南京大屠杀，是侵华日军在侵华战争全面升级的初期占领中国首都南京城后，实施的有组织、有计划、有预谋的大规模屠杀、强奸以及纵火、抢劫等战争罪行与反人类罪行。
日军暴行的高潮从1937年12月13日攻占南京开始持续6周以上，直到1938年2月才开始有所收敛。据第二次世界大战结束后远东国际军事法庭和南京军事法庭的有关判决和调查，在大屠杀中有20万以上乃至30万中国平民和战俘被日军杀害，在大屠杀第一个月内约2万中国妇女遭日军奸淫，南京城的三分之一被日军纵火烧毁。
1945年日本投降后，1947年远东国际军事法庭和南京军事法庭认为南京大屠杀中有超过20万的中国人被日军杀害。
在中国，自1947年南京军事法庭审判以来，认为约有30万人在大屠杀中遇难。在日本，日本政府承认“发生过杀害非战斗人员和掠夺等行为”，但对遇难人数则暧昧不清。日本学界对遇难人数的估计有20万人、4万人、2万人等几种，也有认为南京大屠杀不存在的“否认派”。“否认派”的论调得到部分日本政商势力的支持，在华人区引起反感，这也使得南京大屠杀成为严重影响中日关系的主要历史问题之一。
继卢沟桥事变后，1937年8月13日，日军进攻上海，同时为摧毁中国之抗战意志，从8月15日至12月，对中国首都南京城实施惨无人道的无差别轰炸。
随后，日军各部队分三路开始向南京进军。根据坚守南京的决策，军事委员会在12月初日军接近南京城之前共调集约13个师又15个团共10万余人的部队保卫南京。这些部队中有很多单位刚刚经历在上海的苦战和之后的大溃退，人员严重缺编且士气相当低落，而国民党临时抓来的壮丁大多没有完成训练，军纪极差。
唐生智多次公开表示誓与南京城共存亡，对蒋介石则承诺没有命令决不撤退。为了防止部队私自过江撤退，唐生智采取背水死战的态度。他下令各部队把控制的船只交给司令部，又将下关至浦口的两艘渡轮撤往武汉，还命令第36师封锁从南京城退往下关码头的唯一通道挹江门，而撤退的讯息却未传达到负责封锁的部队知晓，使得国民党军在撤退过程中出现疯狂的自相残杀情景，这一“破釜沉舟”的命令给后来的悲剧性撤退埋下隐患，造成许多无辜民众与士兵溺毙，尸体迅速堆满江面，惨不忍睹。
11月20日，中华民国政府发表《国民政府移驻重庆宣言》，政府机关、学校纷纷迁往内地，很多市民也逃离南京。在6月有101.5万城乡居民的南京市，12月初，常住人口据估计只有46.8万至56.8万人，但这并不包括军人和从前方逃亡到南京的难民。
22日，本着人道主义精神留在南京的二十多位西方侨民成立南京安全区国际委员会，他们提出在南京城的西北部设立一个给平民躲避炮火的安全区。29日，南京市市长宣布承认安全区国际委员会，并为安全区提供粮食、资金和警察。唐生智还承诺将部队撤出安全区。12月5日，国际委员会收到日本政府模棱两可的回复，随即开始安全区的工作。
日本原本打算在上海附近消灭中国军队的主力，从而迫使中国政府屈服。然而，日本上海派遣军在淞沪战场苦战三个月，受到惨重的损失，日本决策层在是否直接进攻南京的问题上产生分歧。考虑到苏联在北方的军事威胁，日军参谋本部次长多田骏等人主张“不扩大”战事。
因此，11月7日东京将上海派遣军与第10军临时编组为华中方面军的时候，将方面军的作战区域限制在苏州、嘉兴一线（即“制令线”）以东。而日军战地指挥官却强烈要求进攻南京：15日，柳川平助的第10军无视参谋本部的命令，决定趁中国军队溃退“独断敢行”地“全力向南京追击”；22日，方面军司令官松井石根鼓动参谋本部放弃“不扩大”方针，称“为了使事变迅速解决，乘现在敌人的劣势，必须攻占南京”。
11月下旬，日军上海派遣军和第10军全面越过“制令线”，分别沿着太湖的南、北两侧开始向常州、湖州进攻。鉴于前线进展迅速的既成事实，24日东京大本营废除“制令线”，并在12月1日下达攻占南京的正式命令。
12月1日，日本最高统帅部向松井石根为司令官之华中方面军（包括上海派遣军和第十军）下达命令：“华中方面军司令官须与海军协同，攻占敌国首都南京。”日本裕仁天皇下令中支那方面军进攻南京，同日，蒋介石要求斯大林加入对日作战，然而遭到否决。于是日本军向南京推进。
其间，日军各部根据“给养就地征发”之军令，在前往南京途中普遍进行烧杀淫掠。进攻南京的作战开始后不久，疯狂前进的作战部队就把辎重部队远远抛在身后，由于日军原本没有深入内陆作战的后勤准备，部队立即面临着粮食供给中断的严重问题，日本军司令部于是下达实际是要部队抢劫的“就地征收”命令。日军在抢劫中通常伴随着奸淫妇女的暴行，为了消除自己抢劫和强奸的证据，日军除了杀死受害人，还经常放火烧毁整个村庄。
“日军作战的指导者……下达：“在当地征收粮食，以谋自活”的征收命令。……自从命令下达后，罪恶感就消失了，军人们变成到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒。……这个就地征收命令，使下级官兵发狂，不但抢夺粮食，并且强暴中国妇女。……下级队长就指示……意思就是要湮灭证据。……所以，下级官兵们为了保护自己，毫不考虑的杀掉无辜的中国百姓，这才发展为“南京大屠杀事件”的导火线。”
—— 日本军上等兵曾根一夫，《南京大屠杀亲历记》
日军在从上海进攻南京的过程中，在南京以外的金山、杭州、苏州、无锡、芜湖、扬州等地犯下一系列暴行，至少3万多人被杀，大量妇女被日军强奸。1938年1月抵达南京的日本记者石川达三，依据大屠杀期间对日军官兵面对面采访的资料，写成报告文学《活着的士兵》（1945年末得以出版）。
此文详尽记述了侵华日军在支塘镇、古里村、常熟、无锡、常州、丹阳、汤水镇等地对中国平民及放弃抵抗的中国军人的屠杀和劫掠。这些暴行都是南京大屠杀的预演或延续，而南京大屠杀则是日军所有暴行当中的最高潮。
日军在占领南京时，对城内外大规模“扫荡”，搜查隐匿在城内之中国士兵，即所谓“便衣队”；多数未来得及撤退之中国军人被俘。
日军攻占南京时在战场上俘虏数万中国官兵，在日军高层的授意下，这些俘虏都被集体屠杀。日军便采取“大体不保留俘虏的方针，故决定全部处理之”。在搜捕“便衣兵”过程中，日军根据人们头上帽箍、肩上、手上之老茧作为判断是否军人之证据；但是很多平民也被抓走，即使躲在难民区之平民也不能幸免。
数万中国平民在日军搜捕溃兵的时候受到牵连被一同屠杀。日军将捕获之中国军民驱赶到长江边和南京郊外集体屠杀；同时日军还在南京大街小巷、住宅、寺庙、村庄等处随意杀人。在占领南京后的几个星期里，日军毫无约束地在城内外游荡，随意杀害平民，被日军强奸、抢劫的受害人也往往被日军杀死灭口。
根据1946年中国南京审判日本战犯军事法庭调查，确认被日军集体屠杀并被毁尸灭迹有19万多人，被零散屠杀、尸体经过南京慈善团体掩埋达15万多具。被日军屠杀的中国官兵和平民在20万至30万人之间。在东京审判之判决书中曾记载：“在日本军队占领的最初的6个星期里，南京及其周围被杀害的平民及俘虏就达20万人以上。……这个数字不包括抛尸长江、挖坑掩埋和以其他方式处分的人们在内。”
日军对解除了武装的中国军警人员以及他们认为是可能参加过抗日活动和适合兵役年龄的中国青壮年，进行过若干次大规模的集体屠杀。二战后，南京军事法庭查证日军在南京犯下的集体屠杀有28案，19万余人受害。
从12日深夜到13日，败退下来的几万中国溃兵和逃难平民蜂拥至挹江门外的下关一带，试图渡江逃离南京。13日，日本陆军第6师团、第13师团、第16师团从三个方向进攻下关，日本海军也逆流而上抵达下关江面，数万中国溃兵和平民被合围在下关沿江的狭长地带。在这一天，即日军占领南京的第一天，日军就杀害大量溃兵、降兵、俘虏以及难民。
日军报称，13日清晨，第6师团步兵第45连队从长江上游向下关进军，途中歼灭一支正在逃离的中国大部队。第16师团从南京城东扑向下关，其中步兵第30旅团的先头部队上午10点抵达下关，用坦克炮和重机枪射杀在岸边聚集和正逃往江上的“溃兵”，用光1万5千发子弹；第33联队前进途中歼灭一千几百名前往下关的“溃兵”；第16师团主力的先头部队在下午2点30分到达下关，在岸边用重机枪及高速炮向在江上漂流的溃兵猛烈射击两个小时，使2000多人葬身江中。
第13师团的山田支队从长江下游沿南岸进击，下午占领乌龙山炮台后通过燕子矶向幕府山炮台前进，途中在幕府山北面长江南岸（即草鞋峡）遭遇大量溃兵和避难民众，山田支队至14日清晨共俘虏14777人。
同一天，日本海军第11战队突破乌龙山封锁线，逆流而上向南京进发，向江上顺流漂浮的溃兵用舰炮、机枪和步枪连续射击。据上海派遣军参谋长饭沼守的日记记录：“海军参谋松田的报告说，13日，11战队大部到达南京下游，歼灭1万乘木筏退逃的敌军。”事实上，日军在江边射杀的“败敌”和“残败兵”中不仅包括中国军人，无疑也有许多想逃出南京的中国平民。
除了在下关江岸和江面的“歼灭战”，日军13日还杀害大量未能前往下关的溃兵和难民。在城东，大批溃兵和难民从紫金山与幕府山之间向东逃亡时，撞上在这一带扫荡的中岛今朝吾第16师团。该师团步兵第30旅团旅团长佐佐木到一在日记中记述道：“这天遗弃在我支队作战区域内的敌军尸体超过一万几千具，此外，再加上装甲车在江上歼灭的，以及各部队的俘虏，我们支队共解决两万以上的敌军。”
1937年12月13日，日日新闻》（即现在的《每日新闻》）报导两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定从上海到南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从上海杀到南京，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。
这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为“皇军的英雄”。《东京日日新闻》（即现在的《每日新闻》），连续刊登该报四名随军记者浅海、光本、安田、铃木分别从中国江苏省常州、丹阳、句容、南京等地发回的现场报道，详细报道了此二人在无锡横林镇、常州车站、丹阳奔牛镇、吕城镇、陵口镇、句容县城、南京紫金山等地刀劈百余人的经过。这些报道不仅仅时间、地点明确，杀人过程及数字清楚，而且同时还配发了照片。日本投降后，这两个战犯终以在作战期间，共同连续屠杀俘虏及非战中人员“实为人类蟊贼，文明公敌”的罪名在南京执行枪决。
日军进入南京后到处抢劫、纵火，南京城南最繁华之商业区和人口密集之住宅区是受害最严重之地区，主要街道几乎都成废墟；而在抢劫、纵火同时，日军还有组织或分散强暴妇女，甚至对在难民区避难之妇女也不放过，冲进那里对妇女强奸。在日军占领南京之后一至两个月内，约有2万至8万名中国妇女遭到日军强奸。
日军不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴，被强奸的妇女甚至包括12岁的幼女、60岁的老妇，乃至孕妇。很多妇女被轮奸，有些妇女甚至会被日军强奸数次，类似的事件往往导致有妇女受不住日军的折磨而死。
受害人或是试图保护她的亲属如果稍有反抗，往往就被日军杀死，母亲身边的孩子因为哭闹也经常被日军一并杀害。此外，日军还强迫乱伦行为，不从就加以杀害。日军对妇女的大规模强奸和虐杀直到1938年2月才有所收敛。德国人约翰·拉贝在1938年1月14日给上海理事会主任W.迈尔之信：“约两万名妇女和姑娘被强奸。”
日本政府与军方当时对日本国民新闻封锁，但南京大屠杀之暴行遭到世界舆论谴责。约翰·马吉牧师记录了一起典型的强奸灭门惨案。12月13日，30个日兵闯入夏淑琴一家与房东居住的门东新路口5号，他们先杀死房东夫妻和夏淑琴的父亲，用刺刀杀死夏淑琴母亲怀里的1岁婴儿，之后轮奸母亲和另一个房间里16岁、14岁的两个姐姐，她的祖父母在试图保护孙女的时候被杀死。之后日兵杀死惨遭奸淫的母女，并且在她们的阴道里插进瓶子和木棍。当时7岁的夏淑琴和她4岁的妹妹被刺刀扎伤，她们因为昏死过去而幸存下来。最后，日兵杀死房东的两个孩子，4岁孩子被刺死，2岁孩子被用军刀劈开脑壳。
日军在南京期间对女性的奸淫恶行是在军官默认、纵容、鼓动下的集团性暴力。日军发现女性就加以奸淫的现象非常普遍，而日军军官通常不会将其作为违纪行为加以处理。不仅如此，日军军官还把放纵士兵强奸作为鼓舞士气的工具。为了让部下发泄在上海战场上几个月的苦战中积郁的不满情绪并且鼓动部下进攻南京，日军军官向士兵宣传只要攻入南京“就可以拥有漂亮的姑娘”、“杀人、放火、强盗、强奸都可以”。
日军举行入城仪式后，数万日军闯入城内，一周之内就有8000以上中国女性遭到奸淫。魏特琳在金陵女子文理学院设立的收容所是日本士兵搜索“花姑娘”的主要目标之一。日军占领南京十几天后，罪行累累的各部陆续离开，而留在南京执行“警备”的第16师团仍然在长期进行强奸作案。1938年1月下旬，天谷支队接替16师团之后，强奸案件进一步增加了。
（日军正挥刀斩杀中国平民）
南京沦陷之后的六个星期之内，日军几乎侵入城内所有的建筑物。据统计，城内外23.8%的建筑被纵火焚毁，63.0%的建筑遭到劫掠，因各种原因遭到破坏的建筑合计88.5%，这些破坏绝大多数都是日军在占领南京后造成的。
日军占领南京初期，5万日本士兵从中国难民那里抢夺大量生活用品和食物。此后的几个星期，日军闯入市内的建筑大规模抢掠，有的时候他们在军官的组织下将住宅、商店、机关、仓库等建筑洗劫一空，再用军用车辆把赃物运走，即使各国使馆也未能完全幸免。在占领南京后的一两年内，日军、日本宪兵还强占大量中国人的店铺、住宅和建筑，有的直接由日军占用，有的则无偿交给来到南京的日本平民。除了日本军人，少数日本随军记者也加入到抢掠的行径当中。
12月18日，日军于南京故宫飞行场举办陆海军合同慰灵仪式。从12月19日或20日开始，日军开始在市内纵火。日军在洗劫商店之后，经常将其付之一炬。市区南部从中华门到内桥、从太平路到新街口以及夫子庙一带是南京主要的商业区，几乎全被烧光，整个市区约三分之一的建筑物被焚毁。
中国文化珍品也遭到大掠夺。据统计，南京市共损失古物26584件，计商代青铜器、玉器等珍贵文物，字画7720幅、书籍45979册。
战争期间，日本当局对日本国内媒体施行严格的新闻审查，回国的日本官兵也被命令对在战争中的罪行禁口，这使得相当部分日本国内民众难以及时了解南京大屠杀的详情。但是，随着有更多的战时退伍兵返回等情况的变化，大屠杀的信息在日本主流媒体之外得以传播。
日本发动全面侵华战争之后，日本媒体随军记者发出的稿件和照片都要经过日本军方和当局的严密审查，凡是对军方不利的一律没收，违规的记者要受严厉处罚。
《读卖新闻》随军记者小俣行男说：“在战场上听到的尽是一些见不得人的暴行，但这些事是绝对不能写的。只让写些什么在战场上邂逅的友情和前后方的佳话等，这类军中的所谓美谈。”《中央公论》特派记者石川达三在南京大屠杀期间跟随第16师团进行实地采访，写成报告文学《活着的士兵》。
杂志社删节四分之一内容后送审，被日本当局查禁。石川还被当局以“将虚构作为事实，紊乱安宁秩序”的理由被处以监禁缓刑，编辑和发行人也被处罚。从此战争中日本记者再没有对日军在南京暴行的报道。日本传媒还被严厉禁止转载中国及西方媒体对南京大屠杀的报道，南京被日本报纸粉饰为安宁祥和的地方。
除了防范新闻媒体泄露日军在中国的暴行，南京战役后回国的日本官兵也被禁口。参与过南京暴行的日军士兵曾根一夫后来说：
“为了不使军队在战地的恶的一面让国民知道，在强化新闻管制的同时，对在战地的士兵的泄漏严密封锁。南京攻击战结束后，部分老兵返回国内时就曾被禁口。我也是昭和十五年（1938年）秋返回国内的，在离开所属部队之际，被告诫‘诸位回到国内，征召解除就成了地方百姓了，但作为军人的名誉是值得自豪的，而有污皇军体面的事绝对不许外传。’这是烦琐的说法，要而言之就是‘即使回到国内，离开军队，在战场干的坏事也绝对不许说’。
2007年，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆开始建立历史证人个性化档案。共新建立档案12425份，包括39名外籍人士、103名原侵华日军老兵、2663名大屠杀幸存者和9620名大屠杀遇难者。
李秀英，怀着7个月身孕，与3个日本兵搏斗身中37刀，在鼓楼医院收治并留下影像资料。她并赴日本进行对日索赔诉讼。于2004年12月4日6点10分在南京鼓楼医院逝世，享年86岁。
夏淑琴，全家9口人被杀7口，她被刺伤后从死人堆里爬出。
姜根福（1929年12月20日-），弟弟被日本兵摔死，母亲因为反抗强奸而被开枪打死，父亲被抓走，二姐因反抗强奸被刀劈死。
崔金贵，亲眼见慈善团体崇善堂的收尸埋尸过程，并确定崇善堂在埋尸时有计数。
尚德义，1937年12月6日上午11时被日军抓获，同时与1000名以上的中国男子一起被机枪扫射，绝大多数当场死亡。他由于被尸体压住晕倒而幸免于难。
伍正禧，在南京新华巷62号避难时，其二哥伍正保、大表哥云馆、三表哥三云、表叔老王被抓走并枪杀。祖父被刀捅死，30岁的表娘被强奸。
邵翰珍，父亲邵锦晴、祖父邵才潮和舅舅任发和被日军枪杀。
皇甫泽生，保卫南京的一个士兵。被日军俘获后与几百人一起，在板桥镇一个山沟里集体被日军用机枪射杀。日军在射杀后再用刺刀捅死幸存者。他和另一个重伤难友为仅存者。
孟宪梅，在淌水沟接水时，亲眼看到日军用多辆卡车把老百姓押到现在的汉中门新桥桥口下面用机枪射死。
陈光秀，在南京汤山镇许巷村，父亲被枪杀，包括弟弟在内的村里100多个年轻人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被强奸。母亲因为父亲和弟弟被杀导致忧郁而死。
刘文静，大方巷广场集体屠杀（一百多人）见证人。
天津工商银行退休职工、南京大屠杀幸存者刘钟铭当年在南京一家商铺当学徒，说道：“日本鬼子进城后见人就杀，城里到处都是尸体，载着日本兵的汽车就从尸体上开过去。那个惨景，我一辈子也忘不了。”
赵斌，生于1937年11月27日，出生17天即遭遇南京大屠杀，是年龄最小的大屠杀幸存者，2012年8月3日因病医治无效逝世，享年75岁。
侵华日军各级指挥机构当时的命令和军官的记录为直接物证：
- 攻占南京的日军第6师团司令部曾接到命令：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧。”
- 日军第16师团长中岛今朝吾的日记中也记道：“大体上不保留俘虏，全部处理之。”
- 日军第16师团第30旅团长佐佐木到一的作战记录《进攻南京纪实》。
侵华日军随军记者的报道、士兵的日记、证言也被列为南京大屠杀的证据：
- 侵入南京的日军第6师团辎重第6联队小队长高城守一日记中说，1937年12月14日，他看到南京下关江边：“尸体像漂流的木头被浪冲过来；在岸边，重叠地堆积着的尸体一望无际。这些尸体可能有几千、几万，数目大得很。”
- 日军第16师团老兵东史郎的日记（《东史郎日记》）为重要实证，例如他在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子里发出一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动……手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来，然后平静下去。”
- 其他重要的日本兵日记还有：高岛市良日记、小原孝太郎日记、会攻南京的日侵略军第十六师团师团长中岛今朝吾的日记等。
- 《朝日新闻》记者本多胜一的著作《中国之旅》，记录“百人斩”等屠杀事件。
- 笠原十九司教授，日本国内研究南京大屠杀的权威学者之一，曾多次提供南京大屠杀证据（《侵略亚洲的日本军队》，大月书店出版）。
远东国际法庭的判决书上写道：“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明（由红十字会掩埋的是43071人，由崇善堂收埋的是112266人，这些数字是由这两个团体的负责人根据各该团体当时的记录和档案向远东法庭郑重提出的）。根据这些团体的报告说,尸体大多是被反绑着两手的。这个数字还没有将被日军所烧毁的尸体,以及投入到长江或以其他方法处分的人们计算在内”。
法官之一的梅汝璈指出，对于南京大屠杀一案“花了差不多三个星期的工夫专事听取来自中国、亲历目睹的中外证人（人数在十名以上）的口头证言，及检查和被告律师双方的对质辩难，接受了一百件以上的书面证词和有关文件，并且鞫讯了松井石根本人”，“审理是特别严肃认真的”。松井石根听取法庭宣布的罪状和科刑后，表示“南京事件，可耻之极”。法庭判决书中遂有郑重声明：“这个数字还没有将被日军所烧毁的尸体，以及投入到长江或以其他方法处死的人们计算在内。”值得注意的是：远东国际法庭认定被杀害者为二十万人以上，未包括尸体被日军消灭的被害者在内，而且这个数字仅是“在日军占领后六个星期内”的。
东京审判中，因为南京大屠杀而判罪者仅有身为乙丙级战犯的松井石根，罪状是未阻止南京大屠杀的进行；不过在南京军事法庭方面的审判则起诉包括百人斩见报的向井敏明、野田毅以及南京大屠杀时期担任第六师团师团长的谷寿夫等人并判决死刑，三人随后于1948年1月28日和4月26日，于南京雨花台刑场枪决伏法。
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