希臘空軍的起源可追溯到1912年，當時僅有4名飛行員在拉里薩成立了第1支空中作戰部隊。這支部隊在希臘王國時期變成了“皇家希臘空軍”。1930年希臘空軍部成立，並於1934年成立空軍總參謀部，經歷過巴爾幹戰爭、第一、二次世界大戰。
希臘空軍現在擁有3.3萬人，空軍總參謀部下轄3個司令部：空中戰術司令部、空軍支援司令部和空中訓練司令部，幷包括防空、戰術、訓練和後勤等許多工作。
其中空中戰術司令部設有6個戰機聯隊（第110、111、114、115、116和117聯隊）、1個空中戰術訓練中心、3個戰區管制中心，還有1個防空導彈部隊（第350聯隊）。
一、戰機部隊
拉里薩空軍基地建立於1912年，1952年5月成立第110戰機部隊，並接收第1架F84G戰鬥機後正式開啟了希臘空軍的噴氣式戰機時代。
聯隊下轄第337“幽靈”中隊，使用機型為F16；第140情報電子戰中隊，目前擁有16架由希臘航空工業公司生產的E1—79“飛馬”2型戰術偵察無人機，主要任務是執行土耳其海岸和其他地區的各項監控、情報偵察。
新安基亞洛斯空軍基地目前駐防第111戰機聯隊，包含3箇中隊（第330、341、347中隊），1989年希臘空軍開始採購F16，而第330“雷電”中隊是第1個赴美國亞利桑那州直接換裝F16戰機的國外作戰單位。
第341“神箭”中隊的歷史可追溯到1954年，當時以操作F86E戰鬥機為主。1954至1965年間，成立希臘空軍第1支飛行表演隊“希臘之火”，F86戰機於1965年全部退役後，便以F5“虎”式戰鬥機擔任全天候攔截任務，直到1998年才改用F16擔任戰備任務。該中隊也是希臘空軍中唯一具備海外快速打擊能力的作戰單位。
塔納格拉空軍基地的第114戰機聯隊，是全天候負責愛琴海空域警戒與攔截任務的作戰單位，下轄兩個中隊。第331“忒修斯”中隊是希臘空軍第1個換裝幻影2000戰機的單位。1990年，這批幻影戰機在法國達索公司協助下，由希臘航空公司進行升級後，除了可攜帶S530D中程空對空導彈，以增加防空攔截能力；也具有掛載AM39“飛魚”反艦導彈和SCALP-EG聯合視距外武器，大幅提升空對空、空對地目標打擊能力。
蘇達空軍基地的第115戰機部隊，下轄的第340“狐狸”中隊於1960年2月部署到該基地，此中隊操作過F84、A7H和TA7H等機種，2003年3月換裝F16C/D。
第343“星辰”中隊曾使用F86D/E和F5A/B戰機，擔負防空攔截任務，2003年7月全面換裝F16C/D，這兩個中隊的戰機除了配備最新的航電系統，還增設連接到垂直尾翼根部的背脊航電艙。
阿拉索斯空軍基地的第116戰鬥機聯隊，為世界上最後使用A7“海盜”2式攻擊機的作戰單位。自1992年開始換裝改良型的A7H攻擊機，擔任攻擊和攔截任務。2014年10月，希臘空軍宣佈A7H攻擊機全數退役，並由希臘總參謀長主持隆重的退役儀式。
第116戰鬥機聯隊下轄的第335“老虎”中隊是希臘空軍中歷史最悠久的飛行單位，1943年曾到北非、意大利、南斯拉夫等地區參戰，目前操作的機型是F16M；
第336“老鷹”中隊於二戰期間，對克里特島、提洛斯島和多德卡尼斯群島的德軍，執行多達3250次作戰任務，也折損了15名飛行員，其中3名遭到俘虜，現在操作改良版的F16C/D為主要作戰機種。
部署於安德拉達維空軍基地的第117戰機聯隊第338“戰神”中隊，是希臘空軍最後操作F4E“鬼怪”戰機的飛行單位。希臘空軍在1963年開始接收F4E，服役至今超過50年。雖然經歷多次集體翻修和電子設備升級，但面臨集體壽命問題，希臘也逐漸撤銷了部分飛行單位，讓“鬼怪”慢慢退役。
F4E戰機以獨特的“愛琴海鬼魂”迷彩為主要塗裝，據稱在海面作戰環境中具有不錯的欺敵效果，目前希臘空軍只剩下38架F4E，能夠正常作業的只有15架。
二、支援飛機
運輸部隊由支援司令部下轄的兩個聯隊負責，除了一般運輸任務，也擔負特種作戰、搜救、空中消防、醫療護送和行政專機等任務。
第112聯隊共有3個戰術運輸機中隊，希臘空軍為強化戰術運輸和經濟效益的需求，向意大利採購了12架C27J“斯巴達人”運輸機，均配備於第354中隊；第355中隊配備13架CL215輕型水陸消防運輸機；第256中隊則配備15架C130B“大力神”運輸機。
第358、384中隊為搜救中隊，配備3架A109E直升機、12架AS332C1“超級美洲豹”直升機，4架貝爾B212直升機，和12架AB205A直升機，目前均駐防在伊留希納空軍基地。
另外密克拉空軍基地的第113聯隊第383特種作戰與空中消防中隊，配備10架CL415水陸消防運輸機，除了負責高風險地區巡邏和火災的空中消防，還可於半徑370公里內執行長達4小時的海上搜索和救援任務，並以時速330公里飛往任務地區。
該機的水上作業能力，可使救援人員不需依靠其他設備單獨完成救援任務，此外也支援希臘海軍水下拆除作業小組的訓練和任務。
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