李聰
看了一些回答，感覺都沒有真正說道點子上！
第一、直接原因：在視網膜上打倒計時這樣的小把戲，屬於神蹟計劃。而神蹟計劃隨著三體人的全面暴露已經完全沒有意義。
在講這個問題之前，其實不得不再次強調一個老問題，三體人也是一個弱小的文明，不僅從未走出過自己的星系，而且由於自己太陽的特殊構造，也從未監聽到過其他文明發出的信號。更不知道黑暗森林，因此在三體人最初制定的對人類作戰計劃中看似精巧，實則漏洞百出。
三體人的計劃是在第一艦隊出發的2個三體年後制定的（大約相當與地球20個月），考慮到第一艦隊到達地球需要400年的時間，三體人必須在這400年內儘量阻止、遲滯地球人的科技進步，因此三體人針對地球分別制定了：染色計劃、神蹟計劃和智子計劃，並一手扶植了ETO。染色計劃由ETO中的潘寒實施，主要是對人類科技事業進行詆譭；神蹟計劃是通過智子來製造一些諸如倒計時、宇宙閃爍等一類小把戲，使人類對科技發展產生懷疑，最好是導向神秘主義或者玄學；而智子計劃則直接採取封死人類粒子對撞機的方式，阻止人類科技進步。
其實不管是染色計劃、神蹟計劃、智子計劃，還是ETO，其實歸根結底都是在為第一艦隊儘可能的爭取時間，都是建立在人類對三體世界一無所知的情況下才有用。但讓三體人沒想到的是，第一艦隊在向地球開進過程中突然知道了黑暗森林的存在。從技術角度來說，第一艦隊只要駛出三體太陽的等離子影響區域，進入外太空，知曉黑暗森林的存在並不困難。更為糟糕的是，因為三體人思維透明的緣故，又在無意間將這個秘密透露給了ETO。等到三體人發現人類思維不透明的時候，立即就意識到了危險，從而開始全面調整最初的計劃。這就是三體人拋棄ETO的原因，甚至不惜暴露自己也要除掉葉文傑和伊文思。
因此，當三體人假借聯合國的手除掉ETO之後，三體人完全暴露，神蹟計劃當然也就沒有了實施的必要。對羅輯實施這樣的小把戲既不可能取得當初汪淼的效果，甚至還會起反作用。
第二、主要原因：羅輯太危險，三體人對羅輯的政策只能採取除之而後快！
其實三體人不對羅輯實施所謂的神蹟計劃還有一個時間的因素。因為首先，在羅輯進入三體人的視線之前，也就是在楊冬墓前遇到葉文傑之前，聯合國已經通過汪淼掌握了三體人的線索，三體人已經接近完全暴露。三體人已經做好了不惜暴露自己，拋棄ETO，借聯合國之手除掉ETO的戰略抉擇，因此此時三體人事實上已經停止了神蹟計劃。
其次在羅輯掌握黑暗森林的線索之後，三體人對羅輯的政策就一直是不惜一切代價也要除之而後快，因為他太危險。使用神蹟計劃這樣的小把戲已經沒有什麼意義。
附註：這裡面有一個小細節也非常有意思，雖然在《三體》的邏輯中，劉慈欣先生一直強調智子只作用於微觀層面，不能對宏觀世界產生影響，因此只能耍一些在視網膜上打字這樣的小把戲。但在現實世界，一顆質子只要具有了光速也可以殺人，最不濟反覆撞擊羅輯大腦部位的細胞就行了。相關資料可參考小編其他的文章有詳細的說明。
在公元時代之後，三體人為什麼沒對羅輯實施智子干擾？
嚴格來說面壁計劃一共實施過兩次：一次是在公元時代人類第一次啟動面壁計劃；一次是末日之戰後，當水滴封死太陽，人類發現羅輯的恆星詛咒有效時，第二次啟動了面壁計劃。此時三體人之所以沒用智子干擾羅輯，除了因為智子干擾已經完全沒用之外，更重要的原因在於三體人覺得已經沒有了必要，因為水滴已經封死了太陽，已經封死了人類所有發起黑暗森林威懾的可能。
當然到了羅輯擔任執劍人期間，三體人就更加不敢使用智子來干擾羅輯了，畢竟羅輯手中握著2個文明的命運，他一個不爽就會讓三體人灰飛煙滅。
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說實話這種問題挺讓人無語的，就好比一個小孩子看到一個讓他驚歎的魔術，就唸念不忘，每逢有魔術表演都要問為什麼不演那一個。
為什麼不重複表演呢？重複是創作的大忌，魔術師如是，小說家也如是。
《三體》第一部裡，智子在汪淼的視網膜上打上倒計時數字，干擾汪淼的思維和判斷，這確實是書中第一個令人意想不到的腦洞展現，所以讓讀者印象深刻也是正常的。但是第一個既不代表是最厲害的，也不代表是最重要的，更沒有值得一再重複的價值。
智子是一臺質子大小的超微型人工智能電腦，它能幹很多混淆視聽的事情，這也是智子被製造出來之後最“本職”的工作之一。智子最能發揮作用的地方，是潛伏在地球的加速器裡代替標靶粒子接受撞擊，給人類提供各種混亂無序的實驗數據，讓人類的基礎科學停滯不前，順帶讓一波腦子被攪亂的科學家選擇自我了斷。
如果這算是一種只有科學家才能被迷惑的魔術，那麼對於汪淼這種並非一流的科學家只要用次一等的障眼法就可以了。智子可以自行二維展開，在汪淼視網膜上打些什麼都輕而易舉。這種障眼法，說穿了一文不值。所以這件事情被揭穿之後，智子就再沒玩過這種小兒科的東西了。實際上，汪淼真正被擊倒的時候，也不是看見這些倒計時數字，而是看見“整個宇宙都在閃爍”的時候——看見了不應該出現的觀測曲線，這依然是科學家才能懂的魔術。
一句話，和智子的眾多迷幻術比起來，所謂倒計時數字原始得不能再原始，只有初次接觸的人會驚訝，也只有初讀這本書的讀者會驚訝。別說後來全人類都知道智子的存在，都知道智子會玩什麼把戲，那麼智子的這下小把戲就再也唬不了人了，就是普通讀者，讀到書中後來層出不窮的新腦洞，多半都會把一開始這個倒計時小把戲給忘掉，因為實在 太小兒科了。說實在的，除非是讀不懂後面那些大腦洞，就像普通人看不懂那些“不可能出現”的觀測數據，產生不了科學家那樣的震撼，才會對這些一般人都能看懂的小玩意著迷。
羅輯好歹也是研究天文學出身的，個性又頗為冷靜，怎麼可能被這樣的小把戲唬住？況且在羅輯那個時候，基本上全人類都知道智子了，智子這種小把戲，別說唬不住羅輯，就連一個普通人都唬不了的。
所以總結下來，為什麼智子不給羅輯打倒計時之類的東西干擾他面壁？
因為第一，這個腦洞書中第一部已經詳細寫了，沒必要再在第二部重複；
第二，這是個很小的小把戲，根本沒有重複的必要和價值；
第三，在羅輯面壁的時候，全人類都知道智子了，而且都知道智子會玩怎樣的小魔術，這樣的小把戲重複起來不但沒意義，而且顯得很搞笑；
第四，要干擾羅輯面壁，應該用其他更有效的方法。書中已經寫得很明白，就是試圖刺殺羅輯。
（網友想象的羅輯）
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海闊天空詩酒花
邏輯的任務是隱藏心智暗中計劃，規劃處人類的未來，而不是→_→成為人類的救星，人類要自救，他只是個計劃者而已。
0皓月當天0
面壁者雖然“面壁沉思”，但並不懼怕干擾，因為面壁者的力量不在於思考，而在於計劃的未知性
遠去的歲月
初時三體人過於自信，認為在識破面壁者的計劃後只需破壁者就可以消除一切隱患。羅輯開始極具迷惑性，待計劃成了，這時三體人己是投鼠忌器，為時已晚，一切手段皆無益了。
風掠竹林
倒計時讓他按下發射按鈕嗎？干擾他的思維恐怕反而會增加他的威懾度！
西安加速度
因為他生氣了就會同歸於盡。
