由于基督教势力日增,而且教徒拒服军役,拒不崇拜罗马的神,所以公元3世纪时基督教仍被罗马帝国当局视为威胁而加以迫害。其中,戴克里先对它迫害的规模较大,一部分坚持基督信仰的教徒被处死,教会财产被没收,文献被烧毁,集会被禁止。但是,帝国当局既无法消灭初创时期的基督教,如今教会已成为一支巨大的社会力量,就更不能阻止其传播了。
公元306年君士坦丁成为罗马皇帝后,面对基督教拥有很大力量的现实,乃于公元313年颁布了“米兰敕令”(“宽容敕令”)。敕令规定教徒信仰自由,即允许基督教与其他宗教并存;承认基督教的合法地位。同时还决定将以前迫害时期没收的教产归还,保护教徒,教会有权接受土地等遗产,教会神职人员免服城市徭役。“米兰敕令”确立了基督教的合法地位。
随着基督教性质的改变,在基督教内部发生了占统治地位的教派(“正教”派)同与其相对立的教派(“异端”)之间的斗争。正统教派认为耶稣·基督具有神、人二性。或者按照所谓“三位一体”的说法，认为“圣父”、“圣子”、“圣灵”三位一体。这些说法,后来都受到有力的挑战,公元四世纪初,在埃及亚历山大里亚城担任神职的基督教神学家阿里乌斯(约公元250-336年)公开反对“三位一体”说,他认为耶稣·基督只具有“人性”而不具有“神性”。此外，他还主张基督教徒应当安于清贫,反对教会聚敛钱财。阿里乌斯创立了一个新的教派,因为他自己的名字而被称为阿里安数。阿里安教受到正统教派的排斥,被视为“异端”,但是其在劳动人民、日耳曼诸部族中仍广泛传播 。
君士坦丁大帝要利用基督教来巩固他的统治,乃于公元325年在小亚细亚的尼西亚城召集各地基督教会的主教们举行会议。到会的主教有318名,代表罗马帝国境内各地的教会组织。尼西亚大会是基督教历史上第一次的宗教大集结。会上,阿里安教被主教们斥责为“异端”,并共同确定了基督教的正统教义,及其教会组织条例。
君士坦丁大帝受洗
公元337年,君土坦丁大帝在临死之前受洗为基督教徒，他是罗马皇帝中皈依基督教的第一人。不过这时,罗马的统治集团终仍有一部分人反对基督教,他们要求帝国各地仍保持其多神教的信仰。公元361年，君士坦丁大帝之侄朱里安取得帝位,他就代表希腊一罗马古典文化的传统,下令禁止独尊基督教,以恢复帝国境内各民族固有的宗教。因为朱里安以前曾一度信仰过基督教,而这时却转过来反对基督教,所以基督教徒称之为“背教者”。当时基督教的势力已相当强大,要恢复过去多神教的信仰已非易事。朱里安在位不到两年,后来他一死,禁令失效,基督教的传布更广泛。及至公元392年,提奥多西大大帝尊基督教为罗马帝国的国教。
基督教罗马帝国的国教,这在历史上是一件大事。不用说，基督教在取得合法地位以后,它的教徒是大大增多了。基教使西方人的伦理观念、风俗习惯、文化教育、建筑、艺术都发生了很大的改变。而自从基督教成为了统治阶级的御用工具后，它那最初的一点革命精神也就消失了。教会变成了国家统治机构中的一个重要组成部分，而那些猪主教们则成为高高在上的权势人物。基督教成为西方整个中古时期欧洲封建制度最有力的支柱。
基督复活
由于基督教的胜利，在罗马帝国末期，希腊-罗马的古典文明便无可奈何地衰败了。这以后，基督教神学的迷雾笼罩着欧洲一千多年。直到“文艺复兴“时期”，基督教的权威才开始有所动摇。
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