这部豆瓣评分8.8分的影片，该片筹划长达十二年，更是动员两万人参与拍摄。该电影在台湾上映分为《赛德克·巴莱（上）：太阳旗》和《赛德克·巴莱（下）：彩虹桥》两部分。
故事一开始讲述了什么是赛德克巴莱的男人和女人，男人骁勇善战，女人勤俭持家。
就在他们过着幸福的原始生活时，由于马关条约的签订，日本人占领了台湾岛。日本人看上了这块富饶的地区。派兵强行攻打，生活在原始社会的人很快就沦陷了。一位日本士兵谈起这些赛德克巴莱人时：他们扛着木头，从山上的制材场走下来，一走就是一整天。而他们只要几个钱给他们买酒就开心得不得了。
这样的生活，一过就是20年。当地人也似乎习惯了这样的生活，医院、学校、邮局、铁路、警察局等应有尽有，似乎文明救了这样一个原始土著人民。然而，这样的生活真的快乐么，一个小孩谈起了日本人，他说他讨厌日本人。而这屈辱的殖民生活，让一个小孩怀疑头目是不是个英雄。似乎矛盾就在这样小小的细节被展现得淋漓尽致。
此后在一次打猎中，两个部落在同一片地区打猎时，两伙人因为领地正要火拼时，一个日本人，高呼这里是日本人的猎场，不在属于赛德克巴莱人了。部落头领吃了憋，默默离开。
然而日本人的蛮横并没有就此终结。再一次部落的人结婚，一心好意的土著人请日本大人喝酒时，拒绝的日本人，并用铁棍用力敲打，这时群民愤怒了，把日本人打的遍体鳞伤。
首领出来住了他们，并亲自上门赔礼道歉，拒绝道歉的日本军官并上报案情，并要求处死这一整个部落。
知道即将门的莫那头领，再一次与赛德克巴莱警察交谈，希望他能再忍20年，到时候我们有能力再反扑。莫那铁青的脸反问道：20年后我们还是赛德克人么，20年后我们都是日本人了。
莫那首领更是示，这20年来，族人们，男人要弯腰搬木头做苦力，女人要帮佣陪酒。而这个头领只能眼巴巴的看着，敢怒不敢言。
这屈辱的二十似乎只在首领那发生么？不是的，一次族人的谈话中，只是因为杀了一个日本人，一家人都被日本人活活杀死的惨剧；日本人强暴了陪酒的女孩等惨剧每天都在上演。
这场战争在所难免一触即发。战斗也由此拉开，莫那头领联合6个部落的首领一起反抗殖民统治。在雾社运动会上，他们乱军冲入杀的日本人仰马翻，日本人四处逃窜。
然而好景不长，第场胜利成功告捷后，接下来就是日本人大举进攻。战争终究是残酷的，女人为了不拖累男人们的战斗，纷纷选择了自杀，不愿战斗的赛德克巴莱警察也选择了自杀。
在丛林里激战的本军人和反抗军激战，日本人在山地战中被教做人，节节败退，气急败坏的日本还是选择了生化武器，糜烂性炸弹轰炸。
本以为在压倒性力量前，要输的赛德克巴莱人，他们依旧顽强的战斗。用自己不屈的精神谱写一生的骄傲，为自己正名。
战争的残酷，小孩终究还上了战场，他们别无他法，不战就只能等死。
就这样，全影片走上了高潮。人、小孩统一战线一起激战三千多人的日本兵。
最后在桥上，这些勇士慷慨就。影片的最后是用1945年日本无条件投降，落下帷幕。
结语：
（1）也许对于处在现文明的我们，很难想象这些土著人怎么打下这一场精彩绝伦的战役，他们拿什么赢得战争。斗智斗勇的赛德克巴莱人告诉了我们，就算失败，他们也要奋起一战，也许这就是殖民统治终究被推翻的理由吧，为了民族、荣耀而战吧！纵使敌人有飞机、大炮，知道他们几近无敌的存在，但这场荣誉之战，无畏一切。
（2）战争的残酷，也许只有经历的人才知道吧。本影片很有深度的讲述了在战争面前，赛德克巴莱人的小孩、妇女、男人、中立者都无一幸免。因为担心食物不够，女人为了不拖累男人们打战，纷纷选择了自尽；小孩们拿起手中的枪和敌人血战到底；接受过日本教育的赛德克巴莱警察，作为中立者的他们，选择了自尽。也许这场侵略战争，从一开始就再无自保的人，要么加入战斗为荣耀而战，要么做自由的孤魂。
（3）原住民们对自由的追寻和信仰尊严的坚守，当商店、邮局、学校的出现，我们原以为原著居民能过上好日子。可这些只不过使敌人用来文化奴役我们的工具，当至美如画的山川河流里，当无数美好变成血流成河的屠虐时，野蛮与文明的沉思，总是发人深省。“雾都事件”以卵击石，也许不值得提倡，但是一个民族用自己的悲情守住信仰与尊严的精神最值得称赞。
（4）当女人选择自杀时，为了给孩子留活路和不给男人拖累时，而孩子们痛哭着不要时女人已经上吊选择自杀，也许这在任何战争片都看不到，多少让人震撼不已。
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