明朝天启六年，九千岁魏忠贤权倾朝野，各级官吏争相为其献媚，竟然在全国展开了一场为“九千岁”建立生祠的浩大工程。
北京城朝阳门外三里处，为京师防御卫队屯兵之所在，故此被称为“三里屯”。三里屯住着一名工部舆图局绘制地图的一名小吏，名叫孙林，于昨日午夜时分被人杀死在自家院子当中，尤其是下身被凶手用菜刀砍得血肉模糊，死状惨烈。捕头李重厚接到报案后，清晨时分带领手下人等赶到了案发现场。
根据李重厚的调查得知，孙林的工作就是负责在北京城东郊一带为“九千岁”建立生祠的制图官员，因为工作繁忙，孙林整整两个月没有回家了，他是听闻近来妻子宁氏被鬼魂缠身，而临时请假返回家中一探究竟的，不想当晚即魂飞天外。
此案最大的嫌疑人貌似是孙林的妻子宁氏，但经过李重厚的初步勘察，他认为凶手并不是面前这个神情异常憔悴，但依然挡不住其万种风情的宁氏。当然，李重厚更不认为是邻居们口中的鬼魂索命，并将起哄“闹鬼”的百姓一顿训斥。人群中有一个中年人器宇不凡，身旁跟着个十七八岁的小姑娘，他们两个看到李重厚的表现后，微微点了点头。百姓们对眼前这个头戴猎鹿帽、身穿大斗篷、嘴里叼烟斗、背着双肩背包的人十分好奇，都想看看这个奇怪装扮的刑部捕头如何破解这个离奇命案。
李重厚从双肩背包内取出了放大镜、戴上白手套，仔细勘察了整栋房子的每一个角落，并对尸体现场初步检验后，心里得出了大致结论。之后，李重厚分别对主张闹鬼的邻居大婶、死者妻子宁氏、躲在门缝默默观察的邻居家小姑娘进行了询问后，他将犯罪嫌疑人锁定在了街道东头第一家的王七头上。
王七见到李重厚找上门来，自知罪行败露，遂夺路而走。李重厚在追逃过程中，不慎闯入一个郊外的庄园，并巧遇一名正在裸身练功的美丽女子，由于女子担心走火入魔，硬生生被李重厚看了个通透，在教堂见惯了西方文艺复兴时期人体油画的李重厚，再加上李重厚心中的女人是“秋芊”姑娘，所以并没觉得这个女人有什么好看的，于是面对女子羞愧惊讶的神情，显得不以为然，这也给他日后留下了杀身大祸的隐患。
这个王七身手矫健难以制服，李重厚本不会武功，但是他精通外科手术，所以手中的手术刀近距离打斗时也可以出奇制胜。经过一番惊险抓捕后，王七最终落网，百姓们纷纷称赞李重厚真乃“神捕”。根据王七的供述，他自从住到宁氏家附近后，就一直垂涎宁氏的美貌。于是，王七每晚潜入宁氏房中并藏于床下，到了半夜用迷熏香将宁氏迷晕，随后奸之。那晚，孙林突然回到家中，胆大的王七竟依然如法炮制。谁知，正在王七犯案之时，孙林渐渐醒了过来。为了掩盖罪行，王七将孙林杀之。
正当李重厚洋洋得意的朝众星捧月的百姓们挥手示意之时，人群中那个一直在观察李重厚的中年人突然挤出人群亮出身份，并带领一干手下将李重厚拿下。原来，这个中年人就是当朝大理寺正卿梁威，身边的小姑娘是他的义女名叫梁小年，因为是五年前在小年夜被梁大人救回家的孤儿，故而取名“小年”。梁威将李重厚带走，并不是因为李重厚身犯律法，而是要将一起皇上指派的秘密案件交由李重厚侦破，并将其提拔为大理寺少卿。
梁威告诉李重厚，皇上和妹妹长乐公主前几日凌晨出宫时，来到有“鬼市”之称的古玩街时，遇到一件奇事。一个赤身裸体，身上写满文字的胖子，身披一间肥大外衣，坐在祭天的祭坛上，口中叨念着什么……，“屋瓦掉落殿梁陷，禾女哭时鬼影现，兆示有司藏凶奸”，而后在官军驱赶他时，他竟然放出鬼火烧伤官军，之后竟然坐地凭空消失，此后其叨念的内容竟然在皇宫大内中一一应验。于是，皇上深感事出蹊跷，所以才与梁威商定，由李重厚来侦破此案，时限只有七天。梁威还告诉李重厚，破案时顺便找找性格古怪的长乐公主，她那天趁着混乱逃走了，至今未归。
李重厚听罢， 本不想接受此次皇上的差遣，因为李重厚向梁威提出，这个王七因迷奸宁氏在先，为长期霸占宁氏杀死其夫孙林在后，虽然此人对于犯罪过程供认不讳，但是总让人觉得有不对的地方，比如：此人是几个月前才入住三里屯，而且孤身一人住着偌大的院子，人生地不熟的就敢公然强奸、杀人，并且在擒拿此人时，发现他竟然武功高强，看来应该不是普通人，背后的隐情应该挖掘出来，说不定有什么惊天大案。梁威听后一个劲儿的摇头，规劝李重厚“王七杀人案”是小，皇命不可违是大，梁小年十分喜欢李重厚，也劝他遵从皇命，李重厚权衡利弊后勉强应允。随后，李重厚问梁威公主长什么样子，梁威说自己也没见过，李重厚只得咧咧嘴。
于是，李重厚找来了准精通法医学，且深恋自己的“小师妹”陈宽作为得力助手，以及贪财好色，但天赋异禀又迷恋陈宽的好哥们儿唐镇，来共同查证此案。
梁威向皇帝交旨。原来，李重厚也是皇室血脉，因其母是宫女身份，被先皇临幸后生下李重厚，为保皇室颜面，所以将其送到西方传道士那里抚养，传道士威廉神父年轻时是一名英国皇家警察，这倒让本就聪明绝顶的李重厚，学得了一身中西合璧的探案本领。
李重厚和唐镇、陈宽、梁小年来到“鬼市”查看案发现场，发现所谓鬼火不过是硫磺烟硝等物，没传说的那么神。唐镇依照现场目击者的描述，给“鬼市怪人”画了一幅人像，“人肉照相机”是李重厚送给唐镇的绰号。怪人留下的白袍令李重厚很是好奇。这时，前者李重厚追捕王七时，被李重厚看光的那名女子突然出现，见到李重厚不由分说便上前行刺。这名女子名叫冷艳，李重厚认为她是因为被自己看了胴体而恼羞成怒，解释了半天，冷艳根本不听，誓要取李重厚性命。一番打斗后，冷艳见刑部捕快越聚越多，自己不能成功，随后飘身离开。陈宽得知内情，认为李重厚与冷艳有情，随之醋意大发，令李重厚好生烦恼。唐镇对陈宽一往情深，见到她如此迷恋李重厚，也跟着心生不满。
李重厚等人回到大理寺衙门后，有人禀报王七在狱中上吊自尽。李重厚在查验现场时，觉察到王七是被人缢死后伪装上吊。李重厚认为此案背后一定大有隐情，但是“鬼市案”由有七天限期。于是，他决定兵分两路，由唐镇和陈宽来负责“王七案”。
唐镇和陈宽来到了位于京东燕郊的孙林办公住所。
夜晚，李重厚和梁小年对着“屋瓦掉落殿梁陷，禾女哭时鬼影现，兆示有司藏凶奸”思索。忽然，李重厚从字里行间似乎悟出了一些门道，但又不慎明了。这时，唐镇和陈宽急匆匆跑了回来，两人有了惊天的发现。
原来，唐镇和陈宽来到孙林办公所在后，发现室内被人翻得一塌糊涂。询问附近茶馆的掌柜得知，孙林住处附近近来多了很多可疑人等，尤其是前天他离开之前，家中来了一个胖胖的员外，之后孙林就匆匆离开了。孙林离开后，家里又陆续来了两个人，一个是年轻的公子，但没见他出来。之后，又来了一个是白发道人，白发道人走的时候，身上有伤，背后还多了一个大大的画轴。茶馆老板向唐镇描述了胖员外的外貌，唐镇画了下来，刚准备描述年轻公子时，茶馆老板被人用暗箭所杀。
李重厚听后眼睛瞪得溜圆。唐镇把那个到过孙林家的员外画像拿了出来，大家都十分震惊，孙林家的员外，竟然就是“鬼市案”中那个消失的胖子。李重厚激动得流下眼泪，佩服自己真是个天才，这下两个案子可以并案侦查了。
李重厚从宁氏那里得知，胖员外是孙林的表哥刘山，住在离燕郊不远的香河，但是听说几个月前得罪了魏忠贤，因此落了个家破人亡。
李重厚和唐镇、陈宽连夜动身赶奔香河，梁小年也要跟着去，被陈宽哄着留了下来，她觉得小年对李重厚有意思，所以尤其反感。夜晚，走到通州一密林之处之时，遇到了一伙强盗，他们不像劫财而是害命，李重厚告诉唐镇，为首的那人应该就是孙林家出现过的年轻公子。打斗中，唐镇为救陈宽跌落运河被河水卷走，生死未卜。李重厚在生死时刻，被突然杀出的冷艳误打误撞的相救。冷艳为了能手刃李重厚，与年轻公子打斗，不幸重伤昏厥。李重厚在危急关头，拿出神父赠予的混元霹雳弹将强盗炸退，救下冷艳。
李重厚悉心照顾冷艳，并向大难不死的冷艳，解释了自己并非故意偷看她裸体练功的往事。而冷艳此时面对拼死搭救自己的李重厚，说明了自己的心事。原来，冷艳并不是因为李重厚偷看自己而要追杀他，而是因为冷艳自幼又胖又丑，苦练神功，为的就是改变容貌，当时李重厚诬蔑她长得丑，所以才大伤自尊追杀李重厚。李重厚听后，深情的看着冷艳，一时间竟然觉得面前的女子竟和“秋芊”有几分相似。于是，李重厚迷迷糊糊地说了，她是自己此生见过的最美丽的女子，冷艳听后欣喜地扎入李重厚怀中。
李重厚与冷艳遇到一伙真的强盗，并救下了一名绸缎庄老板。根据“鬼市案”中现场遗留下来的白袍，可以确认此袍就是出自他的绸缎庄。根据老板的述说，得知了，一天夜晚在即将打烊之时，此袍曾经由一位白发道人购买，而根据店主描述，买袍之人应该就是到过孙林家的那个道人。店主还告诉李重厚，香河的名仕刘山，因为不肯将祖上土地售卖给为“九千岁”建造生祠所用，被锦衣卫来了个全家灭门，只有刘山幸免于难，而刘山又在前段时间吊死在了县衙门前。李重厚很是奇怪刘山既然已死，又怎会跑到京城鬼市呢？
李重厚与冷艳从县令处得知，刘山确实已死，人就被草草的埋葬在了一块乱坟岗上。所有线索全部中断，唐镇和陈宽又生死未卜，唯一的希望就只有那个白发道人了，可是那个道人行踪不定到哪里去找呢？李重厚再次拿出了“屋瓦掉落殿梁陷，禾女哭时鬼影现，兆示有司藏凶奸”，在冷艳无意中的提示下，他明白了和“九千岁”魏忠贤有丝丝关系的奥妙，孙林和刘山的死，又都和魏忠贤建生祠的事情有关。那么眼下最应该做的事，就是去“九千岁”的生祠去看一看了，李重厚坚定的认为，而在刘山家的原址上就有一家。
李重厚和冷艳来到了香河的“九千岁”生祠，迎接他们的是个满面慈善之气的老道。他们转了一圈发现，“九千岁”的生祠，声势浩大，占地面积极广，并且祠堂内建有很多高大的厂房。不仅如此，“九千岁”的生祠似乎有违风水之道，甚至是逆风水所建，这几点就连冷艳都看得十分不解。而善面道士则说了一大套自圆其说的道理，敷衍了过去。天色将晚，善面老道请李重厚和冷艳留宿馆艺，他们答应后，都暗自提高了警惕。
夜晚，冷艳身着内衣来到杨云准的房间，李重厚看到婀娜多姿的冷艳浴火难耐，两人即在馆艺内翻云覆雨。之后，双双就寝。不想，半夜从床下杀出一名黑衣人，朝着睡床连刺数剑。熟料，冷艳从房梁上杀出，将黑衣人截住。原来，前者两人翻云覆雨是假，引蛇出洞才是真正的用意。此时，又从外面杀出十几名黑衣人，将冷艳和李重厚团团围住。冷艳伤势未愈，李重厚又不懂武功，眼看两人就要双双毙命，有一白发道人和一男一女相继杀出，男的就是唐镇，女的便是陈宽。
李重厚见到唐镇和陈宽十分振奋。原来，唐镇和陈宽被打入河中后，陈宽昏迷了一整天，醒来后寻找李重厚时，发现了白发道人跟踪李重厚和冷艳，唐镇马上想到了孙林家那个白发道人。于是，两人螳螂捕蝉黄雀在后，一路跟踪找到了李重厚和冷艳。
李重厚等人双拳难敌四手，渐渐的也支撑不住。李重厚用最后两颗混元霹雳弹炸伤了众黑衣人。领头的黑衣人正是那名善面道士，此人极难对付，唐镇和陈宽受重伤，善面道士放出有毒袖箭，欲击杀李重厚。白发道人为救李重厚被毒药袖箭射中，就在此时，李重厚从背包中取出遂发式转轮火枪，击中了善面道士，善面道人逃走，而白发道人则奄奄一息的将背上的画轴交个李重厚，又指了指李重厚睡觉的房间，一命归西。
李重厚等人打开白发道人给的画轴，发现这竟然是孙林偷偷绘制的“九千岁”生祠建造全景图。又跑到房间里，发现了床下有个地道，而这个地道只能通向不远处的主卧室。这是什么意思呢？这一切随着白发道人的死，又成了一个巨大的谜团。
回到了大理寺，李重厚向梁威报告了整件事情的始末。梁威打开孙林绘制的地图看了又看，也没有看出端倪。李重厚认为刘山一定没死，他现在是唯一一个能够给出自己答案的人，然而七天之约仅有两天了。李重厚带着唐镇和陈宽、冷艳连夜去找宁氏，希望从那里得到些新的突破口。
李重厚等人晚到一步，宁氏刚刚被人杀死在家中，而凶手又是那个年轻公子。
又一天过去了，这是交付皇命的最后一天了。在此关键时刻梁大人和梁小年又出去私访了，李重厚连个说心里话的人都没有，心情十分低落。宁氏的死令李重厚十分不解，如果凶手想杀宁氏为什么不早早动手，非要在自己去找她之前痛下杀手呢？李重厚等人心灰意冷的走在北京城夜晚的街道上，不知不觉竟然来到了“鬼市”，李重厚跳上祭坛想再看看如何能够凭空消失。熟料唐镇无意中提到的，西方魔术中的“大变活人”，解开了李重厚的疑惑。他发现了祭坛上有个翻板，正是这个翻板使人可以在灰蒙蒙的夜色中“凭空消失”。
李重厚挖开翻板下的新鲜土壤，发现了一条宽宽的密道，顺着密道他们不知走了多久，眼前是一处华丽高大的庭院。
李重厚等人进入大庄院后，借着月色，这里空无一人甚是阴森。唐镇离奇失踪，李重厚只得和冷艳、陈宽继续前行。他们在院子里经过了小股的战斗后，善面道人押着两个人出现在了李重厚面前。这两个人一个是刘山，一个竟然是大理寺正卿梁威。冷艳、陈宽亮剑准备决战，李重厚左手持手术刀，右手到背包里取模遂发式转轮火枪，但令其惊讶的是，火枪竟然不见了。这时，唐镇手握火枪从暗处出现。原来，唐镇在通州遇袭之时，被黑衣人们抓住，为保陈宽和自己的性命，唐镇答应做内奸，并与陈宽服食了慢性毒药，待敌人大功告成之时再赐予解药，而这一切陈宽因为昏迷不醒，竟然完全不知晓。
陈宽大骂唐镇，唐镇却说，自己名不足惜，完全是为了保存自己深爱的陈宽性命。李重厚一见自己深陷重围，光凭冷艳、陈宽两名女孩，哪里是敌人的对手，让冷艳等人缴械投降，善面道人十分得意。李重厚希望将事情弄个明白，善面道人却说，梁威大人已经弄明白了。
梁威言道，自己始终对孙林的地图不解其中奥妙，于是找到自己兵部的好友侍郎田峰前去求助，田峰看后，拿出一张全国兵部驻防图，两张图一对照，答案显而易见。原来，每一处兵部驻防的区域，都有一处“九千岁”魏忠贤的生祠，目的是在未来发动兵变，谋朝篡位时，可以第一时间歼灭皇帝的防御力量。刘山接着告诉李重厚等人，而孙林在绘制工程图时，发现了这一秘密，所以欲向朝廷汇报。但是，魏忠贤的朝廷党羽遍及朝纲，所以迟迟未能成行。后来，刘山被出家修仙的皇叔白发道人所搭救之后，以表弟的身份取得孙林的信任，由白发道人来孙林家拿走孙林藏在地下的工程图，期间遭遇年轻公子，白发道人在受伤的情况下幸好不辱使命。
白发道人与刘山定计，借皇上去鬼市的机会，向其传达魏忠贤欲谋朝篡位的计划，并由白发道人夜入皇宫，去应证忠告。
李重厚一听十分得意，并告诉善面道人自己在香河的时候，看到了“九千岁”生祠逆风水而建，又莫名其妙地建了很多高大厂房，自己就猜了个八九不离十，只是梁大人为何被抓？善面道人告诉李重厚，兵部侍郎田峰也是“九千岁”的人，梁威送上门去，自然会被抓。“九千岁”的部下遍布天下，当初孙林要告发生祠秘密的消息不就而走之后，孙林及其妻子宁氏被监视，王七就是监视宁氏的锦衣卫，只不过他见色起意迷奸了宁氏，后被回家的孙林发现，王七又杀死了孙林。而王七因私废公误了大事，自己亲手勒死了他，又伪装成上吊的样子。
李重厚很疑惑，和梁大人一同出行的梁小年哪里去了？这时，那个与他们久打交道的年轻公子蒙着脸走了出来，她摘掉面纱后，大家惊讶不已。原来，年轻公子就是梁小年女扮男装的。梁小年重新介绍了自己，李重厚、梁威等人这才得知。因为梁威总是暗里与魏忠贤作对，所以当年梁小年是给魏忠贤做卧底，潜伏到大理寺梁威身边。而梁小年的真实身份，是魏忠贤的亲生女儿。原来，魏忠贤当年是娶妻生子后，才因家境贫寒净身入宫的，后机缘巧合下得到皇后和当时太子的重用，才有今日。
冷艳大骂梁小年狼心狗肺骗了大家，而梁小年也回骂冷艳是骗子。梁小年告诉大家，冷艳就是皇上那个淘气的御妹“长乐公主”。众人都大吃一惊，尤其是李重厚。梁小年告诉李重厚，本来因为自己对李重厚颇为爱慕，加之梁大人确实是为人人君子，所以最初的计划的抢到孙林的工程图就可以罢手。但是，随着梁威和李重厚解开了“九千岁”这不能见光的计划，所以必须将所有知情人尽皆灭除。
就在李重厚、冷艳、陈宽、梁威、刘山命在旦夕之时，唐镇开枪打死了冲上来的锦衣卫，并救下了梁威和刘山。善面道人大骂唐镇这是不想活了，当心不久后毒发身亡。其实，李重厚从香河回来后，早就在心里解开了整个案件的实情，只是抓不到案犯还是无法交付皇命。就在宁氏被害之后，唐镇见到敌人开始滥杀无辜，于是找到了李重厚，讲出了实情，并制定了这个引蛇出洞的计划，至于自己和陈宽的慢性毒药，唐镇本想为了国家为了百姓，自己可以和陈宽共同赴死，也是一件幸事。此时，整个庄园被官军包围，经过一场厮杀，梁小年负伤逃走，善面道人被活捉，“长乐公主”被迎回紫禁城。
次日，梁威在御书房向皇上交旨，“鬼市案”在限期内，由大理寺少卿李重厚胜利告破，田峰、善面道人在押、梁小年出逃、刘山于社稷有功被归还家产并赏金万两。魏忠贤将所有罪名都推给了田峰等人，皇上考虑到魏忠贤势大，一时没有必胜的把握，所以判他降级罚奉闭门思过，并拆除所有为其建造的生祠。
唐镇和陈宽，在神父中西医结合解毒疗法的治疗下，驱散了慢性毒药，救了二人的性命。陈宽看到唐镇除了爱钱以外，还更爱自己，更爱国家和人民，因此对他有了点好感。
梁威告诉李重厚，他获得了皇帝的认可，以后将获得重用。梁威依照皇命告诉了李重厚皇室遗珠的身世，而且不许李重厚对别人提起，否则会招来杀身大祸。梁威还告诉了李重厚自己的一个小秘密。那就是梁威与李重厚的生母，曾经是两小无猜的一对，后来因其母家遭变故才入宫为奴，如今有爱人之子在自己身边陪伴，梁威甚是欣慰。李重厚听后对梁威的感情又增进了一步。
此时，门外有侍卫大喊“长乐公主驾到！”李重厚听后当即一愣，问梁威，我如果是先皇的私生子，岂不是和冷艳成了兄妹！梁威点点头。李重厚听后破窗而出。
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