工作、評估性工作、補救性措施等等，這一系列複雜的質量管理過程會直接導致成本的支出，因此往往很多企業在質量事件發生之後才想方設法要補救，給企業挽回信譽。
第二，既然實施一系列的質量成本管理會直接造成一大筆支出。那麼，對於一個生產企業而言，是應該權衡這筆直接費用帶來的支出與質量監管得當所減少的支出，還是應該時刻把住產品質量為顧客樹立一個品牌形象呢?這點應當由企業管理者去權衡，但從長期來看，保證質量、樹立品牌是必須的。
四、未引入合適的成本核算方法
基於精益生產方式諸多特點，它所適合的一套成本管理模式比較複雜，企業在引入精益生產方式往往是長期的事情，這種改革不是一蹴而就的，所以建立起一套適合自身的成本管理模式和信息系統，除了要投入一大筆資金之外，還要經過長時間的摸索。另一方面，我國加工型企業基本處於國際產業增值鏈的低端環節，真正體現科技水平和要素按量的設備和中間投入嚴重依賴進口，在這種情況下，根本無需考慮產品生命週期成本以及對目標的預算，只需要按指令進行加工生產，完成任務。
傳統的成本核算方法已經無法應用於精益生產方式。但國內很多企業對精益生產方式認識不到位，僅僅學到表面的看板管理和零存貨模式，而沒有制定一系列與之相匹配的成本管理模式，傳統的成本管理模式偏向對成本進行事中控制和事後控制，歸集直接材料、直接人工和製造費用，不能揭示與各生產步驟有關的成本動因，也就無法對產品生產的每一道工序辨別出增值作業和非增值作業。精益生產方式是從產品研發時期開始對產品的生命週期成本進行跟蹤，從而對成本進行有效的事前控制，如果採用傳統的成本核算法對產品成本進行計算，將難以達到對產品的事前控制。
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