王莽上位后，由于任用人员失当，下面的管理非常黑暗，各地官僚往往腐败透顶。当时在琅琊海曲县有个姓吕的人在县衙里当小吏，犯了点小过失，县官就把他杀了。吕母非常怨恨这个官员，暗中召集各方豪杰，计划报仇。
吕家一向很富裕，吕母拿出全部家产购买酒肉和刀剑，凡是年轻人来买酒的，一律赊给他们，
如果有贫穷的，还借衣服给他们穿，前前后后不知道有多少人受了她的恩惠。
几年后，钱财快用光了，那些年轻人纷纷找上门来要偿还。吕母哭着说："我之所以要厚待你们，不是想要什么好处。大家都知道，县官冤杀了我的儿子，我想为他报仇。你们能不能帮我这个忙呢？"
那些年轻人很同情她，加上平时又受了她不少恩惠，就同意了。一共聚集了百余人，号称"猛虎"，推举吕母为首领，到海上招兵买马，很快就召集了数千人。吕母自称将军，带领手下攻破了海曲城，杀死了那个县官，然后带领众人又回到了海上。
几年后，有个叫樊崇的人在琅琊起义，当时正在闹饥荒，大家纷纷站出来当强盗。他们都认为樊崇作战勇敢，于是都去投奔，只一年工夫就聚集起了1万多人。
樊崇的同乡也聚集了几万人的部队，和樊崇联合在一起，成为一支不可小视的军事力量，在和王莽军队的作战中取得了一些胜利。但是这支军队纪律性很差，也不知道建立根据地，只会一路抢掠，逐渐成为了流寇。
后来人马多了，才开始有了口头约定，不许随便乱杀人。王葬派了10多万人前去讨伐，樊崇害怕自己的部队和敌人混淆起来，下令部下都把眉毛涂成红色，从此号称赤眉军。赤眉军轻松战胜了前来讨伐的官兵，还没来得及整顿军纪，就又投入到了新的战斗中。
在攻打东海的时候，赤眉军收编了吕母的部队，但并没有攻下东海郡，反而吃了败仗，于是带兵离开，又开始了流寇生涯。
这个时候更始帝在洛阳即位，派人劝降赤眉军，樊崇带领手下20多人前往洛阳归降，被封为
列侯。但他们并没有封地，而留在原地的士兵又纷纷逃散，于是只好赶回去，带兵四处抢掠，一连打了好几个胜仗。
但他们还是不懂得巩固地盘、保障后勤补给的重要性，虽然取得一系列战斗上的胜利，但土兵已经相当疲惫，厌战情绪很浓，逃跑的人越来越多。
这个时候，樊崇决定攻打更始帝，两支农民起义军开始了内讧。
樊崇等人认为，天下是刘家的天下，所以他们要找个姓刘的人出来当他们的首领，于是在部队中找了个西汉皇室的远亲，一个叫刘盆子的放牛娃出来，拥立他为皇帝。
政治上有了名分后，赤眉军土气大振，很快就攻下了长安，俘虏了更始帝。
这个时候的赤眉拥有雄兵数十万，成为当时军事力量最强大的一支势力，可以说不出意外的话，天下已经是赤眉军的天下了。
但是胜利冲昏了赤眉军将领们的头脑，他们攻下长安后，天天聚在一起饮酒作乐，还吹嘘各自的功劳，稍有不满就拔出剑砍柱子，内部矛盾很大。
官吏送贡品来，士兵们不但不迎接保护，反而私自抢掠，还抢老百姓的东西，很快就失去了百姓对他们的支持。
一次在宮里设宴庆祝节日，因为一件小事而引发大乱，他们互相残杀，死了上百人才平息下来。挂名皇帝刘盆子一点办法也没有，只能和几个近臣躲在宫里哭泣。
刘盆子的哥哥很有见识，他看到赤眉军如此没有纪律，知道他们一定会失败，就让刘盆子归还帝位。第二年正月初一，他们向樊崇提出要退位让贤，樊崇等人死活不愿意，最后向刘盆子承认了错误，保证以后不会再骚扰百姓，刘盆子才留了下来。
好景不长，安宁了不到一个月的时间，赤眉军又开始出城烧杀抢掠，百姓们只好纷纷逃散，城里的军粮得不到补充，很快就吃光了。
赤眉军没有办法，放弃了长安城，把抢掠来的财宝装上车，一把火把宫殿烧个精光，向西逃窜。此时的赤眉军兵强马壮，号称百万之众，前后又打了不少胜仗，把刘秀的爱将邓禹也打败了。
不久，赤眉军又回到了长安，以此为根据地与刘秀争夺天下。由于赤眉军没有囤积军粮的习惯，没粮食了只能去抢，正好当时长安附近闹饥荒，没有饿死的人都结成营寨，死守着不让赤眉军攻下，结果赤眉军很难补充到粮食，只好向东转移，这时候还剩20多万人。
第二年，赤眉军被冯异打得大败、刘秀也乘机率兵堵住了赤眉军的退路。
被打得晕头转向的赤眉军这下慌了神，只好向刘秀投降。刘秀答应饶他们一死，于是赤眉军向刘秀放下了武器。
刘秀认为，赤眉军的将领们虽然到处抢掠，干了不少坏事，但还是有3个长处：第一是他们
没有抛弃糟糠之妻；第二是他们能够拥立皇室后代为帝；第三是别人失败的时候在往都是砍下君主的脑袋为自己邀功，而他们却没有这样做，显得比别人有仁义。所以刘秀不但不杀他们，还发给他们住宅田地。
不久，樊崇等人因为谋反被杀，而刘盆子一直受到刘秀的优待，得以善终。原本可以纵横天下的赤眉军就这样败在了自己手上。
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