妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。胚胎停育就是其中的一种情况，那么胚胎停育的原因是什么呢?
遗传因素：
由于染色体的数目或结构异常所致的胚胎发育不良，是引起复发性自然流产的常见病因，所以对于医学上建议不宜生育的夫妇不勉强要孩子。另一种情况是夫妇双方染色体都正常，但是配子形成和胚胎发育过程中出现了染色体异常。例如女性年龄大于35岁，卵子老化，易发生染色体不分离，导致染色体异常。或者是男性大于45岁，精子状况会明显下降。
生殖免疫因素：
如果孕妇自身有某种抗体，就会抵制胚胎的正常发育，那么就会出现胚胎停育的现象。
内分泌失调：
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节的缺失都会导致流产。复发性自然流产20%-25%是由于内分泌异常引起的，其中早期流产常见原因为黄体功能不全。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，稍有不慎就有可能造成胚胎的停育和流产。
感染因素：
女性生殖道多种病原体感染均可导致流产，常见的有支原体、衣原体、弓形体、淋球菌、李斯特菌、单纯疱疹病毒、风疹病毒、巨细胞病毒及原虫。这些病原体的检查基本包括在了常规的TORCH五项检查中。这些感染，大多没有明显的症状，怀孕之前应该进行相关的检查，以防止出现意外。
子宫异常：
单角子宫和双子宫以及双角子宫就会引起宫腔狭窄，血流就会受到控制，胎儿得不到血液的充分滋养，也是会出现胚胎停育的。先天性或者后天损伤性子宫异常：
生殖道感染：生殖内分泌因素。在胚胎早期发育时期，需要雌激素和孕激素以及绒毛膜促性激素的供养，如果母体提供不了这些足够的激素，就会出现胚胎停育。
男性因素：这一因素常常被人们忽略，其实精液因素、精液不液化、精子畸形率高、精子活力低、精子凝集等男性因素都可以引起流产。
像是精液异常，如少精症和多精症的发病率分别为37.6%和20%。畸形精子增加也可引起ERSA,死亡的畸形精子不可能受精，因而与ERSA无关，故在检查精子形态时应注意活精子的形态。
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