殺菌劑用於防治由各種病原微生物引起的植物病害的一類農藥，一般指殺真菌劑。使用殺菌劑是防治植物病害的一種經濟有效的方法。由於殺菌劑的應用技術比較複雜，所以發展速度不如殺蟲劑快，但是殺菌劑對農業的增產保護作用已經越來越被廣大農民所認識，隨著中國農業的現代化，殺菌劑的發展必將加快。如何高效的是殺菌劑發揮更好的藥效，總結如下七點：
蘋果病害
（1）合理配置濃度：
使用殺菌劑(包括水劑和可溼性粉劑)噴霧時，都需要用水將藥劑配成或稀釋成適當的濃度。不同的殺菌劑其使用濃度都有其特殊要求，配置濃度時一定要嚴格按照使用說明書操作，不可隨意加大或縮小。如果濃度過高就極易造成藥害，而濃度過低則達不到用藥防治病害的效果。
（2）選準噴施時間：
一般而言，噴施殺菌劑的時間過遲或過早都會影響防治效果。噴藥時問過早不僅造成浪費，而且會降低防治效果。而噴藥時間過遲則因大量病原物已經侵入寄主或造成危害，這時即使噴內吸治療劑，也因亡羊補牢結果事倍功半。因此，使用殺菌劑時應根據作物不同病害的發生規律和預測預報以及病害發生的具體情況及時用藥。通常殺菌劑的用藥時間均應掌握在發病前(保護用藥)或發病初期(防患於未然)為佳。
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（3）掌握用藥次數：
殺菌劑的噴藥次數主要是根據藥劑殘效期的長短和氣象條件來確定。一般每隔10～15天噴一次，共噴2～3次。遇特殊情況，如施藥後遇雨，應及時補噴一次。
（4）提高用藥質量：
殺菌劑的噴藥質量包括用藥數量和噴藥質量。用藥數量要適宜，用藥過多一方面會增大成本，另一方面還極易造成藥害。而用藥過少則無法達到用藥目的。用藥質量要講究，噴藥時要求霧點細密，噴藥均勻，要噴遍植株莖幹和葉片正反面，力求做到不漏噴。
提高用藥質量
（5）嚴格防止藥害：
殺菌劑造成藥害有多種原因，首先一般水溶性較強的藥劑容易發生藥害，其次不同作物對藥劑的敏感性也不同，例如波爾多液一般不會造成藥害，但對銅敏感的作物也可以產生藥害。豆類、馬鈴薯、棉花則對石硫合劑敏感，藥害的幾率較高。再者作物的不同生長髮育階段對藥劑的反應也不同，一般幼苗和孕穗開花階段容易產生藥害。另外，藥害與氣象條件如氣溫、日照等也有一定關係，一般高溫乾旱、日照強烈或霧重、高溼等條件下用藥均易引起作物藥害。
（6）謹慎藥物混用：
殺菌劑不少為鹼性農藥，故不能與遇鹼性物質易分解失效的殺蟲劑混用，如波爾多液、石硫合劑等呈鹼性不能和1605、樂果、敵敵畏等混合使用，否則會造成兩敗俱傷。還有一些殺菌劑如多菌靈、白僵菌等不能與波爾多液、石硫合劑、託布津等殺菌劑混用，同樣會造成殺蟲(菌)微生物喪失生理活性和殺蟲(菌)能力而失效。另外，一些混合後產生化學反應並致藥害的也不能亂點鴛鴦譜。當然，也不是所有的殺菌劑都不能與其他農藥混用，有少數殺菌劑與農藥混合後還能起到增效的作用。例如，樂果與酸性殺菌性如代森鋅或可溼性硫磺或膠體硫等混用，不僅不會影響藥效的發揮，反而還有提高藥效的作用。
謹慎藥物混用
（7）注意規避抗藥性：
使用殺菌劑也存在作物病害的抗藥性問題，長期使用單一的藥劑(主要是內吸殺菌劑)，就會導致病原物產生抗藥性，即使多次重複用藥也無濟於事，甚至變本加厲。為規避病害抗藥性，要科學選用農藥的基礎上，切實做好不同類型的藥劑的交替(輪換)使用，嚴禁長期單獨使用一種農藥。
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