“卢沟桥事变”爆发后，冯玉祥公开呼吁国共摒弃前嫌，联合抗日，反对妥协投降。军事上，他极力支持老蒋在正面战场的抗日，被受命担任第三战区司令长官，负责指挥淞沪会战。
但是，老蒋从来都喜欢越级指挥，独揽大权，常常直接向前线下达命令，搞得冯玉祥这个战区司令颇为尴尬，也十分气恼。
很快，老蒋索性直接兼任了第三战区司令，将冯玉祥改认为第六战区司令长官。为了制约冯，老蒋同时又任命萧振瀛为第一集团军总参议，唆使萧在前线挑拨宋哲元、韩复榘和冯治安等将领与冯玉祥的关系，使得冯在战场的指挥上不灵。
之后，第六战区被撤消，冯玉祥被老蒋召回并置于闲职。在这种情况下，冯仍然没有消极，而是利用一切机会，积极宣传和组织抗日。
进入抗战的相持阶段以后，老蒋对于抗日的决心有所动摇。1939年1月，国民党召开五届五中全会，老蒋谈到:
“我们这次抗战的目的，当然是要恢复卢沟桥事变以前的状态，如果不能达到这个目的，就不能和日本开始谈判。假使能够恢复到卢沟桥事变以前的中日双方状态，就可以开始谈判，以外交的方法解决东北问题。”非常明显，老蒋在坚决抗日的问题上，动摇了。冯玉祥对此表示坚决反对，他认为，只有把所有的失地都收回来，不但是东北地区，就是台湾省和琉球各岛，都必须交还给我们。只有这样，才可以接受日本的投降，不然，一切免谈。这样相左的声音，自然使得老蒋和冯玉祥的裂痕越来越明显。
抗战胜利后，老蒋在美国的暗中扶持下悍然发动了全面内战。由于冯玉祥不支持内战，在政治上不断受到排挤，1946年9月，冯被迫动身前往了美国。
1948年，内战的形势已经急剧变化，老蒋的部队连连败退，人民解放战争的最后胜利已成定局。在我党的不断努力下，冯玉祥决定返回祖国，参加新政治协商会议。
1948年7月底，冯玉祥乘苏联的轮船“胜利号”离开美国，启程回国。9月1日，轮船在敖德萨附近的黑海上，轮上失火，冯玉祥被烟熏窒息致死，女儿晓达也一起遇难。这次事故非常蹊跷，极有可能是老蒋派出特务所为，为了阻止冯玉祥参与新中国的建设。
1953年10月15日，冯玉祥的骨灰安葬在泰山脚下。
《传奇将军——冯玉祥》
《冯玉祥回忆录》
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