九一八事变后，日本对宁波乃至整个中国渔业经济的掠夺与破坏日益加剧。1932年11月28日，日本渔轮“鹗丸”通过上海十六铺代理鱼行，在上海大肆倾销小黄鱼697箱，每箱售价仅10~12元，远低于宁波等地国产冰鲜小黄鱼每箱16元左右的价格，使得中国“鱼商大受影响，渔轮业亦暗暗叫苦”。1937年全面抗战爆发后，日本全面封锁中国沿海，杀害中国渔民在战争影响下，很多渔民不敢出海捕鱼，宁波渔业经济遭受重创。
以全面抗战初期每年5、6月定海的小黄鱼、大黄鱼、墨鱼之价格为例，全面抗战后较全面抗战前每担降低1/3左右。1936年、1937年5月，小黄鱼价格每担4元左右，全面抗战期间同月价格仅为2.5~2.6元；墨鱼5月价格，全面抗战前为每担11~12元，至1939年同月仅为7~8元。此外，战争使得宁波渔业物资供应日益匮乏。普通使用的渔具之价格，全面抗战后较全面抗战前提高1/3~1/2，如宁属的大对网，全面抗战前一顶仅80~90元，全面抗战后需120~130元。
渔民出海捕鱼的准备金额，全面抗战后亦较全面抗战前增加1/3以上，如大对渔船，全面抗战前出渔的装置费用约900元，至1939年则达1500元。相比1937年，1938年宁波渔船出海捕鱼数量减少约1/3，渔获物总值减少236.8万元。
全面抗战时期，日本对宁波渔业经济的破坏还包括对渔民的伤害和对渔船的破坏。1937年11月下旬，日军两艘航空母舰和40余艘驱逐舰及炮艇在舟山海面封锁航道，破坏渔场，毁坏渔民船网，残杀无辜渔民。1939年3月18日，侵华日本海军一部从舟山窜至嵊山岛，枪杀53名嵊山渔民。同年4月，日军在大目洋焚烧渔船，残杀渔民60余人。同年5月19日，日军两架水上飞机对普陀沈家门新街等处居民点进行轰炸扫射，死伤渔民3人。
1940年6月6日，日军又杀害象山东门渔民60余人。7月6日，日军击毁镇海蟹浦渔船10艘；12月，又毁郭巨、新矸渔船3艘。全面抗战期间，宁波渔业损失官方统计数据为渔船914艘，130435担（6521.75吨），渔网106412平方丈，渔民409人。不过实际损失肯定要超过这一数字。
浙江省渔业局局长饶用泌在拟订《浙江省渔业局救济渔船修造计划》时，论及渔业局调查渔业损失所得数据距实际损失之数尚远的情况，总结出如下四点原因：“一以抗战时期过长，损失渔船原主或沦落外方，或业已死亡；二以渔区辽阔散漫，无法普遍周查；三以渔民愚昧多存观望；四以不信确能配发救济物品，虽经调查，不愿填报。”
抗日战争胜利后，宁波海洋渔业经济逐步得以恢复，渔船出渔规模、渔获产量均有一定程度的提升。1946年农历四月初潮之渔汛，以奉化最为旺盛，多者有700余担，少者亦有300余担。若以当时市价每斤300元计算，则多者渔获价值有2000万元之多。因此当时《奉化日报》评论道：“一潮渔汛竟有如此巨数之收入，渔民莫不额手庆幸云。”半年之后，1946年11月冬汛，定海县长致电浙江省政府主席沈鸿烈，称浙江沿海渔民该汛出海首次捕鱼即“收获甚大”，并且“沿海安谧，未有匪患。”
不过就经济规模而言，宁波的海洋渔业还在恢复期。1946年在嵊山外海捕鱼的大对船有600多对，而全面抗战前同期为1000余对。抗日战争胜利后的救济、渔业改革和社会安定是宁波渔业经济快速恢复并平稳发展的重要原因。1947年冬汛，宁波出海捕鱼渔民达到45185人，渔船6164艘，投入资本475500万元（法币），渔获物709549担，从事加工和流通的鱼行（栈）与鱼厂有1072家。（见表2-22）另据浙江省渔业局直辖石浦工作站1947年年初的统计，三门湾渔区（包括象山、宁海、三门县）有大捕鱼船42艘，小网对渔船495对，小钓渔船81艘，虾船109艘，小溜渔船222艘，独捞渔船102艘，划瓣渔船40对，鹰捕渔船4艘，划具渔船167艘，直接生产渔民人数7457人，全年渔获物计262300担，本年春汛鱼行（厂、栈）310家。
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