金税三期的总体目标为建立“一个平台、两级处理、三个覆盖、四个系统”。一个平台指包含网络硬件和基础软件的统一的技术基础平台。两级处理指依托统一的技术基础平台，逐步实现数据信息在总局和省局集中处理。三个覆盖指应用内容逐步覆盖所有税种，覆盖所有工作环节，覆盖国地税并与相关部门联网。四个系统指通过业务重组、优化和规范，逐步形成一个以征管业务系统为主，包括行政管理、外部信息和决策支持在内的四个应用系统软件。
金税三期的功能更加强大，运行更加顺畅，内容更加完备，流程更加合理。其中，最重要的就是实现国地税和其他部门的联网。简单来说，金税三期全国统一了税收征管及相关税务系统软件，不再是各省各自为政，减少数据利用的难度。
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