摩訶菩提佛寺以摩訶菩提大塔聞名於世，又譯為大菩提寺或大覺寺，建於釋迦摩尼成佛後約兩百五十年左右，孔雀王朝的阿育王來此朝聖，他在菩提樹下安置了一塊金剛座，並於菩提樹旁建了一座塔寺。
到了公元四世紀，據“大唐西域記”記載；由於當時錫蘭國王王弟到印度朝禮聖地時，倍受冷落與羞辱，因此錫蘭國王主動興建摩訶菩提寺，供養來自錫蘭的僧人使用。但是到十二世紀時，回教徒的入侵卻將其破壞毀盡。直到十四世紀，緬甸國王又在阿育王的塔寺遺址上，出資護持重建。在緬甸浦甘(Pngan)的一座十三世紀建築的寺院，就是它的縮影。然而，重建沒有多久，這座寺廟就遭遇了嚴重的洪水，隨著洪水而來的大量泥沙又將它埋在沙土中達數百年，直到1861年，印度考古研究所的總指揮－亞歷山大。
玄奘西行求法時，曾拜謁摩訶菩提寺，那個時候的它非常宏偉，《大唐西域記》裡，玄奘對它的記載如下：
“菩提樹東有精舍，高百六七十尺，下基面廣二十餘步，壘以青磚，塗以石灰。層龕皆有金像，四壁鏤作奇制，或連珠形，或天仙像。”
可是，百餘年前，當鹿野苑與桑奇大塔的發現者——亞歷山大·康寧漢姆（Alexander Cunningham）來到這裡時，他看到的只是兩座破敗不堪，臨近倒塌的磚塔，標誌性的四方小塔年久坍塌，那顆知名的菩提樹早已垂垂老矣。而且，這裡是當地印度教婆羅門的地盤，院落裡擺著祭祀溼婆的林迦，佛教徒的影蹤幾乎無處尋覓。
康寧漢(Alexander.Cunninghan)拜訪此地，建議進行挖掘，為大塔的重生燃起了一線希望。1870年代末，在緬甸佛教徒與當時的孟加拉國政府協助下，終於將摩訶菩提寺修復完成，從此這座雄偉的大塔才得以重見天日。進入摩訶菩提佛寺之前，必須脫掉鞋子，赤足進入，這是對佛的尊重。
作為那個年代印度考古學界最牛的腕兒之一，康寧漢姆深刻了解這座寺院的價值。在當時殖民政府的支持下，他組織人手，開展考古工作，並參照寺廟殘存的構件與古代留存的記錄，修復了這座可能是世界上最重要的佛教建築。
雖然從現在的角度來看，康寧漢姆做的修復似乎有些用力過猛，我們仍然要感謝他保護並認真研究了這份世界遺產。
此後，摩訶菩提寺也再次被全世界所知曉，佛教徒紛至沓來，朝拜聖地，千年古寺重新煥發生機。
經歷殖民時期與獨立後的一系列修復，現在的摩訶菩提寺大塔非常漂亮：灰白的身軀，高聳入雲的主塔。密佈的神龕，交錯著異獸、連珠、裝飾柱，不過，它們絕大多數都不是古代遺存，而是英國人與獨立後印度政府修復後的產物，真品則在各個博物館收藏。
主殿面積不大，裡面供奉的是一尊金燦燦的釋迦牟尼佛像。現在中文網絡上習慣將其稱為佛陀得道時的等身像，有種說法卻是，最初的等身像，在很久之前就已無影無蹤。19世紀初期，英國人見到的是緬甸人增補的，用灰泥製作的粗糙佛像，後來他們從其他寺院找來了現在這尊佛像，將前者替換。
摩訶菩提寺西側，即是佛陀成道處。護佑菩提樹的圍欄真跡，已經被移至加爾各答的印度博物館（Indian Museum）保管。
現存圍欄是修復後的產物，上面掛滿了善男信女祈福的旗幡花環。
印度的菩提迦耶（Bodhgaya），是佛祖釋迦牟尼悟道之處，也是佛教信徒心目中最神聖的地方。據傳，佛祖釋迦牟尼（喬達摩·悉達多）生於公元前560年，其母母親摩耶夫人在藍吡尼生下他7天后就離開人世。悉達多自幼就在父親淨飯王呵護下成長，絲毫不知人間疾苦。後來，悉達多與表妹成親，並育有一子。29歲時，悉達多在一次出遊時目睹了世間的生老病死，因而引發出家修行的念頭。一天夜晚，悉達多拋棄了王子的寶座，離家出走，開始雲遊四方，追求人生真諦。
樹下是有名的“金剛座”（Vajrasana），由4根柱子搭成的布幔覆蓋，篷內堆滿了信徒的鮮花供品。目前這顆樹是1870年重建時，從斯里蘭卡移植過來的，不過據稱樹的祖先仍是當年釋迦牟尼打坐悟道的樹。至今，在金剛座前面仍能看到向佛陀曾經坐過的地方虔誠朝拜的僧侶和人們行禮的身影，那真是超越時空的信仰的力量。菩提樹下的金剛座被鐵欄杆圍起來，那便是佛陀當年悟道的地方。相傳金剛座位於三千世界之中央，下徹金輪，極為堅固，故諸佛選此地為成道之座。
如今菩提樹下的金剛座，乃後代仿製，真跡金剛座已被埋於塔下。金剛座緊鄰大覺塔的後壁，傳說底下是金剛所造，賢劫中千佛出世，都會在此菩提樹下金剛座入金剛定、證無上果。我們來此獻上遲到的禮拜，而仰起頭來卻似乎感覺到世尊靜默中的安慰－－憶佛、唸佛，現前當來必定見佛。寺周圍還有許多黑色小塔，在小塔群中，不少佛教徒或是打坐沉思，或是五體投地行著大禮。四方參道上，經常也可見各國佛教徒在此膜拜、禪思或聆聽法師講述佛法。
摩訶菩提佛寺周圍林立著各式各樣的佛塔。每座佛塔上雕刻著精緻的小佛和圖案。佛塔上精緻的小佛和雕刻。環繞在摩訶菩提佛寺的佛塔和僧塔，形成了一個環形的朝聖路，許多僧人和信徒在此可以打坐、禮拜、繞佛。佛塔周邊菩提樹下，放著很多簡易的大禮拜板。不時看到僧人在大禮拜板上不停地對這寺廟方向磕長頭，做大禮拜，也有些僧人在菩提樹下靜心養心。
一種歷生累劫的願望，一下子會在那一剎那突然迸發，這便是信仰的力量。金剛座與菩提樹，在靜靜地重播著當年佛陀成道時的感言：“奇哉！奇哉！大地眾生皆有如來智慧德相，只因妄想執著不能證得。”菩提伽耶滿大街都有賣菩提葉的，可是誰又能肯定那是真正的菩提樹葉。菩提樹的附近，有許多來自各個國家、地區的佛教徒在這裡誦經、打坐、禮拜。還有許多人繞塔、經行。大經堂四周有許多來自各地的喇嘛放了大禮拜板，虔誠的做大禮拜。其中最引人注目的是來自中國西藏的僧侶，他們身著暗紅色袈裟，一看就明白是來於何方。
塔的西側是著名的菩提樹，佛陀即在此樹下得道成佛。《修行本起經》說：“高雅奇特，枝枝相次，葉葉相加，花色蓊鬱，如天莊飾。天幡在樹頂，是則為元吉，眾樹林中王。”菩提樹受到佛教徒敬仰，其枝也曾多次代表佛陀被送往世界各地的佛寺供養，繁衍滋生。阿育王時代，他的女兒僧伽密多折下一段菩提樹枝，帶往斯里蘭卡種植。菩提伽耶現存的菩提樹是從斯里蘭卡再移植回來的。1870年又被大風颳倒，現在的樹據說是原樹的“曾孫”。菩提樹依然茂盛，圓圓的樹葉是佛教徒心中的聖物，多麼希望自己在禮拜時，突然有一片菩提葉剛好掉在頭上，因為那代表佛陀的啟示與加持。
佛教典籍記載，釋迦牟尼與跟隨他的五比丘，在苦行林中修苦行6年，忍受飢餓痛苦。釋迦牟尼體力不支昏倒，幸得牧女施捨乳粥救他一命。從此他意識到苦行無法達到解脫，應採取“中道”，便前往菩提伽耶，在菩提樹附近悟道七七四十九天，最終覺悟。摩訶菩提寺院落裡，留存有許多紀念佛祖這七週言行的遺蹟。
第一週，佛陀在菩提樹下修行。
第二週，佛陀在西北方向站立觀望菩提樹，後世人們在佛陀站立處修建一座小塔，即“Animeshlocha Stupa”，摩訶菩提寺院落中第二高塔。
第三週，佛陀在菩提樹與觀望處之間徘徊，步步生蓮花，信徒們在此修建了蓮花基座（Ratnachakrama）。
第四周，佛陀在菩提樹西北處冥想沉思，這裡現有一座小的寺院——Ratnaghar Chaitya存世。
第五週時，佛陀在菩提樹以東一棵榕樹下回答了一個婆羅門的提問，佛陀指出，得道只憑果業，與出身無關。現在留存一根石柱——Ajapala Nigrodh，以示紀念。
第六週時，佛陀在菩提樹南面冥想，忽降大雨，此時龍王目支鄰陀（Mucalinda）趕來，為佛陀遮風擋雨。這裡現在是一處池塘，中間還建有龍王護佑佛陀的塑像。
最終在第七週，佛陀在菩提樹下覺悟。根據一些記載，之後他在附近另一棵樹冥想時，收下了他最初的兩位弟子。
這裡宗教人文氣氛濃厚，又些許少了瀰漫在菩提伽耶的市儈氛圍，鬧中有靜。
其實佛教在印度次大陸起起落落，中世紀起歸於沉寂，現在印度本土佛教徒佔比極少，摩訶菩提寺內的朝聖者，多數來自東南亞與東亞，以泰國人居多。
然而近百年來，隨著印度與鄰近佛教國家交流增多，以及反種姓運動的開展，佛教在印度略有復興之勢，或許佛陀的教誨就像那顆菩提樹，雖歷經生死，仍能重新枝繁葉茂，庇廕它的信眾。
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