司馬紹年幼時，其父晉元帝閒坐，將他放置在膝前，正遇長安使者來，因問司馬紹說:"你說日與長安哪個遠?"司馬紹回答說:"長安近，不曾聽說過人從日邊來，由此就可以知道了。"晉元帝覺得奇異。第二天，群臣宴會時又問他這個問題，回答說:"日近。"晉元帝臉色一變說:"怎麼和昨天說的不同呢?"司馬紹回答說:"抬頭就望見日，但卻望不見長安。"由此晉元帝更覺得他是個奇童，特別寵愛他。
司馬紹性情極為孝順，有文才武略，敬賢愛客，喜好文章辭藻。當時的名臣，從王導、庾亮到溫嶠、桓彝、阮放等，都被親近看重。曾經與大臣們辯論聖人真假之意，王導等人的意見也不能使司馬紹屈從。又好習武藝，善於安撫將士。當時江東人才濟濟，遠近都歸心於司馬紹。
永昌元年(322年)司馬睿去世 ，司馬紹(298年——325年) 即皇帝位，是東晉的第二代皇帝，322年—325年在位4年。
王敦因為圖謀篡位，於太寧元年(323年)暗示要朝廷徵召自己入朝，司馬紹於是以手詔徵召王敦。同年，王允之乘酒宴而知道王敦的圖謀，於是回京告訴其父王舒，王舒於是與王導一同報告晉明帝，得以早作防備。及後，司馬紹積極準備京師建康的防護 ，最終於當年七月成功擊敗王敦派來進攻的軍隊，平定了王敦之亂。平定後，司馬紹下令不再問罪於王敦一眾官屬，又分別以應詹為江州刺史、劉遐為徐州刺史、陶侃為荊州刺史、王舒為湘州刺史，重整各州形勢，消除王敦以王氏宗族各領諸州以凌弱帝室的失衡情形。
司馬紹聰明敏捷能隨機斷事，尤其明白事理。在位期間兵亂連年，饑荒不斷，死於饑荒戰亂瘟疫者過人口之半，國家空虛社會凋敝十分嚴重，國事極端艱難。又值王敦挾兵威而震懾人主，將欲竊奪神器。司馬紹虛與周旋，養成其惡，以弱制強，潛心謀劃，當機獨斷，肅清大凶。又調整荊、湘等四州將領，以分散長江上游地方勢力，撥亂反正，加強根本而削弱枝葉，雖在位時間短暫，但對安定國家大局的影響很是深遠。
太寧三年(325年)，司馬紹病逝，終年二十七歲，在臨終遺言中，他要諸臣為自己治喪時"務從簡約"，不得奢侈。諡號明皇帝，廟號肅祖 ，葬於武平陵(今南京市玄武區雞籠山北)。
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