膽囊粘膜上皮由高柱狀上皮細胞襯裡，粘膜有許多皺襞，皺襞間有粘膜上皮深入至固有膜甚至肌層內，形成許多竇狀的凹陷，稱Aschoff竇，在該處易發生炎症或形成結石；固有層內含豐富的毛細血管；肌層和漿膜層之間有一層較厚的結締組織，內含豐富的淋巴管、小血管和內在神經叢。
膽囊粘膜細胞具有典型的吸收型細胞的特徵，具有較強的吸收和濃縮功能，同時，膽囊粘膜亦有分泌功能，分泌粘液。在有慢性炎症時膽囊粘液的分泌增加。膽囊粘膜層中，除了一般的細胞外，尚有屬於神經內分泌系統分泌肽類激素（APUD系統）的內分泌細胞，其生理學上的意義尚未確定。
膽囊管的層次與膽囊壁相同，但有以下兩個特點：
①膽囊管近膽囊頸的一端，粘膜呈螺旋瓣樣皺襞，而近膽總管的一段則內壁平滑。
②膽囊管的肌纖維構成環狀帶，稱為膽囊頸括約肌。
這些特點有助於規律性地控制膽汁進入與排出。這就是膽囊的組織結構的本來面貌。
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