澎湖海戰是康熙二十二年(1683年)，清軍福建水師提督施琅率師在澎湖海域殲滅明鄭軍主力，收復澎湖，統一中國領土過程中的一場決定性海島攻防戰役。
從康熙十六年（1677年）開始，清政府採取了“更名田”的政策，全力發展農業，增加國家收入。隨著經濟實力的提高，清政府恢復了福建水師的編制，在江蘇連雲港，山東登州，廣東惠州等各地廣設船廠，仿照明鄭水師，製造大型戰艦。
康熙二十二年，清王朝開始進行部署，命令全國各地的大型戰船，盡數集結在福建沿海，用於給養輸送，任施琅為福建水師提督。
康熙二十二年六月十四日，施琅從銅山島出發，姚啟聖也撥3000人同施琅出征。十五日鄭軍哨船發現清軍已到花嶼、貓嶼一帶， 趕緊回報劉國軒，當晚清軍在八罩島過夜。
十六日，施琅進攻娘媽宮，以速度快的鳥船當作先鋒。但當時受風勢阻擾，清軍不敢前進。施琅隨後再派出第二波鳥船部隊，交戰不久後開始漲潮，一些清軍船隻被海水衝向岸邊，鄭軍趁勢將艦隊分成兩翼包圍清軍。
施琅見狀趕緊突入鄭軍，想解救被圍困的船隻，卻被林升率軍包圍。施琅在交戰中被火銃射傷右眼，林升也被大炮打斷左腿。林升負傷讓鄭軍失去指揮，施琅藉機撤離戰場。
施琅於十七日返回八罩島，劉國軒得知清軍在八罩島休息，親自進攻卻被施琅擊退。 施琅趁勢於十八日佔領虎井嶼、桶盤嶼。二十二日，施琅決定發動總攻擊，將艦隊分成三路進攻，剩下約80艘當後援部隊，從內塹攻入牛心灣，讓鄭軍誤判清軍要在此地登陸。
天亮前，開始颳起颱風，海上吹起西北風，鄭軍順著風勢進攻，一時處於優勢，清將朱天貴被炮擊而死。到了中午，颱風受到赤道鋒面帶的影響，海上開始吹起南風，風向轉變成對清軍有利。施琅命令全軍反攻，順著風勢發射各種火器，並且以數船圍攻鄭軍一船，鄭軍全面崩潰。劉國軒眼見大勢已去，率領殘餘部隊從吼門退往臺灣，澎湖各島的鄭軍都向施琅投降。
澎湖海戰可以說是清鄭雙方帶有決戰性質的一次作戰。鄭軍在澎湖海戰的失利，極大地動搖了鄭氏軍心，使其多年來所依恃的波濤之險的優勢瞬間蕩然無存，此時的臺灣遠懸海外，進退無據、戰守兩難，為統一臺灣本島創造了十分有利的條件。
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