目前中医界普遍认为，《易经》与中医具有文化的同源性，大多认为中医的阴阳学说源于《周易》，因此，中医界有“医易同源”或“易医同理”的说法。例如，俞慎初在其所著的《中国医学简史》中有曰：“阴阳起自《周易》，五行创于《洪范》。”俞慎初的立论依据与我国古代相传的“周文王作八卦”有一定关系，可以说，该认知在文革前后的相当长的时期内，主宰着中医界的思维和认知。
事实上，阴阳起自《周易》，此观点目前并不十分准确。中医阴阳说的哲学观和文化观，究竟是否根源于《周易》，还是《周易》的阴阳与中医的阴阳属于两个不同的文化体系呢？据考证，《素问》的成书年代与《易传》的著作年代十分接近的，所以，两者是几乎同时从不同视角引入了阴阳这一在当时被广泛接受的文化符号的。可见，中医的“阴阳”与《周易》的阴阳之间不存在“源”与“流”的关系。确切地说，中医的阴阳与《周易》的阴阳其内容和含义是不同的。
一、奇偶数字的不同概念
《周易》中的数字，奇数为阳，偶数为阴。如：天一地二，天三地四，天五地六，天七地八，天九地十。再如：阳爻为阳，为九；阴爻为六，为阴。
但中医的阴阳却非如此。《阴阳应象大论》有：“天六地五，数之常也。”如：五臓为阴，六腑为阳，七损八益。《素问·六节藏象论》亦云：“天以六六为节，地以九九制会。”这些都是奇数为阴，偶数为阳，与易经的阴阳是不同的文化概念。在马王堆汉墓出土的帛书中的经脉类著作中，也有“阳脉为六、阴脉为五”的字样。我们知道，当时的医著中还没有建立起经脉与臓腑之间的对应性的联系，所以，可以假定五臓六腑的“五”与“六”的数字，与阳脉的“六”与阴脉的“五”，并不存在着人为的对应性的归纳，可能只是一种认知的巧合而已。
二、阴阳的升降趋向不同
《周易》认为，阴阳的正常升降趋势和趋向是“阳升阴降”，如“水火既济卦”与“火水未济卦”。前者是水在上、火在下，由于水性润下、火性炎上，两个卦之间呈现出顺应其天性的现象，所以，其卦名为“既济卦”；而“火水未济卦”是火在上、水在下，两个卦之间呈现出相互分离的倾向，未能发生交集，所以称为“未济卦”。
而中医理论中，虽然也认为也有“阳升阴降”，但同时也有“阴升阳降”。《素问·六微旨大论》有：“天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天。故高下相召，升降相因，而变作矣。”此外，中医学中也有“心肾相交”与“心肾不交”两个相互对应的生理和病理的概念。中医讲“心肾相交”的状态，称为“水火既济”，是指心火下降、温煦肾水使肾水不寒，肾水上济心阳使心阳不亢。“心肾相交”所描述的“既济”状态，在《周易》中是火在上、水在下的“火水未济卦”，这说明中医的理论虽然使用了与易经同样的命名，但实际内容却是不同的。而中医的水火既济表现出来的火下济、水上济的生理状态，是中医独有的文化认知，与《周易》的内容是没有关系的。
三、阴阳的部位划分不同
《老子》有曰：“万物负阴而抱阳。”是指背部为阴，腹部为阳。《素问·金匮真言论》有曰：“背为阳，腹为阴。”老子谈的是坐北朝南的形态，后者是根据远古四肢爬行动物的古人类和现今直立的人类而描述的。可见，道教的阴阳与中医的阴阳，在人体部位上的划分是完全不同的。
中医的阴阳虽源于古代的哲学阴阳理论，但无论是内容或形式都是不同的。我们知道，古代的天文、历算、数学、物理、军事、农业、医学、建筑等都以阴阳理论作为说理工具，来解释各学科的理论内容。而数学使用的是奇数为阳，偶数为阴；军事使用的是优势为阳，劣势为阴；历算使用的是春夏为阳，秋冬为阴；这些内容更贴近《周易》的原意。如果说医易同源，倒不如说易天同源、易农同源、易军同源和医易同源更为贴近。而医易同源、易医同理，只是中医界的一种臆断、臆说而已。
四、易经中是以刚柔论阴阳
在易经的六十四的卦象中，450条卦辞爻辞里，明确提到阴阳的只有“风泽中孚”一个卦，在该卦的九二的卦辞中有：“鸣鹤在阴，其子和之，我有好爵（礼器），吾与尔靡（分）。”而且，只提到了一个“阴”字。梁启超先生在1923年发表的《阴阳五行说来历》一文中曾感叹道：“《易经》一书，《庄子》所谓‘《易》以道阴阳者’，卦辞、爻辞中仅有此‘中孚九二’之一条单举一‘阴’字……可谓大奇。”在《易传》和《彖传》中，则以刚柔论之，而未见阴阳；《象传》中，是阴阳、刚柔并用；在《系辞》中，则阴阳充斥；《说卦》始配八方、四季，天、地、雷、风、水、火、山、泽。现代学者李镜池在其所著的《周易探源》中指出：“《易》以道阴阳，当是在阴阳说流行之时，即战国中晚之间为易学家所采用的……春秋时的易筮，还没有以阴阳来说解的。但以阴阳说《易》却是很自然，《易》的爻划分为两类，刚好是分阴阳。故阴阳说很快为易学家所接受。”所以，易经的阴阳、中医的阴阳，以及军事的阴阳、农业的阴阳、建筑的阴阳、天文的阴阳等，都是同步的，不存在源流的问题。
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