南美洲國家秘魯與厄瓜多爾原都屬於西班牙殖民地，1542年，西班牙王室在利馬設總督府，建立秘魯總督區，秘魯屬秘魯總督區管轄。厄瓜多爾原屬秘魯總督區管轄，後劃歸新格拉納達總督區管轄。秘魯、厄瓜多爾兩國獨立後，由於在前殖民統治時期對邊界定義模糊不清，邊界一直沒有正式劃定。
1、雙方對東方省的爭奪
秘魯和厄瓜多爾二國獨立後，二國為了爭奪東方省及當地的野生橡膠資源而多次爆發衝突，爭執領土位於馬拉尼翁河、納波河和科迪勒拉山脈之間，面積約8萬平方英里。雙方為了領土爭端，時而在談判桌上唇槍舌劍，時而於高山叢林間武裝衝突。但囿於實力和環境所限，動作都不大。
第二次世界大戰爆發前，美孚石油公司在亞馬孫河上游發現了石油，雙方衝突進一步加劇，爭奪遂愈演愈烈。
1941年7月12日，秘魯軍隊全面閃擊厄瓜多爾，於北方邊境的東西兩端同時發難。居民們一覺醒來，只見滿天密密麻麻的降落傘，美洲大陸上第一次空降作戰大獲成功。秘魯軍不但攻入了爭端的東方省，而且進攻了沿海的埃爾奧羅省，並佔領了首府馬查拉港。
7月22日，在東部薩魯米利亞地區叢林，裝備落後且士氣低下的1800多名厄瓜多爾軍被1300名秘魯軍徹底擊潰，不僅被逐出了全部爭議地區，連原本通往亞馬遜河的多條通道也都先後丟失。
當厄瓜多爾面臨喪失全部科迪勒拉山脈以東領土的危險時刻，美國不希望看到後院動盪干擾迫在眉睫的第二次世界大戰，於是聯合阿根廷、巴西和智利作為保證國展開了調停。1942年初，秘魯和厄瓜多爾簽署了《里約熱內盧議定書》，根據該議定書：
厄瓜多爾喪失了西部埃爾奧羅省的一部分約5000平方英里的土地，放棄了對東部亞馬孫河流域秘魯實際控制區的領土要求,並被剝奪了共管亞馬遜河的權利。新的邊界線不僅使厄瓜多爾喪失了三分之二的東方省，而且失去了通向亞馬遜河的通道。
2、雙方對塞內帕河谷的爭奪
按照《里約熱內盧議定書》的規定，雙方開始漫長的實地勘界，誰知又橫生枝節。在同為南北走向的薩莫拉河和聖地亞哥河一帶，議定書規定以流域分水嶺為邊界。但到1946年首次飛越該地區的飛行員發現，兩條河之間原來還有一條塞內帕河，也就是說存在大致平行的兩條分水嶺。那麼邊界到底應該劃在哪裡？擔任仲裁的美國認為西邊的薩莫拉河由南向北流，而塞內帕河和聖地亞哥河都是由北向南流，因而裁定靠西的孔多雷山脈為主分水嶺。這等於徹底封死厄瓜多爾通往亞馬遜河的水上航線，因而招致他的強烈不滿，使得這一帶78公里長的邊界始終未有定論。
二十世紀八十年代初，在有爭議的孔多雷山脈—塞內帕河谷地區發現了蘊藏豐富的金礦和鈾礦，兩國的爭議再一次升溫。
1981年1月，一支秘魯的巡邏隊發現厄瓜多爾軍隊在孔多雷山南側修建了一個名叫帕奎沙的前哨據點(厄瓜多爾軍隊在孔多雷山北側也有一個叫做帕奎沙的據點)。秘魯軍隊開始組織對厄瓜多爾哨所的進攻，秘魯空軍出動戰鬥轟炸機對厄瓜多爾軍哨所進行轟炸，隨後，秘魯陸軍航空兵直升機搭載空降兵奪取帕奎沙哨所。
1995年初，兩國開始在塞內帕河谷地區集結軍隊。1月27日，十萬秘魯軍和四萬厄瓜多爾軍被緊急動員，大量裝甲車太平洋沿岸邊境集結對峙，全面戰爭一觸即發，《里約熱內盧議定書》的四個保證國——美國、阿根廷、巴西和智利強烈要求雙方立即停火。
2月10日下午，到了最後攤牌的時刻，雙方爆發了美洲大陸的首次大規模噴氣式戰鬥機空戰。
2月22日，一支大規模的秘魯陸軍部隊乘坐運輸直升機越過邊境線進入厄瓜多爾境內，雙方在提溫扎哨所附近地區展開了大規模血戰。戰至此時，厄瓜多爾空軍已經完全佔據了戰場上空的制空權，因此雖然在距戰場32公里遠的秘魯空軍機場就停著幾架攻擊機，但是他們始終不敢出動支援地面戰鬥。
由於缺少空中支援，秘魯人的最後一次大規模進攻草草收場。利馬當局宣佈：提溫扎哨所是有爭議的地區中厄瓜多爾佔據的最後一個邊境哨所。
1998年10月26日，秘魯總統藤森和厄瓜多爾總統馬瓦德簽署了《巴西利亞總統條約》。參加簽字儀式的還有《里約熱內盧議定書》四保證國代表美國總統克林頓特使麥克拉蒂、巴西總統卡多佐、阿根廷總統梅內姆和智利總統弗雷以及西班牙國王和王后的代表與教皇的代表等。
《巴西利亞總統條約》的簽署結束了兩國間一個多世紀的邊界衝突和領土爭端
最終塞內帕河谷邊界
最終雙方邊界
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