當初自來也為獲曉的真正目的,孤身一人潛入隱雨村.獲知隱雨村的掌權人是被稱為神的佩恩,其一定和曉有莫大關係.自來也見到佩恩時發現他和自己的一個徒弟一樣擁有輪迴眼,就以為佩恩就是長門,佩恩就是那個能改變世界(造福或毀滅)的預言之子.
六道佩恩,六個身體,各個有輪迴眼.自來也剛和佩恩打時只出現3個佩恩,自來也用仙人狀態以幻術殺死了這3個,不料另3個將死的3個又復活了,並將自來也打成重傷.
自來也這才發現6個佩恩裡沒一個是長門,都是自己曾經殺死的人.自來也將其中一人引入結界內殺死,讓蛤蟆帶回木葉.他為求佩恩真身,冒險出結界,在知道佩恩真正秘密的同時被殺.
自來也在臨死前將佩恩秘密以密碼形式寫在了蛤蟆身上,讓蛤蟆帶回木葉.自己長眠於隱雨村的湖底.
至於佩恩也就是長門為什麼要殺曾經為恩師的自來也，這個跟兒時好友彌彥的死有莫大的關係，因為自己的當初的信念和和平的意義被扭曲了！當看到團藏和半藏殺死彌彥的時候就徹底被扭曲了！
長門彌彥小蘭，3個人組織曉的時候，為的就是繼承自來也的教誨為和平而存在。但是卻被忍者世界一次又一次的作為傭兵利用，慢慢的曉的組織壯大，便被其他人起了顧忌，對這樣不穩定力量的存在感到威脅，便在一次委託任務裡幾個忍者村的人把曉襲擊了，彌彥就是在救長門的時候擋下了團藏的攻擊死的，當時長門就徹底對這個老師所希冀的和平世界絕望了，召出外道， 集聚著對世界的不信任，對曾今和平的理解產生了扭曲的甚至是痛恨的心態。
他殺自來也完全是為了否定自來也的‘和平’，他要靠自己創造他想要的和平，所以他殺了自來也。
自來也去的目的就是為了查明佩恩的身份，然而自來也見到佩恩以後發現都是認識的，還有一個是自己的愛徒，這讓他更肯定要查清楚佩恩的身份，他知道如果不查明那最終倒黴的是木葉，佩恩的強大，一個木葉根本擋不住的。佩恩殺自來也主要是為了不讓秘密洩露，見過佩恩的都要死，自己師父也沒辦法。還有個問題就是憑自來也的本事，他想跑的話再加一倍的佩恩也攔不住。只可惜自來也在搞清楚佩恩的秘密時已經來不及跑了。一，長門因為彌彥的死，性情大變，以清洗世界，讓人們記住傷痛來維持和平為理念。然而，自來也是他執行這理念的最大敵人！如果不是自來也不知道佩恩的秘密，佩恩沒那麼容易打敗自來也，所以他趁此機會，絕不放過自來也。二，自來也探得了他的秘密！就是他面前6個都是屍體，本體長門在不遠處控制屍體，所以長門非殺他不可！不然秘密敗露，一旦被大範圍搜索找到本體，以小南之能，是守不住他那傷殘的本體的。
關於佩恩為什麼要殺自來也這個事情，做的的確是過分了一點，畢竟是自己的老師，也沒做過什麼壞事，只不過是來打探一下情報而已，打發走也就是了，有必要給捅成蜂窩麼?
自來也潛入雨忍村是為了獲取情報，而雨忍村被佩恩的忍術控制了，自來也也被發現了。所以與佩恩交戰。由於自來也情報不足，不瞭解佩恩屬性，所以死於佩恩之手。但其實自來也逃走還是可以的，但他選擇用生命換取情報。
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