《三国演义》在阐述华佗死因的时候，意图非常明显，就是为了加强曹操"多疑善变"这一形象，将华佗塑造成为一个无辜的受害者。但是根据《三国志》的记载，华佗的死因并非那么简单，华佗的死因有非常复杂的因素。在华佗为曹操治病期间，曹操多次作出了让步，忍无可忍才将华佗杀死的。
华佗作为当时的神医，他的医术是不容置疑的，曹操亲眼目睹了陈登之死，对于华佗的医术，可以说他是完全信服的。但是华佗并没有治好曹操的头痛，这种长期困扰曹操的疾病经常复发，可以说，这一点引起了曹操的怀疑和不满。
华佗是有政治倾向的，而且是偏向刘备那一方。《三国志》中记载的华佗是儒士出身，这种背景出身使得他的政治立场会倒向刘备一方。尤其是华佗在治疗关羽时的态度，和治疗曹操时的态度很不一样。三番五次的复发，不置可否的回答，使得曹操认为华佗是在敷衍自己，这也是人之常情。
曹操第一次作出让步是延请华佗作为自己的私人医生，不再追问彻底治愈的事情。但是华佗却拒绝了他，这使得曹操大为恼火，更加肯定华佗不想治好自己。《三国志·华佗传》里面记载，华佗虽然医术高明，但是当时的社会地位相当低微，原因就是华佗属于不入流的"方士"一类。
华佗拒绝曹操并非是风霜高洁，而是另有目的。《华佗传》明确地记载了华佗曾经说"此近难济，恒事攻治，可延岁月"，以此来向曹操讨要官职。很明显，华佗没有把曹操的病放在心上，而是作为一桩生意。华佗明确表示了自己入仕的愿望，多次表明自己选错了职业，这一点与《三国演义》里近乎道士的华佗形象出入很大。
曹操在这里第二次作出了忍让，随后又作出了第三次忍让。华佗在寻求官职无果后，欺骗曹操自己的妻子生病了，要赶紧回家。曹操心中已经明白了七八分，华佗这是借机逃跑，但他仍旧让华佗回去了，只不过留了个小心眼。果然，华佗欺骗了曹操，三次忍让之后，曹操勃然大怒，将华佗关进了监狱。
可以说，华佗从一开始见到曹操到被关押，都是自己咎由自取，怪不得曹操。而华佗被杀，则是他过于高估了自己。华佗才给周泰、关羽等人治疗外伤的时候，已经是石破天惊，让当时的人难以相信。限于当时的认知条件，曹操在听到华佗要给自己做开颅手术的时候，起疑心是很正常的。换句话说，华佗被杀，不能归结为曹操多疑，而是曹操的正常反应。
华佗，一个有敌对势力政治倾向的人，一个身份低微的江湖方士，一个三番两次敷衍自己的人，一个以治病作为筹码来获取官职的人，一个公然欺骗自己的人， 曹操对他已经相当礼让了。这样的一个人居然要开自己的脑袋，换作是任何人都不能接受吧，更何况是饱受头痛困扰的曹操，华佗死得着实不算冤枉。
可以说，是华佗的不知趣和傲慢自大害死了自己。曹操的再三忍让，他完全没有放在眼里，继续我行我素，这样一个人物，对于识人无数的曹操来说，简直不值一提。出于治病的迫切，曹操还是容忍了他，然而华佗过高地看重了自己的医术，触碰到了曹操的逆鳞。这样的人，曹操不杀他，还等什么？你要是曹操，你也会这么做。
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