一場政權更迭的戰爭，大體走向應該如是這樣的：
要麼是強大的一方經過長期準備，最後以獅子搏兔之勢一錘定音，要麼就是在經過幾年步步為營的拉鋸之後，一方實力耗盡，患生肘腋，人心思變，最終放手一搏，孤注一擲，在決戰中被擊敗。
從哪個角度上講，都不該是靖難之役的圖景。
從戰術上講，燕王一方明顯更佔上風，在塞外北境淬鍊的勁旅擁有更堅韌的戰鬥意志和更加嫻熟的戰術技巧，總能取得戰術上的輝煌勝利。
然而在戰略上，燕軍打了三年多，僅僅控制了北平周邊的保定、永平，“所克城邑，兵去旋復為朝廷守”，連今天天津地區的三衛都長期在朱允炆的中央軍隊手中。
建文帝畢竟是名正言順的大明皇帝，調動了全國的資源，面對燕軍兇狠的攻勢，採用了持久戰的策略，同時在朱棣的根據地北平不遠處佈置了吳傑、平安、盛庸的大軍，只要燕兵一動，他們隨時可能突襲北平，直接結束戰爭。拿出一副建文三年（1401）秋天的形勢圖給任何一個人看，恐怕不會有人對朱棣的命運保持太多的樂觀——以三郡兵馬對抗天下圍攻已有三年，糧草、兵馬逐步消耗。
六個月後，戰爭迎來了出乎所有人的意料的結局。
無將可用的建文帝
朱棣的野心在當時並不是秘密，據朝鮮史書記述，洪武二十三年（1390），時為燕王的朱棣在朝鮮使臣經過北平府時便“傾意待之”，使臣從藩王府出來後便對外說道：“王有大志，其殆不在外藩乎！”朝鮮使臣一頓飯的工夫就能看出朱棣的野心，朱元璋恐怕更是洞若觀火。
建文元年（1399），在控制北平城後二十餘天裡，朱棣迅速平定了北平周邊地區。這二十餘天裡，七月初六，通州主動歸附；七月初八，攻破薊州，遵化、密雲歸附；七月十一，攻破居庸關；七月十六，攻破懷來，擒殺守將宋忠；七月十八，永平府（今河北盧龍縣）歸附。七月二十七，用反間計使松亭關內訌，守將卜萬下獄。如此雷厲風行，充分說明朱棣起兵準備已久。但他的影響力也僅限於此了。這已經是他提前規劃所能取得的最好結果，目前掌握在他手中的兵力勉強過萬
建文帝往往被後世描繪成白面書生形象，身邊往來的也都是齊泰、黃子澄、方孝孺等書生。整個靖難戰爭期間，中央軍隊嚴格執行了以文馭武的政策，大幅提升了文官地位，也並沒有號召其他藩王起兵，反而在第一時間就召回了在遼東就藩的遼王朱植。遼王原本頗有軍功，但這一離開北境也再無作為。建文帝身邊可用的武將，目之所及實在寥寥無幾。
建文帝環顧四周，發現了一位六十多歲的老將，他就是當年在長興堅守十年的耿炳文。耿炳文守長興倒是不假，但戰局稍微一膠著，覺得划不來就會退兵。這種情況下堅守十年雖然不易，但並不是什麼特別突出的軍事奇蹟。
就這樣，南軍以守成老將統率，執行著保守戰略，踏上了向北方的進攻之路。
建文帝朱允炆畫像，現藏江蘇南京閱江樓。
由於建文帝在靖難之役中屢屢失策，使得戰局最終發生突變。建文四年六月十三日（1402年7月13日），燕軍攻入南京，朱允炆點燃宮殿，不知所蹤
朱棣為什麼敢以身犯險
在為耿炳文餞行時，傳說建文帝說了這樣一句話：“今爾將士與燕王對壘，務體此意，毋使朕有殺叔父名。”
這句話出自清末夏燮《明通鑑》一書，四百年前朱允炆是否說過這話，單靠這一條證據顯然牽強。但考察靖難戰例不難發現，朱棣在戰役中毫不介意以身犯險，經常帶著幾個人就敢衝大營，甚至獨自一人就敢給大軍殿後。
此時的朱棣四十多歲，已經過了衝動的年紀。無論朱允炆是否說過那句話，南軍的確沒人敢動朱棣一根毫毛。在真定之戰中，朱棣通過樵夫提供情報，親率輕騎數十繞出城西，先破耿炳文二營。此時耿炳文去城外送客，護城河上的吊橋都沒收起，繩索就被燕軍輕騎砍斷，耿炳文在最後關頭衝入城內，城門馬上緊閉。朱棣距離城頭二百餘步，從容滿弓放箭，一名在城頭叫罵的南軍應弦而斃，城中驚懼。
之後，耿炳文出城列陣，在前線膠著之時，又是朱棣親率輕騎，沿著城牆繞到南軍背後，一個衝擊直接把南軍大陣衝了個對穿。驚慌失措的南軍士兵爭相逃跑入城，乃至於自相殘殺。耿炳文再次收攏士兵，堅守真定城三天，力保不失。此戰燕兵斬首三萬餘級，積屍塞滿了護城河，被河水沖走的屍體更是數不勝數，繳獲馬兩萬餘匹，獲得數萬俘虜，朱棣大手一揮盡散遣之。這固然有打擊南軍士氣的考量，但也可見此時燕軍的後勤上限就是萬餘人的水平，突然多了這麼多張吃飯的嘴實在是養不起。朱棣能做的也僅僅是返回北平而已。
兵敗的消息傳到南京，朝野震怒。建文帝將大軍派到真定，距離朱棣的根據地如此之近，相信他是希望通過一場決戰，畢其功於一役，一次性打垮朱棣原本不多的野戰主力，隨後迅速平定這次戰爭。
朱棣此次戰勝，不過是鞏固了他那僅有三個府的小小根據地而已。建文帝卻被這次戰術性失敗刺激，決心臨陣換將。黃子澄說曹國公李景隆是名將李文忠之子，力薦李景隆；齊泰反對，但建文帝不聽，李景隆遂拜為大將軍，誓師出征，並召回耿炳文。
李景隆表現得如同燕軍的內應
李景隆是個官二代，其存世畫像可見，人長得很是高大帥氣，但自視甚高，眾老將都討厭他。
李景隆像。李景隆，小名九江，為朱元璋外甥李文忠之子，襲爵曹國公。靖難之役時，出任建文帝大將，統帥50萬大軍北伐，卻屢屢敗於燕王朱棣。朱棣襲取南京時，正是李景隆和谷王朱橞開金川門投降，為燕軍打開了大門
朱棣聞訊大喜過望，在他眼裡，李景隆不過是“豢養之子”，一個草包二世祖。漢高祖劉邦何等人傑，不過能將十萬兵，而建文帝這一次讓李景隆統帥了號稱五十萬的龐大部隊，朱棣評價，紙上談兵的趙括讓趙軍四十萬被秦將白起坑殺，如今建文帝這波操作，就是自己挖了個坑讓李景隆帶著南軍主力跳進去。
朱棣提出，李景隆有五條必敗之理：
- 領導力缺乏，團隊缺乏統一思想（為將政令不修，紀律不整，上下異心，死生離志）；
- 水土不服，缺乏補給（今北地早寒，南卒裘褐不足，披冒霜雪，手足皸瘃，甚者墮指，又士無贏糧，馬無宿槁）；孤軍深入（不量險易，深入趨利）；
- 領導個人素質太差（貪而不治，智信不足，氣盈而愎，仁勇俱無，威令不行，三軍易撓）；
- 團隊素養也不行（部曲喧譁，金鼓無節，好諛喜佞，專任小人）。
鐵公祠，位於今山東濟南大明湖，祭祀明代忠於建文帝、抵抗朱棣的山東布政使鐵鉉，始建於清乾隆五十七年（17
朱棣對李景隆的鄙視可見一斑。
整整兩個月時間裡，朱棣都帶著主力機動部隊在外，北平城只有殘疾世子朱高熾堅守，李景隆硬是沒有抓住機會。他先是磨磨蹭蹭，緊接著來到城下又中了守軍的夜襲。當時圍攻北平的南軍士兵親眼見到城牆上有女人向他們投擲石塊，可見城內兵力物資缺乏到何種地步。南軍都督瞿能眼見就要攻下彰義門，卻被李景隆叫停。幾個月前趾高氣揚將周王從開封王府押回南京的李景隆，此時表現得極其顢頇，一直有種說法流傳於世，說他根本就是朱棣的內應。
等朱棣率領朵顏三衛騎兵回到北平城下時，這幾十萬南軍的命運已經註定悲劇了。在堅城之下，優秀的將領可以圍而不發，專門在援兵必到之途設伏，所謂“圍點打援”是也。李景隆則命令手中的機動部隊丟掉一切輜重，向山東戰略性轉進。李景隆的大帳在鄭村壩，即今天北京市朝陽區五環外的東壩。在這個比四環還多一環的地方，李景隆撤退時忘記通知二環外的攻城部隊，數萬大軍被燕兵全數掃蕩。
拼光了朱元璋留下的野戰部隊
等到建文二年（1400）春天再次決戰時，南軍已經全無當初的士氣。此時的南軍統帥還是李景隆，因為黃子澄隱瞞了李景隆的敗績，只說什麼李景隆打了幾個勝仗，天冷了回德州休整一下，來年春天再進軍。李景隆約武定侯郭英、安陸侯吳傑，合軍60萬人自德州分兵兩路，大舉北伐。
兩軍會戰於白溝河，離北平城也不遠。南軍一開始佔上風，因為前鋒平安長期追隨朱棣，朱棣稱他為平保兒，他非常瞭解朱棣的套路。而當初幾乎攻破北平彰義門的都督瞿能也一同配合，居然逼退了燕兵。郭英又及時趕到，封堵了朱棣的退路。朱棣先後換了三匹馬，射光了三筒箭，寶劍也砍斷，差點被平安、瞿能所傷，結果又是李景隆的神操作，叫停了攻勢。
兩軍各自休整後，瞿能再次引眾搏戰，南軍大陣高呼口號：“滅燕！滅燕！”山呼海嘯般，攻勢如火如荼，形勢再次對燕軍不利。正當南軍即將得勝時，一股旋風颳起，刮斷了李景隆的帥旗，中央軍頓時大亂。李景隆自從率軍出征以來總是能招致這種不吉利的倒黴事。鄭村壩大敗之後，建文帝被矇在鼓裡，還以為李景隆這麼久了沒有捷報傳來，大概是權力太小，放不開手腳。於是像賭徒一樣加大了賭注，建文帝派了個太監帶著璽書、黃鉞弓矢過去，如同尚方寶劍一般，給了李景隆的將兵大權。結果還沒過長江，風雨大作，這些賜物全都被捲進江水裡沖走了。
此時的南軍陣後燃起大火，原來是朱棣又帶著那支忠心耿耿的親衛輕騎奔襲繞後了。在一陣混亂中，燕軍士氣大振，數十萬南軍再次盡沒。在李景隆的中軍帳中，燕兵搜出了建文帝賜李景隆的斧鉞，原來第一次賜物被捲進長江之後，建文帝又派人送了一套。
“古都北京”展覽中展示的明永樂款銅火銃，現藏首都博物館。
隨後李景隆又丟失了德州，並在濟南城下逃跑。自此，朱元璋留給建文帝的野戰機動部隊拼光了，攻守之勢逆轉，縱使擁有天下財賦，但重新練兵終歸需要時間。從此，朱棣不再老老實實等著南軍將幾十萬人的大營扎到北平大門口，而是選擇主動出擊，這對一支以騎兵見長的部隊而言再合適不過。
三次得大風相助而勝
接下來的一年裡，燕軍的日子並不好過，戰場從平坦的華北平原轉移到山東丘陵地帶。燕兵原本將李景隆從雄縣打回山東，一口氣攻下德州，準備轉攻山東首府濟南。結果堅守此地的山東參政鐵鉉和接替李景隆的盛庸奇計頻出。鐵鉉詐降，命勇士埋伏在城牆上，待朱棣進入，便拋下鐵板襲擊他，並另外設伏斷橋。結果朱棣還未入城，鐵板便突然被拋下，朱棣坐騎被擊中倒斃，伏兵暴露，橋在倉促之間也未截斷，朱棣策馬奔馳而去。
朱棣十分氣憤，決定使用大炮攻城。鐵鉉在一些木牌上寫了“高皇帝神牌”幾個字並掛在城頭，燕軍只得停止炮擊。圍城共三個多月，可濟南終固守不下。朱棣此前從未在一座堅城下逗留如此之久，只因為他相信，攻下濟南後，整個山東落入手中，南北糧道盡在掌握，在河北等地的南軍將不戰自潰。說到底，朱棣和建文帝一樣，期待速勝，建文帝是不想拖，而朱棣則是拖不起。這年冬季，燕軍聽聞南軍主力再次北上，一場新的決戰就此展開。雙方都試圖沿著大運河向南打，這樣方便糧草轉運和兵力調動。而當初燕軍攻佔的滄州、德州等地，早已隨著燕兵北撤而被建文帝一方重新掌握。
然而，朱棣此番得到了情報，先行南下，二十餘日就從北平打到山東。朱棣決定擾亂南軍的糧道，遣輕騎至大名，焚其糧船。燕軍從館陶渡運河，先後到達東阿、東平，威脅南方，迫使盛庸南下。盛庸將計就計，決定在東昌（今山東聊城）決戰，並在陣中擺了大量火槍和毒弩。盛庸此前在濟南和鐵鉉並肩作戰，有過擊敗燕軍的戰績。此次他依城列陣，準備迎接燕軍騎兵的衝擊。朱棣的騎兵如期而至，衝擊左翼，左翼巋然不動。也許想起了此前對付李景隆的辦法，朱棣親率騎兵直衝中軍，果然，大陣被衝開了！朱棣眼見著自己的騎兵衝開盛庸的大陣，卻像是鹽撒進了水中，逐漸被稀釋在南軍步兵的密集陣型中，而兩翼的南軍也開始收縮，向中心合圍——中計了！
最終，在燕軍名將張玉、朱能的拼死衝殺下，朱棣避免了被俘的命運，大將張玉卻歿於此戰。
姚廣孝像，現藏臺北故宮博物院。
建文二年（1400）十二月的東昌之戰是靖難以來中央軍的第一場大捷。朱允炆十分高興，告捷太廟。盛庸軍勢大振，燕軍經此敗，以後再南下，皆由徐州、沛縣，不再走山東。
建文三年（1401），燕軍又來到兩年前大勝南軍的真定，將守軍誘出城池，在藳城大戰一場，又是天降狂風，燕軍借風勢又獲大勝。從白溝河、夾河到藳城，燕軍三次得大風相助而勝，朱棣認為這是天命所在，非人力所能為。
疾趨京師
至此，燕軍靖難已有兩年多。雖然屢戰屢勝，但戰術上的勝利根本無法轉換成政治上的成功。燕軍兵力太少，如果分兵，就根本無法與動輒數十萬的中央部隊周旋，而如果不分兵，那好不容易打下的城池，轉手就被建文帝的部隊克復。經過幾次大戰後，朱棣還想像以前那樣，讓部隊休整一番，而他手下的軍師、僧人姚道衍清楚，無論南軍損失多少次，他們終究可以重新練兵，東山再起，而只要燕軍的主力遭遇一次大敗，戰爭就結束了，他們每個人都會頂著反賊的罪名，被押到南京的法場上。
“毋下城邑，疾趨京師。京師單弱，勢必舉！”——姚道衍如是說。這是一次豪賭，朱棣擲出了骰子。建文四年（1402）正月，燕軍沒有像以前那樣一開始就沿著運河南下，而是繞開了滄州等地，直接穿過華北平原，過保定蠡縣而趨德州，隨後在此地沿著大運河迅速南下。兩個月內到達徐州，徐州守軍堅守不出，燕軍也不糾纏，一路向南馳奔，一個月內到達安徽宿州。平安見到燕軍一路南下，帶兵來追。
南京明故宮遺址公園航拍圖。靖難末，建文帝燒燬其中奉先殿。
在齊眉山，燕軍前鋒被徐輝祖擊敗，再加上暑熱，燕軍陷入窘境，眾將要求北返。朱棣說“欲渡河者左，不欲者右”。大部分人站於左側。朱棣明白，此時返回北方，根本不可能安全撤回北平——之前強行軍繞過的那些北方雄鎮，此時成了撤軍道路上最大的絆腳石。多虧了當初在東昌拼死救援朱棣的朱能這時強力支持，表示“漢高祖十戰九不勝，卒有天下”，燕軍聽罷居然也就穩定了軍心。
朱棣馬上利用這難得的一點士氣，取得了一個戰術性勝利——截取了南軍平安部的糧道，這直接改變了戰爭的最終結局。南軍居然在距離首都如此之近的地方陷入了缺糧窘境，平安等將領決定以三聲炮響為信號，組織士兵突圍。第二天，三聲炮響如期而至，南軍士兵紛紛向靈璧各城門奔去，城門打開，眼前的一幕讓他們驚呆了——一群扛著雲梯的燕軍士兵正向靈璧城牆衝來。原來燕軍選定的攻城時間正是同一天，信號也是三聲炮響！就這樣，原本一心突圍的南軍前鋒部隊不知突向何處，後排士兵卻一心想出城求生，擠成一團。城門已開，燕軍的騎兵順勢而起，南軍門戶最後的力量被殺了個一乾二淨。
此後的燕軍以直線向南軍全速前進。十八天後，揚州失陷，金陵震動。朱允炆趕忙遣慶成郡主（朱元璋的侄女、朱棣的堂姐）與朱棣談判，表示願意割地。朱棣對姐姐說，“這不過是奸臣的緩兵之計，就等著遠方的援兵”。郡主默然，此時的一切有條件談判都不可能得到朱棣的正面回應了。在燕軍進兵距離南京三十里的龍潭時，建文帝已經徹底坐不住了，朝中大臣勸他逃去浙江，或沿著長江溯游而上到達武昌，以圖興復。結果方孝孺前來說：“城中尚有禁兵二十萬，唯有力守以待援兵。即事不濟，國君死社稷，正也！”
就這樣，建文帝喪失了最後的求生機會。守衛南京城西北面金川門的谷王朱橞和李景隆望見朱棣麾蓋，直接打開了城門。建文帝絕望地點燃宮殿。此時他也許想到了被自己逼得自焚的湘王朱柏，也許會回想這三年多的戰爭中他曾有無數機會，但幾乎每一次機會的拒收單上幾乎都有他的簽名。爺爺親手交給他的華麗宮殿籠罩在火海中，那個25歲的皇帝朱允炆在沖天大火中不知所蹤。
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