黄眯眯
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题主能够提出这个问题，证明平时很喜欢思考啊，不管是不是学习，反正是在思考，不是吗？（-0-0）为什么有的大学会把下属一级分类命名为学院，而有些院校会直接叫做系呢？
改名
在国内，通常院都要比系大一级，所以很多院校也进行整体分类、改名了，也就是说大学以学院作为第一分支，系是传统的老叫法了，现在都叫院。
当然也有一些非主流院校，将整个学院叫做一个系。比如医学院叫做医学系，计算机学院叫计算机系。这种情况比较少见。
学校属性
很多综合性大学，下属会分为好多学院，例如资源学院、化工学院、地球物理学院、经济学院。开设种类少的大学或独立学院一般叫什么什么系，比如信息工程系、工程技术系。然后在系或学院下设好多专业。
名气
还有一种原因是我自己想的，仅供参考，为什么叫做学院，大家难道没有感觉叫学院会比叫系更加高大上吗？这样多方便招生啊！
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谁不曾彷徨
这个很正常，与high low没有关系。我国的高等教育管理脱胎于前苏联，校级下设系，系是按学科划分的，系下设教研室，教研室按专业划分，专业也叫二级学科。教师各自归属教研室，只上本专业课程。改开后，前苏联没了，开始引进美式、欧式管理，说要拓宽学生的知识面及给学生更多的自主选择权，于是将几个相近专业的系弄在一起，叫做学院，这时叫校、院、系三级管理，一般规定学生可以在院内调剂专业，原来各系的老师也可交叉上课。一开始学生管理仍在系里，弄了一阵不行，改到学院统管。过了若干年，问题又来了，不同系是无法放在一起有效管理的，于是，又把原来的各系分开，都叫成学院。学院下面就没有系了，这叫校、院二级扁平化管理。至于以后还会弄出什么，试目以待吧。
古老农民
这个问题问的挺好的，我记得我上大学的时候也纳闷我软件工程专业咋没计算机系，只有软件学院。
清华系和院的故事:
就拿清华大学来看，也是有院有系，下面是某位网友的总结，我觉的很有道理:
后面几种略去。可见系和院还蛮有讲究哈。
院和系的情结:
简单概括一下就是:
近几年逐渐都已学院为单位，专业不多的就直接以专业区分，有的学院专业又多类别又接近就会以系为划分。
比如比如能源动力学院下面可能有核能系、火力发电系、新能源系，像有些软件学院也就那两三个专业，就没有必要用计算机系去区分了。
有些学校是另一种情况，把整个学院叫做系，医学院叫医学系，计算机学院叫计算机系，其实这样蛮非主流的，现在叫学院的比较多。
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极客宇文氏
大部分学校里面学院是二级单位，系基本上具体到专业的三级单位，大部分以学科等级划分，比如一级学科为学院，二级学科为系，想我们学院就是以机械工程一级学科划分学院，下面设机械电子工程系，机械制造系，机械基础系，机械设计系二级学科系，但是也有不少二级学科合并到学院里面，想我们学院也有工业工程系，但是总体基本上差不多。
