公元前213年的咸阳宫里，秦始皇请大家吃了顿大餐。有位官员估计是酒喝高了，晃晃悠悠走到秦始皇面前就开始歌功颂德，他说：“使人人自安乐，无战争之患，传之万世”。
这话传到了淳于越的耳朵里，淳于越听着就不怎么爽了，起身便说：“事不师古而能长久者，非所闻也”。这时呢，丞相李斯也坐不住了，上来一块凑起热闹。
李斯说：“臣请史官非秦记皆烧之，非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市，以古非今者族，吏见知不举者与同罪；令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”
从李斯的话时可以看出，后来在执行命令时所烧的书并不是所有的书藉，焚书的初衷是规范全民学习范围，用知识限制言论，严厉打击“以古非今者”，所以所有的史书全部要烧。注意李斯那句“非博士官所职”，也就是说博士所主管的书不烧，中央政府要保存各类书藉。
焚书坑儒虽然连起来读，但坑儒和焚书风马牛不相及。准确的说，秦始皇坑的不是儒生，而是术士，那是因为一个秦始皇在焚书的第二年（即公元前212年）被一个叫卢生的术士骗了，后来卢生找机会溜之大吉还说了秦始皇的一些坏话，大概就是说他刚愎自用，狂妄自大之类。
秦始皇很生气，后果很严重，就把方士术士们都召集起来，让他们相互告发，并且全部坑杀于咸阳，所以，秦始皇的“坑儒”坑的是只方士术士们，而不是儒生，而且坑儒这件事跟焚书没有任何关系。
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