鄉鎮的衛生部門有四個，分別是：鄉鎮公共衛生服務中心、鄉鎮衛生院和鄉鎮計生站、計生服務中心。

鄉鎮公共衛生服務中心，對應的是原來的縣區衛生局，機構改革後縣區衛生局改為衛健局或者衛健委。承擔公共衛生管理與服務職能，是鄉鎮衛生部門的主體核心，為公益一類事業單位。縣區黨政機構改革已經基本結束，下一步就是事業單位分類改革和鄉鎮黨政、事業單位改革。根據陝西、河南等省的鄉鎮改革試點，鄉鎮事業單位實行綜合改革，改變過去“七站八所”的設置模式，成立“2+1”服務中心。即鄉鎮試行一支隊伍管執法，將所有的行政執法職能，整合到一起，成立行政執法中心，承擔鄉鎮領域內所有的行政執法職能；整合所有的行政審批和政務服務、便民服務事項，成立政務服務中心（行政審批中心）；整合其他所有公益服務職能，成立綜合服務中心，承擔行政執法和政務服務之外的鄉鎮所有公益服務職能。改革後，原公共衛生服務中心承擔的公共衛生管理、醫療服務以及整合的計劃生育等職能，分別劃轉到三個中心，受鄉鎮黨委政府直接領導，接受縣局業務指導。人員編制也隨職能分流，統一由縣財政供養。

鄉鎮衛生院雖然是差額單位，在事業單位分類改革中，因其承擔的公共衛生服務職能，被劃分為公益一類事業單位。事業單位分類改革明確規定，縣級以上公立醫院取消編制，只保留事業單位屬性。鄉鎮衛生院保留機構性質與編制，並逐漸向全額供給過渡，確保其承擔的新農合等公益服務職能的發揮。

鄉鎮計生站和計生服務中心，對應的是原縣計生局的管理職能和技術服務職能，在上一輪機構改革中，計生職能被整合到縣衛生局，也就是後來的衛健局。對應的，鄉鎮計生服務中心被撤銷，與婦幼職能整合後在鄉鎮衛生院掛牌，其人員、編制、技術服務設施、專業設備等一同劃轉到鄉鎮衛生院。鄉鎮計生站保留，承擔計生宣傳、獨生子女證辦理等相關工作，或整合到鄉鎮公共衛生服務中心，在接下來的鄉鎮機構改革中，與其他事業單位一起整合設置。