在康熙統一臺灣的鬥爭中，不得不提施琅和姚啟聖之間的關於專征權的鬥爭。
康熙帝任命施琅為水師提督時，就已經提到進取澎湖、臺灣，要“將軍、總督、巡撫、提督商酌”。
可是，施琅於康熙二十年十月初六日赴任後，馬上具疏上呈，請求專征臺灣之權。他說：“督、撫均有封疆重寄，今姚啟聖、吳興柞倶決意進兵；臣職領水師，征剿事宜理當獨任。但二臣詞意懇切，非臣所能禁止。且未奉有督、撫同進之旨，相應奏聞。”
姚啟聖於十月十五日見到施琅疏稿，“不禁中心如焚、如溺而不能自已也”;翌日上疏表示：“臣與撫臣吳均蒙皇上特拔隆恩，同心合力誓以死報。今進剿臺灣，何等重大，臣等焉肯貪生怕死，一聽提臣自為決戰，而不竭力相助有成乎？”
由此可見，在康熙二十年十月，施琅、姚啟聖之間關於專征權的問題就已經有意見分歧。此後，督、提二人關於如何進取臺灣的問題產生了一系列的爭論；這就延緩了清軍出兵臺灣時間。
面對這樣的難題，康熙不得不確立了“督提互議指揮制度”。
康熙啟用施琅復任水師提督的諭旨中提到，進剿臺灣需總督、巡撫、水陸提督，與將軍喇哈達、侍郎吳努春共同商議，“剋期統領舟師進取”。康熙最初是要求六人同徵。
而我們知道，姚啟聖的官職是福建總督，加太子少保和兵部尚書銜，兼都察院右副都御史，總督福建等處地方文武事務兼理糧餉；按照清代官制規定，總督屬於文職外官，如果加尚書銜，即為從一品。施琅的官職為太子少保，福建水師提督，也是從一品。而陸路提督萬正色、將軍喇哈達都均是從一品。只有巡撫和侍郎是二品官員。
官階相同四人，而康熙又沒有確定誰是主帥；六人商討，意見很難統一。因此，當出現意見分歧時候，各大臣便上疏皇帝，請求定奪。在那個通訊不發達的時代，奏疏這樣一來一回就要浪費許久時間。然而戰爭情況又是瞬息萬變，這樣錯過戰機也就在所難免。
此後，兩人又在利用什麼風向徵臺的問題上產生了意見分歧。
施琅主張南風進取澎湖，是因為他認為北風出兵斷不可行：“自去年逆艘糾集澎湖，欲抗我師，據險以逸待勞。設我舟師到彼，必由過澎湖西嶼頭，然後轉帆向東北而進。”
可是這時，姚啟聖卻又“轉意不前”。兩人就風向問題產生了爭執，施琅同姚啟聖“決計進取，力爭十餘日”無果；無奈之中，施琅還懇請將軍喇哈達勸說姚啟聖同意“乘南風進剿”。
最終，雙方也未達成共識。夏至日後乘南風出兵臺灣計劃擱淺，第二次徵臺機會錯失。
首先，五鎮總兵官均主張以北風進兵，而且他們都是熟悉風信水性之人。這給予了姚啟聖很大的支持，使其能夠有理有據地提出南風進兵不如北風的三點理由。
其次，也是最重要的原因。康熙二十一年五月初一，康熙再次下旨，確定兩人同徵：“進剿海寇，關係重大，總督姚啟聖、提督施琅，身在地方，務將海面形勢、賊中情狀審察確實，如有可破可剿之機，著協謀合慮，酌行剿撫，毋失機會。”姚啟聖自得“明旨”之後，便“細心體察，加意詳審”;並會同五鎮總兵商議。
恰恰是康熙給了姚啟聖這個權力，使得領導權混亂，手下將領不知道應該聽誰的指揮。姚啟聖有聖旨，自然就聽從他的安排；姚啟聖甚至“日遣各總兵海道勸臣（施琅）權依督臣之議。”
可見這道聖旨，才是姚啟聖改變觀點的主要原因。可以這麼認為，康熙再次肯定施、姚同徵，才是導致這次戰機貽誤的根源所在。
事情的轉機，發生在十月。康熙二十一年十月初四日，大學士、學士為施琅奏請自行進剿臺澎事面奏請旨。康熙帝敕諭：“進剿臺灣事宜，關係甚重，如有機會，斷不可失。當度勢乘機，即圖進剿。”
至此，施琅復任水師提督一年有餘的時間，錯失兩次徵臺機會，歷經三次督、提之爭，康熙終於確認施琅為主帥，獨自統領水師進軍臺灣。
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