清源寺的前身是尧祠，神丘寺。
传说尧有圣德，有如天地之涵养，如神之微妙，如日光之普照，始设官治事，造历耕种，内立规，外睦邻，邦和民乐，去世之后民甚痛伤，百姓感其恩德，封土为坟，以神丘命名，纪念祭奠尧。一时四方百姓为避水患，择高而居，祭奠、交易聚居成街成集，街集以神丘之名，称为神丘集。
汉朝刘盆子建世年间，(公元25-27年)，在神丘处建尧祠(原屯村东南5里，马庄村东3里处)
两汉之际(公元纪元前后)，佛教传入中国。至南朝宋齐梁陈，从朝廷到百姓钦崇佛教，于神丘建寺，称清源寺，也称神丘寺，供奉佛祖。
唐文宗宝历二年(公元826)春，滑州大旱，节度使李聽到尧祠祈雨，因求而又应，便重修尧祠。(当时尧祠、神丘寺所在地归滑州管辖，40年代划归延津县管辖。)
黄河多次决口改道，遗留下滚滚黄沙。明洪武二十四年(公元1391年)，尧祠、清源寺被七昼夜狂飙巨沙所湮埋。有“风起苗家洼，沙压神丘集”的传说。
明成化辛丑年(公元1487年)，尧祠、清源寺西迁马庄村西、原屯村南，祠、寺合二为一进行可重建。合称清源寺。原屯村大平调剧团为之演出庆贺。
清嘉庆五年(公元1800年)清源寺主持千（“千”疑为“王”字）麟首倡、翟云龙等名士赞助，对清源寺进行整修。寺院坐北朝南，有大殿、东西厢房、后楼、山门、钟楼、住房、伙房、水井等建筑，供奉佛祖、天王、罗汉、尧舜禹等泥塑、木刻、石雕像，并有耕地400亩，颇具规模。
民国13年(公元1923年)，土匪小双辫盘踞清源寺，在周边村庄横行霸道，欺男霸女，抢劫财务，无恶不作，激起民愤。以原屯村村民为首，联合李满子军，攻打清源寺，消灭土匪，铁铡小双辫，保护了周边村庄的稳定。
民国27年(公元1937年)清源寺再次整修。
1942年，共产党、八路军在清源寺成立抗日小学，让周边村庄的青少年学习文化、学习抗日救国的本领，培训了一大批青年走上了革命的道路。
1943年秋天，为了开辟延津、浚县、汲县(卫辉)、淇县四县边区根据地，开展抗日游击战争，10月12日，中共中央冀鲁豫分局在清源寺宣布延浚汲淇边区抗日行政办事处(简称四县边办事处)在原屯村正式成立。四县边办事处的成立，建立了基层政权，建立和发展了抗日武装，壮大了抗日力量，担负起冀鲁豫边区通往太行根据地南线的地下交通任务，完成了党的各级干部4000余人的安全护送、多份秘密情报文件的传递，紧缺物资的运输。
1946年6月，四县边工委和办事处的撤销，卫西工委的成立、卫滨县的成立、1946年4月卫滨县和延津县合并为延津县的行政区划都是在清源寺宣布的。
1949年中华人民共和国成立，清源寺改为延津县第一完全小学，为马庄联中、马庄高中两所学校的成立奠定了坚实的基础，为新中国建设培养输送大批人才。后又建为机械厂，为马庄公社经济建设做出了贡献。
清源寺地处五县边(滑县、延津、浚县、汲县、淇县)中心，距五县县城都在30公里左右，是佛教中心，五县边百姓过年过节要来此祈祷，香火兴旺；原屯村曾一度成为县一级政治、经济、交通和文化的中心。清源寺与原屯村相邻，清源寺是中国共产党基层党组织聚会、决议场所；是党的各级干部护送途中休息开会的中转站；是八路军、解放军部队补充给养、休整的根据地；是秘密情报、文件、紧缺物资的交通站；是抗日、斗敌、清匪的桥头堡；是培养建设新中国革命人才的摇篮；是发展繁荣当地经济基地。它在各个时期都起到了战斗堡垒作用。
尧祠为纪念尧的功德而建。随佛教传入和各朝代统治者对佛教推崇，崇信佛教宣传的。 慈悲修善、因果报应、三世轮回的说教，由祠、寺合建为寺，祠就是中国最早的佛寺，是中外文化、信仰的大融合；百姓在与风沙、盐碱、干旱、内涝、战争、匪患、瘟疫、饥荒等天灾人祸斗争中，祈求尧与佛祖保佑国泰民安、国富民强、风调雨顺、五谷丰登、家庭和睦、万事如意。清源寺随历史也经历了无数次兴衰；建国后，几经运动，文物流失，僧侣遣散，房屋拆迁，村民为己利益，多方瓜分，所留之地，院墙坍塌，杂草丛生，成羊啃鸡啄豕突之地，甚为荒凉。
现太平盛世年间，上九天可揽月，下五洋能捉鳖，国力鼎盛，万民欢颂。百姓看到寺院破败，甚感痛惜揪心，自发聚结，纷纷捐款，查文献，访遗老，共议重建清源寺，一是保护文物；二是挖掘清源寺文化渊源；三是清源寺搭台，发展旅游事业；四是为老年人活动提供场所。就是要在文化上探其渊源，文物上收其点滴，建设上抓其根本，思想上树其善德，保持清源寺“清源”两字之精神，保护古代文明和历史文化……
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