中醫論疫已經有很長的歷史。就相關文字記載來看，有關“瘟疫”的記載最早出現在殷商時代。甲骨文中已有“疒役”的記載，學者考證後認為可能是殷人透過貞卜來判斷瘟疫的嚴重程度《山海經》則載：“有獸焉……見則天下大疫。”《玉函山房輯供書》卷五四《樂緯葉圖徽》中則載有五種“鳳鳥”(鳳凰之屬)，其中一種“鳩喙圓目”，只要一出現，瘟疫立刻隨之而來。
論及影響傳染病發生的原因，有社會政治、地理環境、災荒、交通等因素。
據學者研究，在中國的流行病歷史中，隋唐以前，政治與軍事因素所引發的傳染病較多；隋唐之後，則以地理環境與交通發達、中外交流頻繁，而導致疾病的傳染較多。宋元以下，中國的政治經濟發展中心逐漸南移，因氣候、地理環境差異，人們最先碰到以寄生蟲為主的傳染疾病，而許多疾病也開始有了南北地域方土的差異，這些因素都間接促進了中醫學理論之深化與変革。
當然，古人無法知道細菌之存在，所以只能用各種“氣”的侵襲，來描述病因。除了“熱”之外，中醫認為風、寒、暑、溼、燥、火(六淫)都可能導致傳染病，例如，《史記・貨殖列傳》載：“江南卑溼，丈夫早夭。”此即環境(自然因素、生物環境與人文社會環境)與疾病因果的結合，與中醫學的發展息息相關，“溼氣”即為導致人體疾病的重要因子之ー。
傷寒
從古代的醫學寶典《內經》、《難經》的描述中可知，中國人很早就對包括傳染病在內的“熱病”不斷加深認識，例如:“凡病傷寒而成溫者，先夏至日者為病溫，後夏至日者為病暑。”(《素問・熱論》)“傷寒有五:有中風，有傷寒，有溼溫，有熱病，有溫病，其所苦各不同。”(《難經・五十八難》。
值得注意的是，此時的“溫病”概念仍囿於古代傷寒體系中，並未發展出獨立的理法、方藥，不同於明清後的發展。張仲景經歷了漢未的一場大疫，《傷寒論》自序載:“餘宗族素多，向餘二百，建安紀年以來，猶未十稔，其死亡者，三分有二，傷寒十居其七。”故自《傷寒論》問世後，“傷於寒”就成為中醫治療外感熱病的主要論述體系。在很長的一段時間中，張仲景的醫方是治療“瘟疫”的主力。
“疫”的原始字義應該與“役”有關。張綱在《中醫百病名源考》中指出：上古之人，服國家之役，乃飢寒辛苦之最者，故疫之為病，最有可能在百姓服役時所出現。古人也認為疫病是由鬼怪所帶來的，故而有“疫，役也，言有鬼行役也”之說。這些都是上古醫學尚處矇昧之時對疾病的粗淺認識，在以“氣”為主的醫學主體論述出現後，對疫病的看法才有重大改變。
關於其他的致病因子，現存之《傷寒論》中對溫病的著墨相對少了許多，僅有幾個觀念被傳承下來，例如“太陽病，發熱而渴，不惡寒者為溫病”、“若發汗已身灼熱者，名日風溫”等。一直到明未吳有性的《溫疫論》(1642)問世後，另一個治療熱病的體系——溫病，才算走出了一條新路。
不過，並不是所有醫者都認為《傷寒論》沒有好好論述溫病，如清代陸懋修(字九芝，1818—1886)即指傷寒乃古代一切熱病之總稱，治療溫病的方法，也囊括於傷寒法之內。他在《葛根桂枝辨》、《溫熱病說》等篇中闡述，溫熱病從診斷、辨證與施治各方面，都可以從《傷寒論》中的“陽明病”系統內找到線索。
溫病
另一個解釋瘟疫為何的系統，即吳有性的《溫疫論》。他和張仲景有類似的大疫經歷，看到當時醫家僅用張仲景的方藥去治療，造成大量死亡。吳有性說:“論之者紛紛，不止數十家，皆以傷寒為辭，其於溫疫症而甚略之。是以業醫者，所記所誦，連篇累牘俱系傷寒，及其臨症，悉見溫疫，求其真傷寒，百無一二。”吳寫下他所親歷的大疫：
崇禎辛已，疫氣流行，山東、浙省、南北兩直，感者尤多，至五六月益甚，或至闔門傳染。始發之際，時師誤以傷寒法治之，未嘗見其不殆也。或病家誤聽七日當自意，不爾，十四日必瘳，因而失治。有不及期而死者;或有妄用峻劑，攻補失序而死者；或遇醫家見解不到，心疑膽怯，以急病用緩藥，雖不即受其害，然遷延而致死者，比比皆是。
雖然所遇見之大疫經驗相同，但東漢未到明末畢竟經過了一段不算短的年代，原《傷寒論》中治療傳染病的方藥，已不敷使用，所以吳氏才另著《溫疫論》來作為治療熱病學的新思考。如《溫疫・雜氣論》中記載：
為病種種，難以枚舉。大約病偏於方，延門闔戶，眾人相同者，皆時行之氣，即雜氣為病也。為病種種，是知氣之不ー也。蓋當時適有某氣，專入某臟腑某經絡，專發為某病，故眾人之病相同，是知氣之不ー，非關臟腑經絡，或為之證也。夫病不可以年歲四時為拘蓋非五運六氣所能定者，是知氣之所至無時也。或發於城市，或發於村落，他處截然無有，是知氣之所著無方也。疫氣者，亦雜氣中之一，但有甚於他氣，故為病頗重，因名之癘氣。
吳認為各種氣，統稱雜氣，皆可能導致疫病，然而“癘氣”(疫氣)是其中最嚴重的病因。此說正式為瘟疫的身份定調，顛覆了過往獨尊“傷於寒”的認知體系。然而，清代才是溫病學說最發達的時代，吳的說法，只是開啟一條和《傷寒論》不同的思考道路而已，並沒有成為唯一的典範。他所謂不同於疫氣的“雜氣”說，被清代多數溫病學者用六氣概念衍伸出的“邪氣”說取代。自此，溫病體系変得更多元而複雜。
明清之際的兵荒馬亂，加上清代以來對外通商，中國南方人口增長迅速，使得溫病迅速成為中國南方本士性疾病的代名詞。
其中，吳瑭在《溫病條辨》中就把溫病分為風溫、溫熱、溫疫、溫毒、暑溫、溼溫、秋燥、冬溫、溫瘧等。其中，溫、熱、暑、燥等是廣義的不正之氣，“溫毒”與“溫疫”則是癘氣、穢濁之毒氣所致。現在這些“病氣”都統歸在溫病之下，主導了身體患病時的感受，如“溼”會造成骨關節疼痛、滯重感，如葉桂所言:“惡寒發熱，身重，關節疼痛，溼在肌肉。”
這是指溫病的“熱”感之外兼有“溼”氣而言。又因為“暑”與“溼”都是邪氣之一，皆為疾病發生的因子，所以頭痛身痛，發熱，既是暑溫之症，也是溼溫之症。如果前者分量較重，則發高燒的情形會比較嚴重;若後者較重，則身痛會加劇。
寒、溫兩派的藩籬
病人身上的徵候成為治療準則。這種雜氣相兼而行的狀況，王士雄在《重慶堂隨筆》中說:“暑也溼也，皆五氣之也。暑屬火，溼屬士，各居五行之ー，火土合德，故暑溼每易相兼，義理之常也。”所以綜合來說，雜氣不但是致病原因，它的屬性也主導了身體感受的來源，而中醫溫病中所包括的發熱疾病，既是症狀，也是病人身體感受的集合，不能用絕對的單一病名來看待。是以中醫時有症狀相同之論，而少有病名相同之統一且固定的定義。
醫史家謝利恆在《中國醫學源流論》中說:“《傷寒論》為漢代古書，溫熱為當今專病。謂《傷寒論》中無治溫病之法固不可，若欲責漢代之人包治後世溫熱等萬有不齊之病，亦未免太遷。”
古書雖古，今病卻千変萬化，誠一針見血之論。但有趣的是，“傷於寒”的理論仍存在於治療熱病的體系中，並沒有被冠上“不合時宜”而遭到遺忘。如吳瑭認為:“寒氣”仍是一切外感熱病發病的主因，以其藏伏於身體之內，到春天時被觸動而發病，故“傷於寒”仍是感染熱病的重要誘因。
吳瑭批評《溫疫論》時又說:“(又可)不明伏氣為病之理，以為何者為即病之傷寒，何者為“不即病，待春而發”之溫病，遂直斷溫熱之原，非風寒所中，不責己之不明，反責經言之謬。”“吳氏當崇禎凶荒兵火之際，滿眼溫疫，遂直闢經文“冬傷於寒，春必病溫”之文。蓋皆各執偏見，不能融會貫通也。”如此看來，可能多數溫病學家仍尊崇仲景學說，寒、溫兩派的藩籬，並沒有我們想象中的大。
主張經方派的醫家就更不用談了，他們多認為寒、溫兩派之間的差異，不過是醫者不明《傷寒論》的藉口。如唐宗海就認為《傷寒論》是“萬病之隱括”他駁斥了“後世溫熱各書，皆謂仲景，只論傷寒，不論溫熱”的諸多質疑。
唐認為，“六經辨證”是仲景論病之大綱，仲景兼顧到風、寒、溫之氣，更重要的是《傷寒論》以經脈疾病為系統，來分類外感熱病的症狀與治療體系，並不只是以“寒氣”作為唯一的基礎，遂其能獨立於“雜氣”與“疫氣”之外自成一格，此為“傷於寒”之系統還能得以延續治療熱病的臨床學術價值之首要條件。所以到了近代，中醫寒、溫兩大系統的論病方式，仍可以同時和西方的傳染病學展開對話。
原文摘自中華書局出版社《近代中西醫的博弈：中醫抗菌史》
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