直到1912年大清王朝壽終正寢為止，帝國仍沒能擺脫瘟疫的糾纏。
這一點從江南地區的瘟疫史中就可見一斑。江南地區是清帝國經濟社會發展水平最高、醫療衛生條件相對較好的地區，但仍然疫災頻發。據統計，清代江南地區平均每縣發生瘟疫11.8次，平均每22.7年發生一次。瘟疫的種類也五花八門：天花、麻疹、霍亂、傷寒、痢疾等不一而足。需要注意的是，雖然江南地區關於瘟疫的記錄相對其他地區來說較為完整，但仍有許多相對偏遠的市鎮缺少文獻資料，年份亦有缺失。因此，實際情況恐怕要比現有統計嚴重得多。
地方官員的抗疫努力
歷史上特別是宋元時期，中央政府為應對瘟疫曾採取較為積極的政策，但明中葉以後開始轉向消極。進入清代以後，各地設立的官辦惠民藥局多已廢弛，僅少數仍在瘟疫之年作為臨時施藥場所偶爾發揮作用。這種消極從統治者對瘟疫的態度上也可見一斑。康熙四十八年（1709年）五月，蘇州織造李煦上奏康熙帝蘇州“頗有疫氣”，玄燁批語：“知道了。皆因一念等作反，民間無知，叫他哄了，所以有此一難，亦未可知。”至六月疫情基本平息，李煦再奏，康熙帝批曰：“覽此奏摺，深慰朕懷！以後收成若好，民命得蘇矣。”兩封奏摺的批語中康熙帝對瘟疫隻字未提，可見在當時的統治者眼中，與“造反”、“收成”相比，瘟疫簡直不值一提，亦無須在國家層面採取什麼措施，由地方官員便宜行事即可。
統治者對瘟疫採取消極政策自然有多方面的原因。一方面，瘟疫通常不會像暴亂、水旱蝗等災害那樣對王朝的統治產生直接衝擊，另一方面官辦醫療機構往往效率低下，加上清末西方現代醫學引入中國之前，封建王朝的醫療水平相對低下，官方機構往往難以有效應對瘟疫，索性任地方官員和社會力量因地制宜便宜行事。因此地方官員和社會力量往往成為應對瘟疫的主力軍。
雖然國家在應對瘟疫方面缺少明文規定，但在儒家“愛民如子”思想的影響下，只要手頭有一定醫療資源可供調配，地方官員面對瘟疫時一般不會坐視不管，會盡己所能採取一些防疫救災的措施。其手段有如下幾種：
一種是設立藥局聘請醫生診治。這是地方官員應對瘟疫最主要的措施，在文獻中多有記載。如民國《杭州府志》中記載：國朝康熙十年，（杭州）大旱，大疫，總督劉某擇名醫設藥局於佑聖觀，自八月至九月，活人無算。
同治《蘇州府志》中記載：乾隆二十年己亥，吳下奇荒，丙子春，復遭大疫……知府趙公 酉，設局圓（玄）廟觀，招名醫二十五人更番視病，過夏至，病乃漸減，死者不可勝計。
官辦惠民藥局至清中期多已廢弛
在醫療資源不足時，地方官員有時會採取請人配置藥丸並分發給百姓的方法應對疫情，以求擴大救治範圍。在康熙年間，寧波“歲疫癘，郡太守開局施藥，範洪宿精 心炮製，銖兩不苟，賴以活者甚眾”。康熙四十八年夏年蘇郡大荒疫，陳府尊鵬年捐俸複合闢瘟丹施送即“太乙丹”，“姜、許、徐等村莊，疫癘盛行，公親詣散藥”。
除設局施藥，地方官府在疫時隔離病人、整治衛生、處理屍體，甚至包括祭祀祈禱等行為，都可算作防疫救災的積極措施。從總體上看，雖然這些措施未必都能行之有效，有些甚至缺乏科學性，但已經是當時地方官員能夠採取的最有力的措施了。並且受限於當時的醫療水平，即使地方官員“處置得力”，也難免“死者不可勝計”。
社會力量的自我動員
除了地方官府的救治，社會力量在防災抗疫的鬥爭中發揮著相當關鍵的作用，主要包括個人和社會團體。部分精通醫術者有時以個人名義設局施診送藥，希望通過個人的努力治病救人緩解疫情；有些幫助官府做一些輔助工作，如為官府調查情況，傳遞消息，或做一些發放醫書一類的宣傳工作。但是個人的力量總歸有限，要想真正做到宏觀層面的疫情好轉往往需要藉助這會團體的力量，其中由宗族、行業創建的會館和地方力量創辦的慈善機構（善堂）是這類社會團體的代表。清代的會館通常都聘請常駐醫生，並設醫館以備救療，並在嘉道以後逐漸被寫入會館的規條之中。如常州王氏的《參改義莊規條》規定：莊內則有名醫生，議定每季薪俸若干，擇誠實藥房，另立一折，以便登記。會館常備的醫療力量在平時服務會員，在瘟疫到來時也能在一定程度上輻射到社會。
杭州普濟堂
會館之外，由地方人士創辦的具有慈善機構性質的各類善堂，在救療疾疫方面發揮了重要作用，有效彌補了國家層面應對瘟疫功能的缺失。如蘇州積功堂“乾隆年間謝子陰籌建。施棺收埋，救火，夏施茶，秋施藥，冬施薑湯炒米”；杭州普濟堂“在武林門中正橋東。嘉慶元年山陰縣監生高宗元捐地募建，七年落成……教養、醫藥、殯葬，百事俱舉。列號舍二百五十間”；上海同仁輔元堂“即同仁堂也。道光二十三年……又集資施藥，自仲夏始，至仲秋而止”。道光以後這類具有救療疾疫功能的綜合性善堂數量迅速增加，並且原先沒有這類功能的善堂也逐漸增加了這項功能。如始建於道光年間上海的繼善堂，在同治二年（1863年）“又添義學、施藥、水龍、水擔及接辦惠育之事”。這一時期還出現了數量眾多的專門救療疾疫的醫藥局。如上海寶山真如施醫局於清宣統三年成立，附設寶善堂內。每逢夏季，延請內外科醫生於一四七期施診兩月，除由鄉公所供應飯食、煙茶並酌贈川資及補償外科醫生藥本外，不致酬金，凡來局診治者 每號收取號金三十文。隨著社會需求的不斷擴大以及西醫理念的傳入，這些醫藥局診療科室不斷細化，如丹徒的衛生醫院原本只是“常平施醫”，光緒二十九年（1903年）經過擴充，“延聘醫士分內外、針灸、小兒等科療治”，已具有一定的近代醫院的色彩。
清末對抗鼠疫的衛生人員
總而言之，雖然清王朝統治者並沒有把瘟疫同暴亂、水旱災害等直接威脅王朝統治根基的災禍一視同仁，但地方力量在面對瘟疫時採取的種種救療疾疫的措施在很大程度上彌補了國家層面救療政策的缺失。隨著地方救療力量不斷壯大，救療機制機構愈發成熟，這種力量逐漸成為了社會進步的重要推動力之一，為清末國家層面的醫療體系改革做了鋪墊。另一方面，即使是現代醫學高度發達的今天，瘟疫仍然是直接威脅國計民生的重大安全事件，國家層面的頂層設計不可或缺，無論地方救療力量如何出色都難以完全彌補國家政策機制的缺失。因此清代地方救療力量的發展在某種程度上講也是對國家層面醫療衛生體制機制改革的呼喚，它使清政府最終意識到了從國家層面統籌醫療衛生事業的重要性，並在清末的立憲改革中得到了體現。
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