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河源市有5個縣、1個區。截至2019年4月，河源市管轄源城區、東源縣、龍川縣、紫金縣、連平縣、和平縣共五縣一區。
1、源城區
位於廣東省東北部，河源市的最南端。 以老城區為中心，東臨河源市紫金縣，南臨惠州市區惠城區，西臨惠州龍門縣，北臨河源市龍川縣、和平縣。源城區處於經濟發達的珠三角地區與貧困山區的結合部，總面積361.5平方公里。
截至2011年，源城區轄5個街道：上城街道、東埔街道、新江街道、源西街道、高埔崗街道；2個鎮：源南鎮、埔前鎮。
2、和平縣
地處東經114°41′～115°16′，北緯24°5′～24°42′，位於廣東省東北部，東江上游，粵贛邊境的九連山地區。東連龍川縣，南鄰東源縣，西毗連平縣，北與江西省定南縣、龍南縣接壤。和平總面積2310平方公里，略呈“桑葉形”，東西橫距53.5公里，南北縱距61公里。
截至2012年末，和平縣轄陽明鎮、彭寨鎮、東水鎮、林寨鎮、熱水鎮、大壩鎮、上陵鎮、下車鎮、長塘鎮、貝墩鎮、古寨鎮、禮士鎮、公白鎮、合水鎮、青州鎮、浰源鎮、優勝鎮等17個鎮，管理25個居民委員會，216個村民委員會；下設160個居民小組、3804個村民小組。
3、龍川縣
位於廣東省東北部，東江和韓江上游，地跨北緯23°5′57″——24°47′03″，東經115°03′13″——115°35′18″之間。東連興寧、五華，南鄰河源，西接和平，北界江西定南、尋烏。全縣總面積3089餘平方公里，人口絕大多數為漢族，縣治設於老隆鎮。
截至2005年12月31日，龍川縣轄25個鎮（老隆、四都、黃石、細坳、車田、貝嶺、黎咀、上坪、豐稔、赤光、龍母、回龍、田心、鐵場、登雲、通衢、鶴市、黃布、紫市、佗城、巖鎮、新田、附城、義都、麻布崗）。
4、連平縣
地處廣東省北部，位於北緯24°06'至24°36'，東經114°14'至114°56'之間。縣境東西長72.4公里，南北寬55.6公里。東與和平縣接壤，南與河源市郊區、新豐縣相連，西與翁源縣毗鄰，北與江西省的龍南、全南兩縣交界。全縣總面積2365平方公里。
截至2012年7月5日，連平縣轄13個鎮：元善鎮、上坪鎮、內莞鎮、陂頭鎮、溪山鎮、隆街鎮、田源鎮、油溪鎮、忠信鎮、高莞鎮、大湖鎮、三角鎮、繡緞鎮。共有159個村委會、16個居委會。
5、東源縣
地處廣東省中部，東江中上游。東鄰龍川縣、梅州市五華縣，北接和平縣、連平縣，南靠河源市區和紫金縣，西連惠州市龍門縣、韶關市新豐縣，是珠江三角洲與粵北山區的結合部，東西長130公里，南北寬66.6公里，面積4070平方公里。
截至2005年12月31日，東源縣轄20個鎮（仙塘鎮、燈塔鎮、駱湖鎮、船塘鎮、順天鎮、上莞鎮、曾田鎮、柳城鎮、義合鎮、藍口鎮、黃田鎮、葉潭鎮、黃村鎮、康禾鎮、錫場鎮、新港鎮、雙江鎮、澗頭鎮、半江鎮、新回龍鎮）、1個民族鄉（漳溪畲族鄉）
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五縣三區（東源縣、龍川縣、紫金縣、連平縣、和平縣、源城區、江東新區、高新區）
