清源寺的前身是堯祠，神丘寺。
傳說堯有聖德，有如天地之涵養，如神之微妙，如日光之普照，始設官治事，造歷耕種，內立規，外睦鄰，邦和民樂，去世之後民甚痛傷，百姓感其恩德，封土為墳，以神丘命名，紀念祭奠堯。一時四方百姓為避水患，擇高而居，祭奠、交易聚居成街成集，街集以神丘之名，稱為神丘集。
漢朝劉盆子建世年間，(公元25-27年)，在神丘處建堯祠(原屯村東南5裡，馬莊村東3裡處)
兩漢之際(公元紀元前後)，佛教傳入中國。至南朝宋齊梁陳，從朝廷到百姓欽崇佛教，於神丘建寺，稱清源寺，也稱神丘寺，供奉佛祖。
唐文宗寶曆二年(公元826)春，滑州大旱，節度使李聽到堯祠祈雨，因求而又應，便重修堯祠。(當時堯祠、神丘寺所在地歸滑州管轄，40年代劃歸延津縣管轄。)
黃河多次決口改道，遺留下滾滾黃沙。明洪武二十四年(公元1391年)，堯祠、清源寺被七晝夜狂飆巨沙所湮埋。有“風起苗家窪，沙壓神丘集”的傳說。
明成化辛丑年(公元1487年)，堯祠、清源寺西遷馬莊村西、原屯村南，祠、寺合二為一進行可重建。合稱清源寺。原屯村大平調劇團為之演出慶賀。
清嘉慶五年(公元1800年)清源寺主持千（“千”疑為“王”字）麟首倡、翟雲龍等名士贊助，對清源寺進行整修。寺院坐北朝南，有大殿、東西廂房、後樓、山門、鐘樓、住房、伙房、水井等建築，供奉佛祖、天王、羅漢、堯舜禹等泥塑、木刻、石雕像，並有耕地400畝，頗具規模。
民國13年(公元1923年)，土匪小雙辮盤踞清源寺，在周邊村莊橫行霸道，欺男霸女，搶劫財務，無惡不作，激起民憤。以原屯村村民為首，聯合李滿子軍，攻打清源寺，消滅土匪，鐵鍘小雙辮，保護了周邊村莊的穩定。
民國27年(公元1937年)清源寺再次整修。
1942年，共產黨、八路軍在清源寺成立抗日小學，讓周邊村莊的青少年學習文化、學習抗日救國的本領，培訓了一大批青年走上了革命的道路。
1943年秋天，為了開闢延津、浚縣、汲縣(衛輝)、淇縣四縣邊區根據地，開展抗日遊擊戰爭，10月12日，中共中央冀魯豫分局在清源寺宣佈延浚汲淇邊區抗日行政辦事處(簡稱四縣邊辦事處)在原屯村正式成立。四縣邊辦事處的成立，建立了基層政權，建立和發展了抗日武裝，壯大了抗日力量，擔負起冀魯豫邊區通往太行根據地南線的地下交通任務，完成了黨的各級幹部4000餘人的安全護送、多份秘密情報文件的傳遞，緊缺物資的運輸。
1946年6月，四縣邊工委和辦事處的撤銷，衛西工委的成立、衛濱縣的成立、1946年4月衛濱縣和延津縣合併為延津縣的行政區劃都是在清源寺宣佈的。
1949年中華人民共和國成立，清源寺改為延津縣第一完全小學，為馬莊聯中、馬莊高中兩所學校的成立奠定了堅實的基礎，為新中國建設培養輸送大批人才。後又建為機械廠，為馬莊公社經濟建設做出了貢獻。
清源寺地處五縣邊(滑縣、延津、浚縣、汲縣、淇縣)中心，距五縣縣城都在30公里左右，是佛教中心，五縣邊百姓過年過節要來此祈禱，香火興旺；原屯村曾一度成為縣一級政治、經濟、交通和文化的中心。清源寺與原屯村相鄰，清源寺是中國共產黨基層黨組織聚會、決議場所；是黨的各級幹部護送途中休息開會的中轉站；是八路軍、解放軍部隊補充給養、休整的根據地；是秘密情報、文件、緊缺物資的交通站；是抗日、鬥敵、清匪的橋頭堡；是培養建設新中國革命人才的搖籃；是發展繁榮當地經濟基地。它在各個時期都起到了戰鬥堡壘作用。
堯祠為紀念堯的功德而建。隨佛教傳入和各朝代統治者對佛教推崇，崇信佛教宣傳的。 慈悲修善、因果報應、三世輪迴的說教，由祠、寺合建為寺，祠就是中國最早的佛寺，是中外文化、信仰的大融合；百姓在與風沙、鹽鹼、乾旱、內澇、戰爭、匪患、瘟疫、饑荒等天災人禍鬥爭中，祈求堯與佛祖保佑國泰民安、國富民強、風調雨順、五穀豐登、家庭和睦、萬事如意。清源寺隨歷史也經歷了無數次興衰；建國後，幾經運動，文物流失，僧侶遣散，房屋拆遷，村民為己利益，多方瓜分，所留之地，院牆坍塌，雜草叢生，成羊啃雞啄豕突之地，甚為荒涼。
現太平盛世年間，上九天可攬月，下五洋能捉鱉，國力鼎盛，萬民歡頌。百姓看到寺院破敗，甚感痛惜揪心，自發聚結，紛紛捐款，查文獻，訪遺老，共議重建清源寺，一是保護文物；二是挖掘清源寺文化淵源；三是清源寺搭臺，發展旅遊事業；四是為老年人活動提供場所。就是要在文化上探其淵源，文物上收其點滴，建設上抓其根本，思想上樹其善德，保持清源寺“清源”兩字之精神，保護古代文明和歷史文化……
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