新疆 "三山夾二盆" 的地形與特殊氣候格局使得巖相地貌帶中的鹽分隨著河流由山區向盆地彙集，而平原區處於乾旱氣候帶，降水稀少，蒸發強烈，水分在盆地低窪處蒸發使其所攜帶的易溶鹽積聚於土壤中。新疆平原區土壤鹽漬化廣泛分佈, 且積鹽時間悠久, 鹽漬化危害是灌區生態環境的一個突出問題。
根據統計全兵中低產田面積約佔播種面積的48%。鹽漬化農田佔到全兵團播種面積的44%，其中中重度鹽漬化農田面積約為佔到全兵團播種面積的19.4%及中低產田面積的40.4%。
不同作物在苗期的耐鹽鹼能力有很大的差別，根據資料顯示常見作物苗期耐鹽鹼能力由強到弱排序：草木犀、紅花、油菜、甜菜、春小麥、棉花、冬小麥、高粱、玉米、水稻、大豆和馬鈴薯。鹽鹼地種植將土壤鹽分壓到一定深度，運用土壤鹽分上下和水平的運移規律，採取合理灌溉和耕作措施，壓鹽保苗。
在鹽漬土地區，在同樣的氣溫條件下，春季鹽漬土的地溫要比非鹽鹼地升的慢，出苗困難，故在春季鹽漬地要比非鹽漬地晚播種，而秋季剛好相反。
（1）作物的出苗水管理。以新疆的冬、春小麥為例，根據鹽分運移的規律，一般採取以下幾個步驟：伏耕深灌（8月中旬到9月中旬冬小麥播種前壓鹽），冬灌壓鹽（10月中旬到11月上旬冬灌壓鹽），春耙防鹽，春灌壓鹽（春季土壤返鹽是一種普遍現象，必須適時春灌淋鹽，一般在4月底到5月上旬灌完第一水，灌水量以60~80m3/畝為宜，澆水時要掌握輕質土早澆，重質土晚澆，地下水位高的晚灌，地下水位低的早灌）和生育期灌溉壓鹽幾個階段。
（2）板土的苗期管理。板土的分佈比較廣，不僅在荒漠灰鈣土地區有，在鈣土、棕鈣土、草甸土、荒漠土和鹽鹼土地區都有不同程度的發育和分佈。由於板土具有板結堅硬、水分缺、養分少、耕性差等特點，缺苗是板土上存在的突出問題，為保證全苗，必須在播種前進行鎮壓，有的要鎮壓2~3次。根據三坪農場六隊的觀察，鎮壓二次的出苗率達98%以上，鎮壓一次的達90%左右，沒有鎮壓的多在75%以下。
缺苗的主要原因是：板土的土塊大水分易散失，落入土塊間大孔隙的種子得不到水分，不能發芽；即使種子落到溼土上，開始能吸水膨脹，但由於水分迅速蒸發，已膨脹的種子不能繼續萌發，以致黴爛死亡；另外，有些種子雖然發了芽，但遇到了頂頭的大土塊，幼苗像螺絲釘一樣旋轉，還是鑽不出土；有些幼苗雖掙扎出土，但根部卻碰上了"鐵門檻"，被迫向水平方向發展，由於根扎不深，水分和養分供應不足，幼苗遲遲發育不起來。為了滿足種子發芽需水的要求，有的在播種前後澆一次水，但是這種播種法往往又會使土壤變板和土壤表層結成"蓋子"，"蓋子"的形成對幼苗生長很不利，它會緊緊壓住未出土的幼苗和夾住已出土的幼苗，或者在失水後發生龜裂，把苗根扯斷。因此，在板土上澆了頭水後必須緊接著灌二水、三水等，以使土壤不致因失水而乾裂，使作物生長期能獲得較多的水分。
鹽鹼土改良劑根據其組成成分，大體可以分為含鈣製劑、酸性物質、有機質、其他材料4大類。
因此，對於新疆農田出苗水管理中應該考慮三個因素：第一、鹽鹼危害程度，第二、灌溉水源情況，第三播種作物的栽培模式。
根據土壤鹽鹼情況和作物栽培模式，合理的利用水源，通過出苗水將改良劑施用到土壤，尤其是根區土壤實現根區改良；同時通過灌溉將水分運移到根區以外，在根區形成一個淡鹽區。
