PerTurbed忐忑
三體是一部科幻小說，雖然是硬科幻，但當然還是不能避免地在一些細節上有一些小BUG。不過就題主提出的這個問題，我倒認為算不上BUG。
我的物理不怎麼樣，但就我閱讀時的理解而言，我覺得三體中的曲率飛船在關閉曲率引擎後，並不會出現題主說的“巨大的速度產生的動能”。
首先來看曲率驅動發現的過程。在書中，這是艾AA發現的，她做了一個小實驗，尾部插上香皂的小紙船在裝滿水的浴缸，無須驅動就移動了。原因是香皂溶在水裡之後，小船尾部的張力減小，而前方張力依舊，就把小船拉向了前方。
所以在書中，曲率驅動的原理就是將太空飛船後部空間“熨平”，使飛船被前方曲率更大的空間拉過去。
……一艘處於太空中的飛船，如果能夠用某種方式把它後面的一部分空間熨平，減小其曲率，那麼飛船就會被前方曲率更大的空間拉過去，這就是曲率驅動。這個方法與空間摺疊不同，所以飛船不會超光速，但卻可以無限接近光速。
我的理解就是，書中的曲率飛船並不是真的以近光速飛行，而是被動地被前方空間拉動，就效果而言接近光速。
這一點，可以從飛船啟動曲率引擎時並不需要進入傳統飛船加速時所必須的“深海狀態”得到佐證。
在三體第二部中，速度最高可以達到光速的15%的太空飛船，在加速到最高級別的“前進四”時，必須先在艙室中住滿一種含氧量十分豐富、經過訓練的人員可以直接呼吸的“深海加速液”。因為這時飛船處於最高推進功率，巨大的加速度所產生的超重過載是人體承受極限的十多倍，必須先把飛船內部變成深海狀態，艙內人員才能承受這種過載。到了第三部，曲率光速飛船出現了，照理加速時產生的過載，就更是人體所不可能承受的。
但是當坐上曲率飛船的程心和艾AA問羅輯是否需要進入深海狀態時，羅輯的回答卻是否定的。
“我們要進入深海液嗎？”AA問，但她心裡清楚，如果是常規推進，這樣級別的加速度，進入什麼液都要被壓成薄餅的。“ 不需要任何準備，這是空間驅動，沒有過載。”不但不需要進入深海狀態，而且不需要“任何準備”，理由是空間驅動沒有過載。
我的理解就是，曲率飛船啟動曲率引擎後，前進全靠前方的空間“拉動”，而不是靠自身的動力，類似滑行吧，所以不存在超重過載的問題。
既然飛船此時自身沒有動力，類似“滑行”，也就可以認為此時飛船並不是處在題主所說的自帶速度的“常規航行”。這一點，同樣可以由曲率引擎工作時，核聚變發動機就停止工作來得到證明。
曲率飛船“星環號”啟動曲率引擎時，聚變發動機停下來了：
“曲率驅動引擎啟動，系統運行正常。空間扭矩：23.8。推進曲率比：3.41:1；‘星環’號將在六十四分十八秒後進入光速。”在程心和AA的感覺中，A.I.宣佈的啟動更像是停機，因為周圍突然安靜下來，而且這安靜一直持續下去。她們知道，安靜是由於聚變發動機停機所至，聚變堆和推進器產生的嗡嗡聲消失了，但再也沒有其他的聲音來填補，真的很難相信有什麼東西啟動了。這裡寫得很清楚，曲率驅動引擎啟動時，聚變發動機就停機了。而曲率驅動不產生動力，所以沒有聚變發動機工作時的那種嗡嗡聲。
當飛船接近DX3906恆星時，也是先關閉曲率引擎，再啟動聚變發動機的：
“星環”號關閉曲率引擎後，啟動了聚變發動機，飛船上的寧靜被打破了，出現了推進器的嗡嗡聲和微微的震動。……這裡也寫得很清楚，曲率引擎關閉之後，聚變發動機才啟動，這時才有嗡嗡聲和輕微震動。
所以，我認為曲率飛船在“脫離光速”時，並不是像題主說的“曲率引擎先行關閉，然後再使用核聚變推進減速”。這兩套引擎的開關順序沒錯，但關掉曲率引擎後使用核聚變引擎，並不是為了減速，而是為了加速。
之前使用曲率引擎時，飛船自身並沒有主動運動，而是靠前方的空間“拉動”。所以當曲率引擎關閉時，沒有動力的飛船就不能飛了，要繼續飛，就得開啟核聚變引擎。當然，核聚變引擎產生的動力，並不能使飛船接近光速。所以從效果上看，反而像是之前以近光速前進的飛船“減速”了。
其實用題主自己的描述也能說明。題主說，“飛船利用曲率驅動加速到光速時實質上是空間隨船體一起運動，所以可認為是飛船相對於其所處空間靜止”。既然是空間和船體一起運動，那空間和船體之間就不存在相對速度，或者說相對速度為0。而就“絕對”速度而言呢，不但空間本來就是“靜止”的，就連跟著一起運動的飛船也是“
靜止”的。當曲率引擎關掉後，空間不再“拉動”飛船，但飛船本來就沒有自身的速度啊，也就不存在“一瞬間之內在常規航行狀態下相對於周圍空間以光速運動”，所以也就不會有“巨大的速度”產生的足夠導致船體“灰飛煙滅”的動能了。
參見之前的相關問答：
《中光速飛船產生的航跡是什麼，有那麼大的危害嗎？》
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海闊天空詩酒花
科幻作品中本來就是理論與BUG並存的設計，刨除硬理論不說，也許BUG只有作者能解釋的通。當然，既然作者提出曲率引擎的概念，說明當代有人提出這種猜想，也肯定有足夠的理論支持，但您考慮是用常規理論核動力提供的阻力減速是肯定行不通，非要說出減速的方案，當下最流行的猜想有量子發動機、離子發動機等比較適合減速。然後還有像流浪地球裡說的，用1000年的時間逐漸減速。還有我猜想，既然作者用曲率引擎，和《三體》常用的“降維打擊”降低維度獲得能量加速到光速的理解很像，作者會不會想像用“升維”減速呢？
佇顏空間
看了樓主的問題，也看了朋友們的回答，感覺樓主好像忽視了一些問題。
第一個問題：《三體》中曲率飛船是怎麼飛行的？答：曲率加速→光速滑行→掉轉方向曲率減速。
如上圖所示，相信看了這個示意圖就會基本理清《三體》中曲率飛船的工作原理。在《三體》中劉慈欣先生除了沒有讓曲率飛船超光速之外，增加了黑域的設定之外，對曲率飛船的描寫大致符合主流曲率飛船的假想。在《三體》中，曲率飛船的飛行主要分為三個階段：
第一個階段：加速階段。啟動曲率發動機，形成空間泡，膨脹飛船後方的空間，壓縮飛船前方的空間，依靠飛船前後形成的空間差，把飛船推動前進（當然也可以說拉動前進）。根據曲率發動機的功率，加速階段有很大的差異，程心的星環號大約需要60多分鐘，而歸零者只要100千米的距離，也就是3000分之1秒。因為曲率發動機會造成空間的嚴重扭曲，所以這些被扭曲過的空間將不會還原，最終會形成一個大約50——120天文單位左右的低光速黑域。
歸零者的超級曲率發動機因為對空間扭曲過大，黑域最終變成了死線，在死線內光速被降低至“0”，所有的物質包括夸克也失去了震動，被完全殺死。從量子理論來說，因為夸克（量子的一種）的位置和速度已經從不確定變成了確定，所以死線內溫度將降至絕對“0”度。
第二個階段：滑行階段。關閉曲率發動機，以光速在正常空間中滑行，這個階段因為關閉了曲率發動機所以不會形成黑域。
第三個階段：減速階段。掉轉飛船方向，再次啟動曲率發動機，通過與第一階段相反的方向扭曲時空使飛船達到減速的目的。因為再次扭曲了時空，所以在這個階段仍然會產生黑域。需要說明的是無論是常規推進的飛船還是曲率飛船，都是採用掉轉方向，反向做工的方式來減速。
第四個階段也就是飛船當減速到安全程度之後，才會關閉曲率驅動，再次掉轉方向，啟動聚變發動機進行常規推進，以便於安全的降落、對接等等。這只是人類飛船落後的表現，在不能瞬間啟動和脫離光速情況下采用的備用方案。對於黑暗森林中的神歸零者，他們的飛船根本就不需要這種落後的技術，無論到哪裡都是瞬間到達。
第二個問題：曲率飛船光速飛行為什麼不會把飛船壓扁？答：因為飛船本身沒有動，是空間被壓縮了。
首先必須要明白一個問題：任何一個飛船以光速進行飛行都不會被壓扁，只有在加速或者減速的情況下，才會因為巨大的衝擊力被壓扁。因此在曲率飛船滑行的階段，
曲率飛船在加速和減速階段之所以沒被壓扁，就像你說的其實是飛船本身沒有動，而是空間被向後或向前壓縮了。
第三個問題：既然曲率飛船本身沒有動，為什麼在滑行階段仍能以光速進行飛行？答：慣性！
這個問題其實是第二個問題引申出來的問題，雖然在加速階段飛船實際本身沒有動，只是空間被壓縮了。但如果把空間設為參考，飛船事實上已經在以光速進行移動，所以仍然會形成慣性。但由於這個階段曲率發動機處於停機狀態，所以不會產生黑域。在《三體》中程心的星環號就是在太陽系加速之後，關閉曲率發動機，以光速滑行了286光年到達的藍星星系。而後在藍星星系掉轉飛船方向，再次啟動曲率發動機進行減速。因此星環號在太陽系和藍星星系分別製造了兩個黑域。
總之越是詳細考究就越覺得劉慈欣先生邏輯之考究、嚴密，在曲率發動機的工作原理上沒有絲毫馬虎。如果說真有一點瑕疵的話，只能說星環號周邊那些常規推進的逃跑飛船了，因為此時星環號的曲率發動機已經啟動，扭曲時空的半徑以幾十天文單位計，這些飛船將會因為光速被降低瞬間撞毀，怎麼可能還在那裡嫉妒、調侃程心呢？
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