1905年11月日本政府接受清政府的要求，禁止中國留學在日本進行反清活動，並由文部省頒行了《取締清國留日學生規則》。對於這個侮辱性的規定，8000多留日學生憤而抗議，3000多名留學生義無反顧地選擇了回國。為了普及新式教育，王敬芳、姚宏業等回國的留日學生於1906年初在上海自辦一所學校，並將學校定名為中國公學，取意為：中國人公有之學校。目標是成為“中國第一等學堂，世界第一等學堂”。
1911年，中國公學負責人王敬芳到南洋籌措學校的發展經費，並在華僑中募得捐款170萬元。當其聽說孫中山恰巧也在南洋為革命搞募捐後，王敬芳慷慨地把這筆錢交到了孫中山手裡為其提供革命之用。孫中山拿到這筆款子後，曾親口許諾等革命成功後將加倍奉還。只可惜後來，袁世凱上臺，孫中山發動二次革命失敗流亡日本，中國公學非但一分錢都沒有拿到，反而因是與革命黨人有密切關係的學校被政府下令停辦。袁死後，中國公學才復辦。
中國公學真正進入發展期是在1928年胡適正式就任中國公學校長後，儘管胡適擔任校長僅有短短的兩年，但其把學術自由民主的風氣引進了校園，中國公學進入了“黃金時代”。在胡適執掌中國公學期間，他堅決抵制國民黨的黨化教育，那時的中國公學不掛國民黨旗，星期四不做國民黨紀念週。“學校廣場走道旁，樹有許多木牌，給學生貼壁報用。那些壁報，有無黨無派的，有國民黨員的，有左派的，有國家主義的。”
後來由於胡適在報紙上對蔣介石拘禁安徽大學校長劉文典提出了尖銳地抨擊，惹得蔣介石十分不滿，給中國公學施以壓力，迫使胡適辭去了校長職位，另派國民黨人充任校長一職。1932年一二八淞滬抗戰爆發，日本轟炸上海，中國公學在戰火中被毀。
上海的中國公學作為一所私立大學僅僅存在了26年，留下了一段中國近代高等教育史上的悲歌。
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