新帝朱常洛登基幾日，連續頒佈了幾條新政，主要針對萬曆時的弊端，想要打開一個全新的局面，同時也是為自己三十九年正名。可是隻過了短短的四天，就有了不豫之兆。登基十天後，八月初十，原本就身體不濟的朱常洛病倒了。他病倒的原因一是由於身體本身就衰弱，再加上剛剛登基，朝中有許多事情需要交接，以及先皇的喪事處理等，過度勞累使他身體日漸虛弱。二是加上朱常洛好色的毛病。朱常洛登基後，鄭皇貴妃出於自己的謀劃，向朱常洛獻上了八名女子，這八名女子不僅美麗非凡，並且非常具有才華，最主要的是非常溫柔體貼，讓受盡冷眼的朱常洛感受到了少有的溫暖。
鄭皇貴妃的陰謀
這一日，鄭皇貴妃來到乾清宮，身後跟著的是一個宦官，名叫崔文升。崔文升以前是鄭皇貴妃的內官，在光宗繼位後，提升為司禮監秉筆。秉筆就是代替皇帝書寫的內官，他還掌管著御藥房。
御藥房，他直接負責皇帝的醫療與保健，在明朝初年的時候為尚藥局，後改為御藥房。明朝又是一個宦官當權的朝代，宦官當權為當家人，而非是御醫，院使，院判，皇帝以及后妃的藥的取用、熬製以及送藥都是御藥房。有一個太監名叫張明，他被記入史冊的原因並非具有高超的醫術，而是因為牽扯著一樁後宮案。《酌中志》中記載，神廟貴妃李娘娘有疾，鄭娘娘名下太監張明治未愈，薨逝。把張明比作漢宣宗時期毒殺許皇后的醫婦淳于衍。影射出鄭貴妃毒害李娘娘。
崔文升按照正常的看病程序，一番望聞問切之後，斷出皇帝身體並無大礙，只需要喝幾服藥補補身體就可以。光宗聽後，連誇崔文升是忠臣，並欣然接受。傍晚，一碗湯藥送到了御前，朱常洛飲下湯藥後當晚，腹瀉數十次，不但沒有把病治好，反而使早已虧空的身體丟掉了剩下的元氣。
時任兵科給事中的楊漣，履行自己進諫的職責，暗指鄭皇貴妃與崔文升暗中勾結，加害新帝。像這種與皇帝安危有關的案子，屬於重大案件，一般交由三法司來就行處理，這是正常的司法程序，但是有時候，危害皇帝的安全讓皇帝非常的生氣，或者說讓皇帝造成了非常重大的損傷，那麼皇帝就很有可能把這些案件交給自己的親信私發組織，比如說錦衣衛，東廠，西廠來處理。
可是，在楊漣的堅持下，朱常洛給出的最終判決是僅僅將崔文升逐出宮外，皇帝既然已經這樣判決，那就是當時最高的判決，比最高的司法機關判決更有效，不知是有意為之，還是無心追究，只是誇獎了楊漣的忠心，卻沒有對他懷疑鄭皇貴妃的事情有直接的反饋，對於這樣的結果，楊漣作為臣子，只能就範，但是他心中已經有了判斷。
逆耳忠言不敵枕邊細語，光宗的寵妃李選侍，也是鄭皇貴妃，安排到新帝身邊的觸角之一，李選侍的受寵程度，不亞於當年神宗對鄭皇貴妃的寵愛。身體已經垮掉的朱常洛在乾清宮召見大臣的時候心心念唸的竟然是封李選侍封為皇貴妃，對於這樣的皇帝，他又能怎麼樣要求什麼呢？
就在崔文升被逐出皇宮的幾日後，病入膏肓的朱常洛終於想起了自己作為皇帝的責任，再次在病榻前，召集方從哲等大臣，此時，他講到父親還沒修好的陵墓，十分悲切的說，“朕，壽宮也。”交代完身後事之後，突然問了一句，有鴻臚官進藥者安在，眾位大臣們順時間非常懵，這鴻臚寺的人怎麼會進藥呢？皇帝又是怎麼知道這種人存在的呢？
進獻紅丸
太醫院，是管理整個皇室的醫療、醫藥，但是設立御藥房之後，大部分的責任都轉移到了御藥房的身上，皇帝和后妃有病的話，太醫院只負責診斷，開藥方，配藥送藥煎藥都是御藥房的來管理。但是，鴻臚寺只是一個四品衙門，掌管朝會、賓客、吉凶儀禮之事。
在皇帝下召在全國內找名醫治病之後，鴻臚寺丞李可灼曾上本說，他有“仙丹”紅丸，可以治療萬歲的病，大臣與御醫們都非常反對這件事，各地名醫都無法治好皇帝的病，更何況是這粒來歷不明的藥丸，這可是天大的事，一旦出現什麼問題，肯定是要有幾位需要陪葬。作為內閣首輔的方從哲只能勸諫，但是總歸拗不過皇帝的堅持，召見自雲有仙丹的李可灼，李可灼覲見了朱常洛後，奉上了所謂的仙丹，朱常洛服用後，身體似有些好轉，並大讚李可灼是忠臣，李可灼輕步走出了乾清宮，在乾清宮外等待的大臣們，簇擁上前詢問情況，李可灼只說“平善如前”。
朱常洛駕崩
九月初一，天色微亮，紫禁城裡，在短短一個以後，送走了剛剛登基的新皇帝，這與他數十年的太子位相比，這一個月短的讓人嘆息，鄭皇貴妃再次來到乾清宮，看到了靈柩前痛哭的李選侍，貌似是看到了當時神宗皇帝駕崩時的自己。
寂靜的慈寧宮內，鄭皇貴妃放佛聽到了一些關於新帝駕崩的一些傳聞，她偷偷了解了李可灼的來歷，對仙丹也瞭解大概。所謂的紅丸，就是紅鉛金丹，又成三元丹，官吏稱之為無方無制之藥，民間稱取處女初潮之經血，謂之先天紅鉛，加上夜半的第一滴露水及烏梅等藥物，煮過七次，變成藥漿，再加上紅鉛、秋石、人乳、辰砂、松脂等藥物炮製而成，是藥是毒，要看它服用的時間與劑量，根本沒有明確的界限。
鄭皇貴妃清楚，崔文升被逐，皇帝已逝，這件事情，早晚會同之前的梃擊一案一樣，化作時間中的塵埃，塵封於紫禁城內，所以一切沒有任何直接的證據，除了她與崔文升當年的關係，何況這紅丸，才是朱常洛送命的仙丹，李可灼恐怕是急功近利，卻葬送前程的替死鬼，更重要的是，她早懂得，深宮之中也沒有什麼律法，只有權利才是唯一的律法。
紅丸案追查
對紅丸案的追查，眾人齊齊指向開方的太監崔文升，和進藥的鴻臚寺丞李可灼，最初給皇帝治病的崔文升成了眾人口中的投毒之人，原來，崔文升給朱常洛開的是“大黃”藥，大黃的主要功效在於清熱瀉火，有餘者瀉，不足者補。是正常的用藥之理，可是面對已經被縱慾生活和繁忙朝政掏空了身體的光宗皇帝，崔文升竟然開出了這樣一副藥，雖然沒有一劑劇毒之物，但也絕對不是什麼良藥，尋常人用此藥無妨，但對於虛弱的光宗來說，這足以拿走他半條性命。
崔文升以誤診為自己開脫，然而這反而令人懷疑，因為他可不是一個普通的太監，曾經是鄭皇貴妃內侍太監，崔文升幾年後，就被晉升為掌御藥房，懂得醫藥，何況崔文升面對的病人是一國之君朱常洛。這種誤診，豈是他能脫得了責任的，更重要的是崔文升開的藥是催垮朱常洛身體的關鍵，也是後來紅丸案光宗駕崩的根源，大臣們把這幾味疑點報告給天啟皇帝，急正崔文升典刑，用章國法。但是由於崔文升是宦官，因此免了他的基層審理，甚至免除了三司會審，而直接由皇帝發落，正好得益於皇權與司法之間的空隙。另一方面，面對朝中大臣，鄭皇貴妃深深明白，以她與崔文升的過往，定罪崔文升，也等於是定罪了自己，此後大臣們一定會牽扯出別的案件來，將自己帶進深淵，因此她不得不收斂羽翼，蝸居在寢宮之中，等待新帝的定奪。剛剛登基的朱由校天性懦弱，再加上沒有直接的證據，他和他的父親一樣，放了崔文升，這樣使鄭氏鬆了一口氣。
另一方面，朝中的大臣們也放不了送仙丹的李可灼，大家回憶起，光宗駕崩的前一天，內閣首輔方從哲代替稍有恢復的朱常洛，頒佈一道諭旨，嘉獎進送仙丹的李可灼。也正是因為這一聖旨，也將紅丸案的主謀指向了光宗皇帝本身。原因是，紅丸是光宗皇帝要求的，並且身體也見有起色，並且嘉獎了李可灼。就因為這一聖旨，激怒了朝中的大臣們，將方從哲與李可灼放在了同一罪犯的一邊。最終只能通過廷議來定責。最終廷議也沒有討論出比較好的結果，崔文升與李可灼都可以斬，該貶則貶，該罰責罰，就這樣從政治鬥爭中發生了微妙的變化，成了明朝一大疑案。
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