除了行政區劃和地理愛好者外，普通大眾很少知道，在新疆目前還存在一個副省級的自治州。眾所周知，自治州是地級市的，自治州下轄縣級市和縣，而地區是省級人民政府的派出機構，與地級市和自治州、盟平級。但是新疆維吾爾自治區的伊犁哈薩克自治州是全國唯一的既轄地區又直轄縣市的副省級自治州，管轄塔城地區和阿勒泰地區，以及直轄2個縣級市、7個縣、1個自治縣：伊寧市、奎屯市、伊寧縣、察布查爾錫伯自治縣、霍城縣、鞏留縣、新源縣、昭蘇縣、特克斯縣、尼勒克縣。伊犁哈薩克自治州行政級別的特殊性，反映在新疆維吾爾自治區下轄的伊犁哈薩克自治州不僅與新疆的其他自治州情況不同，而且也與全國其他省（區）的任何一個自治州情況不同。伊犁州是全國唯一的既管地區、又管縣的自治州，在行政級別和機構設置上實際享受著副省級的待遇。但卻沒有任何正式的文件確定過伊犁州為副省級，為了解決這個問題，早在1988年3月28日召開的第七屆全國人民代表大會上，新疆代表團31名代表聯名提出在法律中明確規定伊犁州的行政地位。以下為七屆全國人大民委對該議案給出的答覆：
新疆31名代表提出的議案（議案第221號），要求在地方組織法和民族區域自治法等法律中明確規定新疆伊犁哈薩克自治州的行政地位。為此問題，我委派李貴副主任委員到新疆調查，並同新疆維吾爾自治區及伊犁哈薩克自治州黨政機關領導同志共同研究協商。在北京，我們同國家民委、民政部以及中共中央統戰部、組織部和全國人大法律委員會等單位的有關同志也共同進行了研究。
伊犁哈薩克自治州建立35年來，行政領導體制變過多次，但是管轄伊犁、塔城、阿勒泰3個地區的體制基本沒有變。建國後，為了新疆的政治穩定考慮及曾經對“三區革命”領導人的承諾，黨中央以這場“革命”為基礎，將這三個地方融合，將原三區作為（伊犁、塔城、阿勒泰）一體，不做分開，以此為基礎實行民族區域自治，將更有利於加強各民族的團結合作和促進三區經濟、文化事業的發展。因此，中共中央新疆分局和新疆省人民政府報經中央批准，準備在伊、塔、阿三區建立相當於行署一級的伊犁哈薩克自治區。1953年4月，中共中央批准的《新疆省民族區域自治 實施計劃草案》確定：以伊犁、塔城、阿勒泰3個專區建立以哈薩克為主的自治區，其行政地位相當於行政公署一級。1953年12月，經政務院批准成立伊犁哈薩克自治區，轄伊犁、塔城、阿山3個專區，屬新疆省人民政府領導，行政地位相當於當時的行政公署一級。1954年11月，伊犁哈薩克自治區依憲法規定改為自治州，仍轄伊犁、塔城、阿勒泰3個專區。1984年9月，國務院又批文重申伊犁哈薩克自治州管轄伊犁、塔城、阿勒泰3個地區。
伊犁哈薩克自治州管轄3個專區，需要設立相應的專員公署，作為它的派出機關。為解決這個問題，1958年6月由全國人大常委會批准的《伊犁哈薩克自治州各級人民代表大會和各級人民委員會組織條例》曾明確規定：“自治州人民委員會在必要的時候，經新疆維吾爾自治區人民委員會報請國務院批准，可以設立若干專員公署，作為它的派出機關。”但是這個組織條例連同其它民族自治地方的同類條例已於1987年由全國人大常委會一併廢除。1979年頒佈、1986年修訂的《中華人民共和國地方各級人民代表大會和地方各級人民政府組織法》只規定“省、自治區人民政府在必要的時候經國務院批准，可以設立若干派出機關”，對自治州則沒有這樣的規定；1984年頒佈的民族區域自治法也沒有自治州可以設派出機關的規定。這樣，伊犁哈薩克自治州設立派出機關就沒有法律根據了。因此我們認為在法律上應該解決伊犁哈薩克自治州可以設立派出機關的問題。但是，考慮到這是伊犁哈薩克自治州的特殊問題，地方組織法和民族區域自治法不便於解決這個特殊問題而作補充規定。建議在制定新疆維吾爾自治區自治條例和伊犁哈薩克自治州自治條例時作出規定：“伊犁哈薩克自治州人民政府經新疆維吾爾自治區人民政府報國務院批准，可以設立若干派出機關。”
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