恩替卡韋
大量研究數據顯示，採用恩替卡韋治療可強效抑制病毒複製，改善肝臟炎症，安全性較好，長期治療可改善乙型肝炎肝硬化患者的組織學病變，顯著降低肝硬化併發症和肝細胞癌的發生率，降低肝臟相關和全因病死率。
在初治慢性乙型肝炎（CHB）患者中，恩替卡韋治療5年的累積耐藥發生率為1.2%；在拉米夫定耐藥的CHB患者中，恩替卡韋治療5年的累積耐藥發生率升至51%。
富馬酸替諾福韋酯（TDF）
應用TDF治療CHB患者的多中心臨床研究結果顯示，可強效抑制病毒複製，耐藥發生率低。採用TDF治療8年的研究數據顯示，共有41例次病毒學突破，其中29例次（70%）的原因是依從性問題，59%發生病毒學突破的患者繼續TDF治療仍然獲得病毒學應答，進一步的核酸序列測定未發現TDF相關的耐藥。TDF長期治療顯著改善肝臟組織學，降低肝細胞癌發生率。
恩替卡韋耐藥且血清中HBV DNA>60 IU/mL的90例CHB患者，按照1∶1比例隨機接受TDF單獨或聯合恩替卡韋治療48周，TDF單獨或聯合恩替卡韋治療組的HBV DNA陰轉（<15 IU/mL）率分別為73%和71%，HBV DNA較基線分別下降3.66和3.74 lgIU/mL，分別有6例和3例患者仍保持了基線的耐藥，兩組安全性良好[129]。多項TDF治療NAs經治患者的48～168周的研究顯示，TDF用於拉米夫定耐藥、阿德福韋酯（ADV）耐藥、恩替卡韋耐藥或多藥耐藥患者的治療，均可獲得70%~98%的病毒學應答，且隨著治療時間的延長，病毒學應答率逐漸升高。
富馬酸丙酚替諾福韋片（TAF）
全球Ⅲ期臨床試驗中，581例HBeAg陽性CHB患者（不包括失代償期肝硬化）接受TAF治療48周，64%的患者HBV DNA< 29 IU/mL，ALT復常率為72%；10%發生HBeAg血清學轉換，HBsAg消失率為1%；繼續治療至96周，73%的患者HBV DNA< 29 IU/mL，ALT復常率為75%；HBeAg血清學轉換率增至18%，HBsAg消失率為1%。285例HBeAg陰性CHB患者（不包括失代償期肝硬化）接受TAF治療48周，94%的患者HBV DNA< 29 IU/mL，ALT復常率為83%，HBsAg血清消失率為0；繼續治療至96周，90%患者HBV DNA< 29 IU/mL，ALT復常率為81%，HBsAg血清消失率< 1%。
96周治療期間，頭痛（12%）、噁心（6%）和疲勞（6%）是最常見的不良事件。TAF治療96周後髖關節、腰椎的骨密度下降值（-0.33%、-0.75%）低於TDF（-2.51%、-2.57%），兩者間差異有統計學意義（P<0.001）；TAF治療後估算的腎小球濾過率（eGFR）下降的中位值也低於TDF（-1.2 mg/dL比-4.8 mg/dL，P<0.001）。
其他藥物
替比夫定（Telbivudine）可改善eGFR，但總體耐藥率仍偏高。替比夫定在阻斷母嬰傳播中具有良好的效果和安全性。
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