北元滅亡之後，蒙古高原再次陷入紛爭，殘留草原的各部貴族相互攻擊，都想成為草原的新霸主。
在瓦剌部的也先之後，成吉思汗的十五世孫達延汗成為新霸主，也就是《明朝那些事兒》中的“小王子”。達延汗稱霸之後，決定重新分封諸子，他將下屬的蒙古部落分為左右兩翼六個萬戶：左翼察哈爾部萬戶、兀良哈部萬戶、喀爾喀部萬戶；右翼鄂爾多斯部萬戶、土默特部萬戶、永謝布部萬戶。
喀爾喀最初形勢圖
在這之中，喀爾喀部萬戶有十二個支系，達延汗的第十一子格哷森札與弟弟分領喀爾喀部，格哷森札去世之後，他的七個兒子繼承了喀爾喀部七個支系，稱為外喀爾喀七部。
佔據漠北的瓦剌衰落之後，外喀爾喀各部進佔和林，內喀爾喀諸部侵入東北。
明朝萬曆十五年，公元1587年，格哷森札的孫子阿巴岱佔領漠北，前往歸化城（今呼和浩特）覲見正在內蒙古講經的活佛索南嘉措。索南嘉措為阿巴岱贈“瓦齊爾汗”尊號，標誌著外喀爾喀諸部獨立於蒙古各部之外，開始建號稱汗。
一世哲布尊丹巴
阿巴岱汗皈依藏傳佛教之後，邀請西藏覺囊派高僧多羅那他前往漠北傳法。外蒙古諸部將其奉為宗教領袖，尊為“哲布尊丹巴”。多羅那他圓寂之後，喀爾喀諸部中的土謝圖汗之子被認定為多羅那他的轉世靈童，成為外蒙古法王。法王羅桑丹貝堅贊前往西藏從四世班禪受戒，並覲見五世達-賴-喇嘛改宗格魯派，獲得藏傳佛教兩大領袖的承認，成為第一世哲布尊丹巴。
清順治十二年，清廷與外蒙古各部會盟，初步管理外蒙古。清廷在喀爾喀設置八個札薩克，分左右翼。康熙元年（公元1662年）外蒙古土謝圖汗與札薩克圖汗不和。
當時沙俄侵入我東北邊疆，面對沙俄在東北的入侵，準格爾部在西北蠢蠢欲動，準噶爾部首領噶爾丹支持外蒙古札薩克圖汗攻擊土謝圖汗，在衝突中噶爾丹胞弟被殺，噶爾丹以此為藉口，於康熙二十七年（公元1688年）起兵。
噶爾丹
1688年春天，噶爾丹率兵三萬從杭愛山進犯喀爾喀諸部，喀爾喀諸部不敵噶爾丹，紛紛敗退。當時駐紮額爾德尼召的大活佛哲布尊丹巴帶領土謝圖汗的家屬南逃，諸部為免於滅頂之災舉行會議。有外蒙古貴族提議北投俄羅斯，請沙皇彼得大帝援助對抗噶爾丹，大活佛哲布尊丹巴認為“俄羅斯人不崇奉佛法，不能投奔他們。應該南下歸順清朝大皇帝，這樣才能保全諸部”。
哲布尊丹巴決意南向，率領喀爾喀諸部逃往內蒙古，並派人向清廷求助。康熙帝迅速派人救援，康熙三十年（公元1691年）在內蒙古多倫諾爾清廷與蒙古各部會盟。當時內蒙古四十九旗王公、外蒙古諸汗都參加了會盟。清廷仿照內蒙古四十九旗之例，將外蒙古各部汗王授予汗、王、貝勒、貝子等爵位，並編旗設置佐領。
多倫會盟標誌著清王朝正式統一外蒙古，五年之後，噶爾丹叛亂徹底被消滅，外蒙古各部返回漠北遊牧。為表彰哲布尊丹巴呼圖克圖維護祖國統一的巨大功績，雍正帝下詔加封哲布尊丹巴，明確指出“哲布尊丹巴呼圖克圖其鍾靈原有根源，乃與達賴喇嘛、班禪額爾德尼相當之大喇嘛。”從此哲布尊丹巴成為藏傳佛教最高等級的宗教領袖。
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