靖難之役"，是改變明朝歷史走向的大事件。朱棣攻入南京城後第一件事，便是確認建文帝的下落。
在《明史 方孝孺傳》裡，有過一段朱棣跟方孝孺的對話，如下：
成祖降榻，勞曰："先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。"孝孺曰："成王安在？"成祖曰："彼自焚死。"孝孺曰："何不立成王之子？"成祖曰："國賴長君。"孝孺曰："何不立成王之弟？"成祖曰："此朕家事。"
朱棣親口承認建文帝自焚而死。可哪料永樂五年時朱棣卻又，遣（胡）濙頒御製諸書，並訪仙人張邋遢（張三丰），遍行天下州郡鄉邑，隱察建文帝安在。
在朱棣跟方孝孺的對話中，其實就已經露出了馬腳。皆知朱棣發動"靖難之役"時，喊出的口號的"清君側"，表示他只想幹掉建文帝身邊的黃子澄、齊泰等"奸臣"，不是為了當皇上。而攻入南京後，他勸方孝孺寫詔書時又再次強調：我僅僅是為了學周成王。
結果，朱棣雖口號喊得雖很響，說得也非常動情，卻一轉眼發現：壞了，皇帝就是因他"清君側"和想學"周成王"，帶著長子（太子）自焚——這個結果，是不是非常滑稽和矛盾？朱棣顯然沒法自圓其說。
所以後來，就又出現了這樣的記載：神器不可以無主，上章勸進，朕拒之再三，爰乃俯徇與情，已於六月十七日即皇帝位。
意思是說，我朱棣本來是清君側，要當週成王的，哪料只因一個小意外，皇上死了，而群臣卻又苦諫，我朱棣推脫再三，最終才為了祖宗基業，天下百姓著想，迫不得已當了這個皇上。
雖很彆扭，很難看，但朱棣終於當皇上了。可問題依然沒有解決，說好的清君側和學習周成王呢？那麼此刻，倘若建文帝沒有死，顯然會對朱棣名正言順的當皇帝，就更有價值了。
於是這才有了，待朱棣坐穩江山後，突然又發現建文帝似乎還活著，於是命乎大臣胡濙，請動了神仙張三丰，一起尋找建文帝。
都說，死人有時比活人管用。看來朱棣也是此道高手。建文帝生死問題，一通眼花繚亂的操作下來，即表明自己不是造反，又暗渡陳倉，幹了鄭和下西洋。
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