公元前201年正月，劉邦稱帝，國號漢，史稱漢高祖。漢初，天下初定，滿目戰爭瘡痍，百廢待興，異姓諸侯王反叛不斷，嚴重威脅著漢王朝的統治。樊噲成為這一時期征討叛軍的主將。
當年10月，燕王臧荼反叛，樊噲跟隨高祖開赴平叛前線，俘虜了臧荼，平定燕地。當年12月，有人告楚王韓信謀反，樊噲又與諸將跟隨劉邦到陳地，捉拿韓信，平定楚地，受封舞陽侯。漢高祖七年，匈奴在馬邑攻打韓王信，韓王信竟投降匈奴，在太原反叛。樊噲又跟隨劉邦前往平叛，劉邦率主力撤回後，樊噲又受命留下平定代地，與絳侯周勃等從霍人一直打到雲中。
後來，樊噲又率軍平定了清河、常山兩郡的27個縣，搗毀了東垣縣城，在無終、廣昌擊潰了綦毋卬、尹潘所率叛軍，並且活捉了他們，升任左丞相。
漢高祖十年（前197年）七月，陳豨反，劉邦遣使召陳豨進京，陳豨以病重為由推託。九月，與王黃等人一同反叛，自立為代王。劉邦帶樊噲等諸將御駕親征，高祖十二年（前195年）冬，樊噲軍在靈丘將陳豨擊殺。
燕王臧荼的叛亂被平定後，盧綰被劉邦封為燕王，後來，盧綰又和陳豨勾結在一起反叛。樊噲以相國的身份帶兵攻打盧綰，在薊縣南部擊敗盧綰的丞相帶領的軍隊，平定了燕地18個縣，51個鄉邑。樊噲在長期的戎馬倥傯中與劉邦結下了深厚的情誼，再加上樊噲娶呂雉的妹妹呂鬚為妻，更使得兩人的關係蜜裡調油，遠比諸將更為親密。
據《史記·樊噲列傳》，漢高祖十一年（前196年），韓信、彭越遭誅不久，兔死狐悲，黥布又舉起了造反的旗幟，劉邦百感交集，一度病得很厲害，將自己封閉在宮中，詔令衛士不許任何大臣進入。群臣憂心如焚，但又無不望而卻步，即使是像周勃、灌嬰這些跟隨劉邦多年關係很鐵的大臣，也不敢貿然進宮。這樣過了十幾天，樊噲再也按捺不住，徑直推門闖了進去，群臣在後面緊緊相隨。見劉邦正枕著一個宦官躺在床上，樊噲等痛哭流涕，勸劉邦振作起來。見群臣如此痛切期待，劉邦笑著站了起來。樊噲與劉邦的親密關係由此可見一斑。
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