太平天國被鎮壓後，朝廷論功行賞的同時，也著手準備裁撤湘軍以及淮軍。歷史上，鳥盡弓藏是封建統治者慣用的伎倆。對此曾國藩是有思想準備的。金陵克復後，曾國藩便主動上奏提出裁撤所統湘軍。十幾天後，他又以曾國荃有病，請開浙江巡撫。
曾氏兄弟這次還真不是說說就完了，說幹就幹。不久，湘軍的裁撤便大刀闊斧地進行起來，其嫡系曾國荃部成了裁撤的重點，到了當年的11月，該部已陸續遣散撤兵將達兩萬五千人之多。
曾國藩如此迫不及待地裁軍，外人或許不瞭解，但曾氏兄弟心知肚明。如今，環顧海內，其權勢顯赫，已無人能比。就算朝廷不猜忌他，他也會忐忑不安。自古伴君如伴虎，位高權重，尾大不掉，這是統兵者之大忌。事實上，早在曾國藩就任兩江總督，節制四省軍務的那一天開始，便顧慮重重了。
有不少人認為，湘軍裁撤主要是因為朝廷的額猜忌和壓制，其實這種說法並不全面。與其說是朝廷猜忌，不如說是曾氏兄弟主動抽身，更為確切。早在曾國藩從安慶來到金陵時，就對裁撤湘軍之事做過全國規劃。
按照曾國荃的最初的想法，既然要裁那就全裁吧，索性來個徹底，但曾國藩並不贊成，他主張“退中次序不可凌亂，痕跡亦不可太露”。曾國藩認為，裁撤是必須的，但不能全裁，要分批穩妥進行。主要是裁撤後會面臨一個安置問題，需要穩妥、細緻，不能出亂子。
在這次曾氏兄弟的談話中，他們還談到一個重要問題，即“裁湘留淮”的打算。曾國荃對李鴻章的鑽營其實頗多譏諷，但他承認眼下太平天國雖平，但北方未靖，捻軍仍很猖獗，需要保留一定的軍力以防剿大江南北。至於留湘，還是留淮，曾國藩認為，如今湘軍暮氣日重，強弩之末。以後平定捻軍必須要靠淮勇。他還表示，李鴻章勇於任事，精神可嘉。湘勇老疲，宜多裁，而淮勇氣方強盛，不宜多裁。
這次談話，實際上定下了撤湘留淮的基調。曾國藩如此謀劃，一來因為淮軍後來者居上，不斷壯大，已有超越湘軍之勢，曾國藩對此寄予厚望，但更重要的原因還是出於策略上的考慮。在他看來，湘軍目標太大，尤其是他直接指揮的部隊，更是如此。
至於左宗棠，雖然也是出自曾幕，並由曾國藩保舉，但自打成了氣候，便不把曾氏放在眼裡。洪楊之亂平定後，他甚至公開與曾氏兄弟爭功，兩人漸漸不合。這樣的人不足以信賴。
而李鴻章則不同，雖有驕亢之氣，但對曾氏忠誠不二，尤其是金陵讓功，更讓曾氏對他多了一份信任。因此，決定撤湘留淮，實為曾國藩反覆權衡的結果，亦為功成身退前的一項重要安排。
從8月至11月間，曾國藩多次致信給李鴻章，明確表達了這個意見。這當然是李鴻章求之不得的，他迫不及待地向曾氏表達了忠心和感激之情，並聲稱“淮軍能戰而多士氣”，將來師門需要，可隨時徵調。李鴻章懂得曾國藩的心思，湘淮同根同源，本是一家，不論留誰還不是一樣的嗎？
其實說一樣，也不一樣。然而，曾國藩當時似乎並不懷疑這一點，他堅定支持李鴻章，從而給淮軍又一次重要機遇。1864年的大裁軍規模空前，曾國荃部裁去兩萬五千人；左宗棠部裁去最多，六萬多人只留下兩萬餘人。江西、湖南、鎮江等地的駐軍也相繼裁撤，總人數達十萬人。唯獨淮軍七萬之眾，只裁去一萬多人。這樣的結果，李鴻章事前根本沒敢奢望，他原本認為能留下三分之一已經不錯，這個結果讓他喜出望外。
李鴻章的淮軍之所以能基本保全，最主要還得感謝曾國藩，如果沒有他的力挺，就不可能有這樣的結果。而客觀上，還應該感激捻軍，正是他們的猖獗，幫了李鴻章的大忙。
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