無法解決國內經濟問題，導致大批民眾上街抗議，在巨大壓力下，4月11日，軍方發動政變，推翻了前總統巴希爾。關於軍方與抗議者的扯皮暫且不管，前總統巴希爾可以確定，其政治生命基本已經終結，儘管此前有報道稱，軍方成立的過渡委員會有意讓巴希爾有資格重新參選總統。
巴希爾本人目前已被確認，關押在首都喀土穆一所安保嚴密的監獄裡，包括其兩個兄弟在內，巴希爾的大批親信也被逮捕。對於蘇丹政變，大部分西方國家都沒有標明態度，認為這並非一場革命，而是蘇丹軍事統治集團的一場內部傾軋，巴希爾在喪盡民心後，被軍事集團拋棄，至於蘇丹是放棄目前的軍政府統治，還是搞民選政府，西方似乎並不關係，只是希望不要再出現達爾富爾大屠殺那樣的人道災難：正是因為縱容達爾富爾大屠殺，包括大量的強姦事件和公開販賣平民為奴，2009年，國際刑事法院以犯有戰爭罪和反人類罪為由，正式對當時的蘇丹總統巴希爾發出逮捕令。
據蘇丹國家通訊社SUNA報道，4月17日，蘇丹過渡軍事委員會下令，調查被罷黜的前總統奧馬爾·巴希爾，罪名是洗錢及非法擁有大額資產。軍事檢察院搜索了前總統巴希爾最近的住所，結果在那裡發現了大量現金，包括600萬歐元、35.1萬美元，還有50億蘇丹鎊（約為1.05億美元）。蘇丹當地媒體稱，這些錢用麻袋裝了好幾袋都裝不完，這些現金已被安置到蘇丹中央銀行。巴希爾的兩個弟弟也因為貪腐罪名而被捕。
此舉意味著，蘇丹軍方已經徹底放棄了喪盡民心、臭名昭著的巴希爾，不過，這是否會扭轉蘇丹目前的困境還不好說，關於蘇丹進行深度政治和經濟改革的消息，始終沒有透露，蘇丹軍方與抗議者在這些問題上，明顯存在巨大分歧，有趣的是，抗議者的主要成員就是蘇丹的中產階級，而蘇丹的中產階級而主要來自於政府公務員等，當經濟崩潰，他們無法在平民面前凸顯優越感的時候，反而成為了抗議組織者和主力。
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