在2019年UEG周上发表的一项新研究报告说，18种常用药物类别广泛影响肠道微生物组的分类结构和代谢潜能。在研究参与者中还发现了八类药物可增强抗菌素耐药性机制。
格罗宁根大学医学中心和马斯特里赫特大学医学中心的研究人员研究了41种常用药物类别，并评估了以人群为基础的队列，IBD患者和IBS患者与健康对照人群混合的1883个粪便样本。研究人员比较了吸毒者的分类学和代谢功能配置文件，以非吸毒者，看着单一用药的效果，然后合并用药。观察到的变化可能会增加肠道感染，肥胖以及与肠道微生物组有关的其他严重状况和疾病的风险。
肠道菌群是生活在肠道中的微生物种群。它包含数十万亿种微生物，其中包括至少1000种不同的已知细菌。人体肠道菌群的数量受许多不同因素的影响，包括药物治疗。在过去的15年中，微生物组受到了越来越多的关注，许多研究报告了不仅在肥胖，糖尿病和肝病以及癌症和神经退行性疾病期间肠道菌群的变化。
发现有对微生物影响最大的药物类别包括：
- 质子泵抑制剂（PPI）—用于治疗消化不良，影响欧洲人口的11％至24％。PPI还用于治疗消化性溃疡， 幽门螺杆菌根除，胃反流和Barrett食道。
- 二甲双胍-用于治疗2型糖尿病，影响10％的欧洲成年人
- 抗生素-用于治疗细菌感染，每年欧洲34％的人口服用抗生素
- 泻药-用于治疗和预防便秘，影响17％的欧洲成年人
PPI使用者的肠道菌群显示出上消化道细菌的数量增加，脂肪酸产生增加，而二甲双胍使用者的潜在有害细菌大肠埃希氏菌（E. coli）水平更高。
研究人员还发现，具有附加的七个药物类别均与在肠道中的细菌种群显著变化有关。患有IBS的人使用某些抗抑郁药（称为SSRIs）与大量潜在有害细菌物种Euillus ramulus有关。口服类固醇的使用与高产甲烷菌有关，而肥胖与BMI升高有关。
首席研究员Arnau Vich Vila在评论中说：“我们已经知道某些药物的效率和毒性受胃肠道细菌组成的影响，并且肠道菌群与多种健康状况有关；因此，至关重要了解哪些是肠道微生物药物使用的后果。我们的工作突出考虑肠道的作用的重要性菌群设计治疗和还指出，新的假说可以解释与用药相关的某些副作用时。”
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