尹耕云，字瞻甫，号杏农，生于清嘉庆二十年（1815，注：尹耕云为其父作墓志中称其父十四岁丧父“生十四年而体乾公殁”，而吴昆田为尹耕云所作墓志中称尹耕云十四岁丧父“年十四居父丧”，吴昆田记载可能有误。最终我们以台北故宫博物院所存文献资料为准），幼年聪颖，书文过目能诵。据尹耕云为其父所作墓志《诰授光禄大夫山盱营守备显考荆门公府君墓表》以及尹耕云清江挚友吴昆田为其所作墓志《河陕汝道尹君墓表》中所载，尹耕云父亲尹涟早年因家中穷困，为谋禄养，遂辍学入伍河营，后以功获山安汛千总之职，又升山眙营守备，因河工修筑坚实，得南河总督黎襄勤赏识，后因河工决口而被夺职。
道光七年，尹涟病逝。二十四岁时尹耕云补博士子弟员，家中因其母患疾，一贫如洗，又以教读为生，正值祁文端视学江苏，重其文行。嗣于道光二十九年（1849），己酉科选充拔贡，中本省乡试举人。道光三十年（1850）庚戌科中进士第二甲第四十名，供职礼部。后被道光帝宣庙升遐敬襄大典时贰秩宗（掌宗庙祭祀的官）曾国藩所器重，充实录馆校对官。咸丰五年，补礼部主事，掌精膳司、仪制司印务。《宣宗成皇帝实录》印务完成后，加道台衔。正值粤逆太平军叛乱造反，陷南京，践畿辅，犯天津。尹耕云奉僧忠亲王僧格林沁参赞之应招入大将军惠亲王绵愉幕府，上疏五千言论防务，为咸丰所知，得赏识。咸丰七年（1857）考取御史记名，咸丰八年（1858）授湖广道监察御史，咸丰九年（1859）转掌湖广道监察御史，署户科给事中，稽查万安仓、巡视北城。时方多事，封章月数上，不避嫌怨，多被圣意采纳。
咸丰十一年（1861），尹耕云官至同知，帮办河南军务。直隶总督讷尔经额贻误封疆被罢官，后又复起。耕云上疏：“讷尔经额之罪，天下共闻共见，未喻其复行起用之故。方今江、淮、楚、豫军务未靖，秉钺之臣，星罗棋布，所以奋不顾身，必欲灭此朝食者，固由笃于忠义，亦以国家信赏必罚，有以畏服其心。万一效尤解体，患何可言？昔宣宗起用琦善，以陈庆镛之言而罢。伏原绍述心传，收回成命。粤匪太平军叛乱，陷定远，尹耕云疏言：“定远失守，粤、捻新合，必谋北窜，恃山东为之屏蔽。抚臣崇恩幸其不戕官据城，于贼退后虚报胜仗，内则巧为弥缝，掩一人耳目；外则恣其朘削，竭万姓脂膏。惟恳俯念藩篱重地，立予罢斥，简大员往代。于洪湖多募水师，兼饬傅振邦全军移驻固镇、灵璧，冀收皖北，以固山东。”及庐州失守，又疏言：“昔人建省安庆，与九江、江宁为掎角，控扼长江。上年徙治庐州，已失形胜，兹并庐州亦不能守。胡林翼等自武汉进逼九江，而安徽之贼，或自英、霍走湖北，牵我上游，或自徽、歙扰浙西，窥我腹地。我军分道救援，罢于奔命。贼有四达之路，我无三面之围，虽日克一城，何益？抚臣福济屡挫损威，候补京堂袁甲三素得民心，如以为巡抚，必奋身图报。”咸丰帝本启用琦善，因陈庆镛之言而收回成命，而请授曾国藩为钦差大臣进师，疏言：“军兴以来，征调半天下，糜饷数千万，卒未能扫穴擒渠，则以屡后时而数失机也。今曾国藩蓄养精锐，所向克捷。陈玉成、张洛行率悍贼数十万，齐向潜山、太湖抗拒，众寡之数，十倍于我，一有疏虞，关系甚重。此时庐、凤、六合贼势必单，请饬袁甲三、张国梁刻期捣其巢穴，逼令反顾，或令间道为楚师声援，亦足褫其狂魄。”又疏弹劾河道总督庚长，请以袁甲三兼；又论云南回匪不宜专意主抚；又陈京师本计，平粜、采买、赒恤、蓄积诸事宜并举；又言钱法积弊。诸疏多见采纳。同治元年尹耕云被赏戴花翎，任河南知府。同治三年（1864）署河南河陕汝道，同治六年（1867）授布政使衔，改署盐法水利粮务道，同治十三年（1874）正式上任河南河陕汝道。增级得一品封赠。尹耕云在平叛云南回民起义以及太平军诸多军事行动中，屡献良策，奏议颇多，取得了较好的成绩。《清史稿》卷四百廿三其传。著有《大学绪言》二卷、《豫军纪略》十二卷、《心白日斋集》六卷、《周易辑说》四卷、《同治续萧县志》等。其他杂著有《筹洋九疏》、《时务三策》、《胥吏三论》等。其存诗169首，其山水画工为一绝，《清画家诗史》有所记载。《心白日斋集》由光禄寺卿裴荫森辑，周恩来总理之外祖父万青选为之题署书名，钦赐翰林院待诏高延第和著名儒家学者王闿运分别为之作序。据尹耕云为范以煦的《淮壖小记》作序末自署“咸丰己未中秋乡世愚弟尹耕云拜叙于京邸心白日斋”，可得知“心白日斋”乃是尹耕云在京为御史时书斋室名。
尹耕云花甲之年过卒于任所，逝后归葬于淮安府桃源县祖茔三义坝先陇之源（今属淮安市淮阴区蒋集镇内），桃源蒋家集尹老庄也是其年少时生活之地。其父、母也葬于此。其《题张咏仙（肇辰）师万松云海堂遗墨》诗中所云：“我昔从游淮水隅，学宫槐花吹讲庐。博士弟子五十员，众中许我传衣钵”。地方志均有其传。
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