种薯是行业的基础，质量是基础的基础，种薯是制约产量和质量的一个重要的因素。
没有各种病毒和病害的干扰，脱毒种薯可以充分表现原品种特性，增产十分显著，一般增产30~50％，甚至翻番；而且能够大幅度提高商品薯率，极大地避免了种植感病种薯易引起的腐烂、尖头、龟裂、畸形、疮疤等现象，显著提高了产品的质量。
按照我国马铃薯播种面积计算，每年需要脱毒种薯1000多万吨左右，而实际供应链仅为350万吨，缺口比较大，算来国内脱毒种薯利用率也只有30%左右，这与其他马铃薯主产国家脱毒种薯的应用比例为90%以上，还有极大的差距。脱毒种薯利用率低是我国平均单产低于世界平均水平的主要原因之一。
种薯市场规模目前仅有90亿，未来有400亿规模。而且目前种薯产业过于分散，排名前十二家种薯企业仅约占13%。马铃薯种薯产业特点，以及面临的问题非常突出。
地域性强，土地资源有限。目前，我国种薯种植基地主要集中在内蒙古、甘肃、黑龙江、河北北部等地区适合繁育，南方的种薯基本都是从北方调运，加之马铃薯是需要轮作倒茬的作物，因此适合繁育土地资源实际上有限。
选育周期长。需要完善的种薯繁育和质量检测技术体系。马铃薯一个品种的选育至少要经历8-10年的一个周期，即使从国外引进繁育也需要4年一个的周期，而且传统的室外网棚一年一季，而像微型薯快繁工厂化育苗不局限于环境影响，可以一年四季生产。
经营利润低，售后风险大。我国种薯与商品薯价格差异不大，经营利润低，售后风险大。2019年马铃薯商品薯价格一路走高，年后有一些把种薯转成商品薯销售。种薯的售后风险非常大，一旦出现问题，种薯总是首当其冲的成为靶子。
销售市场乱、品种乱、价格乱。新种子法的实施，使得进入马铃薯种薯行业的门槛越来越低，谁想做都可以。种薯的销售市场乱、品种乱、价格乱这种现象似乎更加严重了。
《新种子法》第二十二条：国家对部分非主要农作物实行品种登记制度。农业部公告《第一批非主要农作物登记目录》，就包含了马铃薯等共7大类29种作物。自此马铃薯开始实施品种登记，而不再需要经过审定。这就意味着，一品多名等现象将愈演愈烈。
此外，《新种子法》第三十七条：农民个人自繁自用的常规种子有剩余的，可以在当地集贸市场上出售、串换，不需要办理种子生产经营许可证。
有一部分种植户就靠种新品种挣钱，不卖商品薯，只卖种薯，每年更换新的品种。产量多了，商品薯市场不受欢迎，也就便宜了。
高资本运作。马铃薯是高资本运作的作物，脱毒种薯的生产培育高资本具体表现“三高”，即高资产：仓储、机械（田间设备、动力设备、仓储设备）、灌溉（井、电、灌、网）、阳光温室、组培；高人工：扩繁脱毒苗、栽脱毒苗、切芽、田间操作、仓储物流；高流动资金：脱毒苗生产、微型薯生产、田间生产（管理费用、化肥、农药、地租）、种薯仓储等需要大量的流动资金。
种薯是关乎马铃薯能否增产增收的关键环节，那么如何选择一个正规的脱毒种薯？选择正规种薯企业，正规渠道的种薯。如何选择好的品种？种植者需要根据生长日期、薯型、颜色、个头、芽眼、产量、抗病性、市场认可度进行综合的品种分析。关于新品种的选择，种植户一定要冷静思考，了解市场对于品种的接受情况，不要盲目追求新奇特的品种。
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