一 梁灣的秘密
梁灣回到賓館，發現房間裡多了一隻“石函”。這隻石函是從一尊佛肚裡發現的，打開它的人正是黃嚴。過程十分複雜漫長，而黃嚴在那段時間裡，精神狀態發生了非常詭異的變化，彷彿石函裡藏著一些邪魅，逐漸控制了黃嚴的神志。
當梁灣看到黃嚴的時候，他已經變成了一具屍體，屍體的手腕上，用刀刻著一行字：時間在這件事上不起作用。這句話讓梁灣通體發涼。因為她曾經照顧過一個奇怪的病人，這個病人的夢囈中就有這一句話，那個人叫張起靈。
石函的出現讓梁灣意識到，那些人必有後手，果然房間突然出現了一個幽靈一樣的男人。這個男人告訴梁灣，石函裡原本裝的是一張東漢時期的建築平面圖。他現在帶來了複印件和大量與之相關的設計圖紙，希望梁灣能儘可能記住這些複雜圖形，以便後續能更好的幫助他們。
不久以後，神秘男人再次給她發了一個信息：“後天去內蒙古”。並且幫她訂好了車票。
二 倉庫驚魂
黎簇將包裹運到西郊倉庫後，開始和蘇萬，楊好拆那些棺材一樣的紙箱。一箱箱被肢解的碎屍萬分恐怖的呈現在三人眼前。
他準備將碎屍拼裝起來尋找線索。正在這時，紙箱中突然竄出一條手臂粗細的東西，是長滿黑色長毛的怪蛇。黎簇將黑毛蛇砸成兩截，在驚魂未定中，黎簇看到一顆女人的頭，竟是他們曾經的同學沈瓊。
之後棺材紙箱中爬出大量的黑毛蛇，發出類似人說話的聲音。這些蛇的攻擊性非常強，三人和它們展開一場大戰，費盡力氣才將它們全部消滅，但蘇萬卻不小心被蛇咬中脖子，送進了醫院。
在醫院中，蘇萬告訴黎簇，他偷偷藏下了一個重要的包裹。黎簇悄悄來到蘇萬家中，找到了包裹，裡面是一把鑰匙，一張SD卡和一個位於阿拉善盟的酒店地址。SD卡里有兩段視頻，拍攝的是一隻探險隊，黎簇看到了探險隊員裡有黃嚴，沈瓊和她的父母，還有他自己的老爹。
三 沙漠歷險
黎簇打算前往內蒙古阿拉善盟，蘇萬和楊好也決定陪他一起出發。在火車上，三人竟然遇到了梁灣，他們的目的地一樣，黎簇認為這絕不是巧合。
四人繼續踏上旅途，進沙漠之前，找車嘎力巴做了嚮導。進入沙漠後，他們遇到了火燒風，神秘的海子，咬人的仙女蝦，和突然出現的地下鬼河。在地圖中，這條鬼河的終點似乎也是古潼京。於是他們利用胡楊木和蘆葦紮成一個簡易木筏，沿著河水一直漂流，
水流越來越湍急，車嘎力巴突然露出本來面目，搶走了黎簇的揹包，砍斷木筏涉水逃走。在危急關頭，黎簇等人又遇到了水下暗礁，紛紛被撞暈過去。
四 再入古潼京
黎簇醒來後，發現周圍的沙丘已經全部變成了白色，原來鬼河果然將他們帶入了古潼京。四人紮了一個小小的營地休整，到了晚上，他們發現一條異樣的綠色光帶，在沙丘上方升騰湧動。綠光是由蒸發出來的磷霧產生的，形成一個蜿蜒纏繞的七指圖案。一定有無數的屍體被藤蔓捕獲，才會形成這麼巨大的磷海。梁灣拿出地圖和建築圖紙，發現這個圖案對應著地下複雜的建築群。而七指的根部，就是入口。
眾人望向入口，看到綠色的光幕下，突然冒出兩盞昏黃的燈光。燈光照出了兩個慘白的人臉，鬼氣森森。黎簇幾乎嚇得魂魄出竅，他仔細辨認後，發現對方正是失蹤的吳邪和黑眼鏡。
吳邪的全身抹著白色的天心石粉，這種東西可以阻礙九頭蛇柏。吳邪告訴黎簇，他一直在找一個可靠的陌生人，前面已經嘗試了17個，但不是跑了就是崩潰了。只有黎簇堅強並活著到了這裡。
吳邪向黎簇講述了古潼京的由來和歷史，並告訴黎簇，要用盡所有辦法，活著熬過接下來的三天！隨後便和同伴走入了黑暗中。
五 奪命三日
幾乎就在吳邪說完的同時，天空聚集烏雲，開始下起能夠腐蝕皮膚的毒雨，四人連滾帶爬的摔進“入口”，落入一間帶水池的墓室中。
梁灣對照圖紙，發現他們所處的房間，正是離皇陵核心最近的點。所有墓室的排水系統相通，水池中的水槽就是通往核心的通道。然而水槽裡，纏滿了一團一團的黑毛蛇，其中還有一條巨大的白蛇，身上的鱗片像無數的小翅膀可以張合。
蛇群此時也發現了四個入侵者，開始瘋狂的攻擊。黎簇靈機一動，讓蘇萬再次吹響薩克斯，共鳴聲引來九頭蛇柏，和黑毛蛇在墓室中展開一場混戰。混亂中，四人也被藤蔓纏住，紛紛拖入沙中，不知所蹤。黑暗中再次傳來歌聲，黑眼鏡突然出現在黎簇眼前，救了他和蘇萬。
黑眼鏡告訴黎簇，這些蛇攜帶著一種費洛蒙激素，這種激素可以在物種間傳遞信息。有極少數人被蛇咬了以後，能夠讀取這種費洛蒙信息。黎簇就具備這種能力。
三人繼續深入，去尋找楊好和梁灣。然而在黑暗的甬道中，他們又遇到了更加危險詭異的怪物，像是人和蛇的共生體。壓抑的黑暗中，黎簇和蘇萬，黑眼鏡再次失散。年輕人的莽撞衝昏了頭腦，他拿出烈性的C4炸藥，將甬道炸塌。
炸藥產生的氣壓對黎簇產生了巨大的傷害，他的肋骨幾乎都斷了，不受控制的摔進一條排水道中。與此同時，梁灣在一個黑暗的房間內，她也聽到了劇烈的爆炸聲，卻不敢輕舉妄動。黑眼鏡帶著蘇萬找到了她。
黑眼鏡告訴梁灣，他曾經從蛇沼中帶出一條蛇，這條蛇給吳邪帶了一條口信。吳邪接收到信息後，彷彿變成了另外一個人。
費洛蒙信息的讀取，會隨之帶來不可逆的副作用。為了那些珍貴的信息，為了無限接近真相，吳邪甚至讓黑眼鏡給自己的鼻子做手術，破壞了嗅覺系統。吳邪目前的身體，已經因為這些副作用到達了極限，黎簇則是他們目前唯一的希望。
因為缺少血清，黑眼鏡的身體裡鑽入了許多蟲子，蘇萬留下幫他處理這些蟲子，而梁灣則衝進黑暗去尋找黎簇。
六 黎簇被救
黎簇以為這次自己必死無疑，在半昏迷間，一群黑衣陌生人將他救了起來。黑衣人將他救起之後，不由分說的拿出一條蛇按在他的脖子上。黎簇看到了幻境。
幻境中有個中年人，他說了很多話，大意如下：最後的留言，給吳邪。我只能通過這種方式將信息帶給你。首先，三叔希望你能原諒，你所經歷的一切，都是我的錯。但是，這同樣也是吳家的宿命，是三代人無法抗拒的夢魘。吳家乃至於所有人的命運，都是被人操控的......
中間經歷了漫長的黑暗，黎簇又看到了吳邪，他一邊逗弄著一條蛇，一邊將一個驚天的計劃清晰，緩慢的敘述出來。因為黎簇擁有和吳邪一樣的天賦，因此能夠代替吳邪，真正進入到“他們”的核心，成為其中的一員，而吳邪將會被“他們”無情的抹殺……
七 無懈可擊的局
川藏線上，吳邪再一次前往墨脫，計劃的第一階段將在墨脫終結。而下一步的安排，將會通過那條蛇，緩慢的傳達給黎簇。
當黎簇再次睜開眼睛，所有的一切成功清零。解雨臣消失在茫茫人海，霍秀秀承受著巨大的壓力，梁灣向廢墟核心走去……
而在地球某個黑暗的地底，一個沉默的年輕人竟也少有的感覺到了一絲異樣......
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